3D映画『怪獣プラネットゴジラ』（1994年）に登場。

ラドン、モスラとともに緑の惑星「怪獣プラネット」に生息していた[134]。惑星探査艇であるアース号やプラネット号に付着していた地球の汚染物質によって凶暴化して、地球の東京駅にラドンとともにワープして出現し、Gフォースの攻撃を退け、ラドンと戦ったあとに、銀座でモスラと戦う[134]。アース号から散布された、ゴジラが食べていた惑星の緑の木の実を浴びて大人しくなり、青い光球に包まれて宇宙へ帰る。

着ぐるみは『ゴジラvsメカゴジラ』で新造されたものの流用[出典 19]。スーツアクターは薩摩剣八郎[142][143]。薩摩によれば、『vsメカゴジラ』の撮影後、使用していなかったためスーツが固くなってしまい、歩きにくかったと述懐している[143]。

ゴジラが東京駅を破壊するのは本作品が初である[137][141]。

『ゴジラアイランド』

特撮テレビドラマ『ゴジラアイランド』（1997年 - 1998年）に登場。

ゴジラアイランドの怪獣として登場する。島の怪獣たちのリーダーのような役目を持っている。普段は「ゴジラのどうくつ」に棲息しており、島に敵の怪獣が現れると一目散に出撃し、島の平和を守っている。基本的には温厚な性格だが、ジュニアが敵に襲われた際には、単身敵の懐に入り込むといった勝気な面もある。

他の怪獣に比べて圧倒的な戦闘力を持っており、X星人もゴジラだけは恐れる。武器は口から吐く6万度の放射熱線。ガイガンとの戦いでは「曲がる熱線」を使用する。

「スペースゴジラの悪霊編」ではかつて撃退したスペースゴジラに取り憑かれ、島の怪獣たちのオーラを吸い取り、赤い熱線を吐き大暴れする。また、「さよならトレマ編」ではデストロイアとメガロにだまされ、マタンゴ島の洞窟に閉じ込められる。

造形物はバンダイのソフビ人形。
『ゴジラ S.P ＜シンギュラポイント＞』

テレビアニメ『ゴジラ S.P ＜シンギュラポイント＞』（2021年）に登場。

円城塔執筆の小説版では怪獣側の視点が描かれることで、本作品におけるゴジラの目的や“ミサキオク”の地下の骨の秘密などの詳細をうかがい知ることができる。

デザインは山森英司[144]。

造形は初代ゴジラのデザインを元にしつつ、初期の昭和ゴジラのイメージを統合し、なおかつ新しい初めて見る姿が志向されている。山森は、「絶対に人類と意思疎通が不可能な畏怖すべき生物としての威厳を持たせる」ことをこだわりとして挙げている[144]。

『シン・ゴジラ』では神のような神秘的な存在としていたが、本作品のゴジラは怪獣ではなく、生物のような方向に寄せていったといい、上に手の平を向けていた『シン・ゴジラ』に対して本作品では生物であることから下に向けている。進化するという設定は、『シン・ゴジラ』の設定が取り入れられており、各形態には山森の提案で過去の東宝怪獣の意匠が入れられている[145]。
登場個体（シンギュラポイント）
ゴジラアクアティリス[出典 20]
第3話で登場した第0形態[147]。深度900メートルのところを50ノット（時速92.6キロメートル）で泳いでいる姿が潜水艦によって確認されている。第6話にて東京湾内に侵入しようとしたマンダの群れを追ってその全体像を表した[147]。そのままマンダの群れを仕留めつつ、東京湾に上陸する。モササウルスのような姿から水棲生物であると思われる。四肢は進化途中のようなヒレのように、長い尾の先端は水かきがある指のような尾ビレになっており、水棲に最適化されている。顔つきはワニに似ており、触覚のような細いツノが頭部にある[147]。表皮は赤く、海を通過するとその海は紅塵に包まれて赤く染まる[147]。マンダに噛みつく動作を見せていることから、マンダを獲物として捕食していた可能性が推察される[149]。アクアティリスとはラテン語で水生を意味する。

ヒレのような足は海から来るため、水中で自然と活動できるような形となった[145]。初期設定では、クラゲのような生態の生物や、シラスのようなものから魚のような形に進化する案もあった[145]。西川伸司はチタノザウルスがモチーフにあると推測している[149]。

ゴジラアンフィビア[出典 21]
第7話で築地に上陸を果たしたアクアティリスが陸生に適応した体に変態した第1形態[150]。イグアナのような顔つきの陸棲生物のような姿となり、四肢は爬虫類に似た形の脚となり[150]、四足歩行を行う[148][151]。政府によって南房総地方の伝承に基づいてゴジラの名称が与えられる[150][151]。第8話で代々木公園にて自衛隊からの砲撃を受けた際マイナス20度の可燃性のガス状物質を口から放出し、その砲撃の爆発が冷気に引火した途端、次第に高温のガスとなって爆炎を誘引し、一帯を巻き込む熱膨張を起こして直径500メートル範囲を焼き尽くした。さらに自身をも焼き尽くして自らの総質量を超える紅塵を放出して包まれることで、硬質の組織と溶けてドロドロの状態が下にある炭化層の外殻に覆われた蛹のような状態になり、活動停止した[出典 22]。体皮は茶褐色、頭部は濃褐色となりツノの形状も変化している[150]。アンフィビアとはラテン語で両生類を意味する。

頭部にはバランの意匠が取り入れられている[145]。

ゴジラテレストリス[出典 23]
第9話で活動停止して不定形な蛹状態となっていたアンフィビアが、固まった炭化状態の外殻が剥離してさらに変態した第2形態[152][153]。前脚は小さくなって後脚だけで立ち上がり、完全二足歩行形態となっている[152]。自衛隊の砲弾投下を予期して着弾前に軟質の体組織を体表から伸ばして触手のように変化させて砲弾を包み、着弾と同時に破裂させて本体への衝撃を和らげるといった防御能力[注釈 41]を持ち、背びれを青白く発光させながら口元に光のリングを形成して熱線を吐く能力も見られる[出典 24]。角や尾ビレがなくなり、首から上半身は細くなり、頭部は小さくなっている[152]。表皮は青い鱗状だが[152]、眉間から背鰭に沿って赤いラインが残る。