島からの脱出案を練る吉村らは、脱走して来たインファント島の娘・ダヨと出会う[15]。ダヨは彌太がインファント島で無事にいることを良太に教え、行動を共にするようになる。まもなく、偶然島の谷底の洞窟にて眠るゴジラを発見した一同は避雷針を急ごしらえし、落雷による電気ショックを与えて目覚めさせる[15]。ゴジラは本能的にエビラと戦うが決着はつかず、大コンドルや赤イ竹の戦闘機隊とも暴れるように戦いながら[注釈 3]、赤イ竹の重水工場へ向かう[15]。吉村は得意の錠前破りで基地に潜入するが、仁田は赤イ竹に捕まり、監禁された先のインファント島民たちと同じ洞窟にて彼らに呼びかけ、偽の黄色い汁を作らせる。

やがて防衛線を突破したゴジラは施設を破壊し、赤イ竹は基地の放棄を決め、島の核爆破装置を起動させる。しかし、黄色い液が仁田と原住民によって偽物にすり替えられていたため、輸送船で脱出した赤イ竹はエビラに襲撃されて全滅する。ゴジラとエビラが再び激戦を繰り広げる中、目覚めたモスラはインファント島民たちを救出するべくレッチ島に向かっていた。

原住民の作ったかごに乗り込んだ一同は、モスラによって島からの脱出に成功する。エビラを撃退したゴジラは、島からの脱出を呼びかける吉村達の声に状況を察して海に飛び込み、爆発する島を後にするのだった。
登場人物
吉村（よしむら）[41]
本作品の主人公。実は金庫破りで、ヤーレン号に潜伏しているところを市野たちに出くわし、良太の彌太探しに無理矢理駆り出される[出典 12]。鍵穴を見るとムズムズする性格と自称するが、根は浪花節に弱い人情家[41][43]。彼の「武器はなくともアイデアで勝負だ」という言葉が役に立つことになる。
ダヨ[44][45]
本作品のヒロイン。日本語を話せるインファント島の娘で[45][43]、「赤イ竹」によりレッチ島にさらわれていたが[44]、監視をかいくぐり脱走。そこで吉村らと出会い、島民救出のために奔走する[44]。彼女以外に、捕えられていた原住民の老人も日本語を理解している。

演じる水野久美は、南国の女性を演じるため、全身にドーランを塗っており、皮膚呼吸が困難になることから、1時間ごとにシャワーで洗い流し、休憩後に塗り直さなければならず苦労した旨を語っている[出典 13]。また、靴を履いていないという設定で、夏の撮影で岩場でのロケが多かったが、怪我することはなかったという[48]。

商品化権申請用とみられる特写スチールが存在しているが、公開当時に商品化は行われなかった[50]。

市野（いちの）[51] / 仁田（にた）[52][注釈 4]
共に耐久ラリーダンス大会に参加し、途中ギブアップした二人組の大学生[43]。そこで良太と知り合い、ヤーレン号に乗り込む[54]。吉村と共に彌太探しに無理矢理駆り出される。仁田は山岳部に所属しているが、レッチ島に落ちていた刀を見るなり悲鳴をあげたり、洞窟で眠っていたゴジラに必要以上におびえたりと気の弱い性格[52][43]。赤イ竹の探索気球で逃走を図るものの捕まってしまい、そこで奴隷として働くインファント島の住民と共に偽の黄色い汁を製造する。市野は理工科に所属しており[51][43]、島内の基地を重水工場と見抜き、赤イ竹壊滅のためゴジラを目覚めさせようと提案する。