その後、ゴジラはお台場に上陸するが、その前にメガギラスが飛来。特G対はディメンション・タイドにより両者の消滅を図るが、メガギラスの超高周波によりディメンション・タイドの制御システムが破壊されてしまう。メガギラスを倒して東京中心部に向けて進行するゴジラに対して、ディメンション・タイドの必死の復旧作業が続き、大気圏へと落下する中で再起動し、ゴジラに向けてその一撃が放たれる。
登場怪獣
ゴジラ
詳細は「ゴジラ (ミレニアムシリーズ)#『ゴジラ×メガギラス G消滅作戦』」を参照
メガギラス
詳細は「メガギラス#超翔竜 メガギラス」を参照
メガヌロン
詳細は「メガギラス#『ゴジラ×メガギラス』のメガヌロン」を参照
メガニューラ
詳細は「メガギラス#古代昆虫 メガニューラ」を参照
登場人物
辻森 桐子（つじもり きりこ）[28][29]
本作品の主人公。Gグラスパーの隊長[出典 10]。階級は3佐[28][29]。28歳[30][28]。5年前は陸上自衛隊の対G特殊部隊に所属しており[29][32]、大阪でのゴジラとの戦いで上官の宮川を殺され、その遺志を受け継いで[30][31]、残された認識票を肌身離さず所持している。ゴジラ打倒に闘志を燃やして勇猛果敢に挑み、男顔負けの活躍を見せる。その反面、子ども相手には優しく接する一面も持つ。

監督の手塚昌明は、制作当時は世紀末で暗い世相であったことから、ゴジラに対して闘志を燃やす桐子を描くことで観客に前向きな希望を与えることを意図している[33]。また、製作の富山省吾は、桐子がメガギラスには目もくれずゴジラのみを睨み続けることでストーリーがぶれないようにしていると語っている[20]。一方で、脚本を担当した柏原寛司は、桐子は主役であるため正統派の人物にせざるを得ず、あまりいじれなかったといい、桐子のキャラクターを立たせるために工藤やGグラスパーのメンバーを癖のある人物にしたと述べている[34]。

演じる田中美里は、演技の参考に映画『戦火の勇気』や『G.I.ジェーン』などを鑑賞したが、一番参考になったのは連続テレビ小説『あぐり』でも共演していた吉沢佳乃役の星由里子の芝居であったと述べている[35]。

手塚は、演じる田中に子供と話すシーン以外では笑顔を見せないことを要望し、厳しい人物であることを表現している[36]。ディメンション・タイドの実験シーンでのみ吉沢が笑って頷いたのに対し桐子も笑って頷き返しており、手塚はNGにすることも考えたが、吉沢は母親的な役割であることからそのまま用いることとした[36]。田中は、表情に気をつけていたといい、特に目を意識していたと述べている[35]。一方、自衛官時代の桐子では、目の力のなさを強調しており、移動中のジープで震えていたり、喋るときも田中の地声であるなど、隊長時代との差を明確にしている[35]。

桐子を演じる田中は、バズーカ砲は重いもののほかに軽いのも用意されたが、バズーカ砲を持って走るシーンなどでは、軽い方でやることを聞かれたが、家に持ち帰って犬を相手に練習したといい、撮影当初は走ると重くて斜めになってしまったが、終盤になるとまっすぐ走れていたという[出典 11]。

工藤 元（くどう はじめ）[28][39]
マイクロマシンの天才エンジニア[出典 12]。28歳[出典 13]。軟派な性格で軽い態度が目立つが、メカニックに対しての熱意と愛情は誰にも負けないほど強い。秋葉原でジャンクショップの店員であったが、大学院時代に吉沢物理学研究室で学んでいたことから特G対への協力を要請される[28][39]。最初は断るも、ディメンション・タイドの開発計画に感銘を受け参加を決意する。特G対に協力していく中で、徐々に桐子に気がある素振りを見せ、自ら開発した超小型発信機付きの信号弾やミニSGSを提供したり、自らのポータブルコンピューターのオリジナルの基本OSに搭載した修復用プログラムのキャラクターに「キリコちゃん」と名付けたりしている。渋谷の水中探査活動支援に出向いた際に、出現したメガギラスの攻撃で負傷して右腕を骨折してしまう[注釈 5]が、渋谷へのゴジラ攻撃の際には桐子と連携してディメンション・タイドを発射し、作戦を成功させる。

手塚は、工藤の人物像のモデルとしてアルベルト・アインシュタインと小松左京を挙げている[36]。一方、柏原はもっと詐欺師のような人物にしたかったと述べている[34]。

演じる谷原章介は、子供の気持ちを忘れない少年のような役と理解し、自身の幼少期に近所にいた面白い蕎麦屋のような子供の視点に立って喋れる人をイメージしたという[40]。手塚からは、大げさな表現を要望されたといい、テンションの高さをキープするのが大変であったが、それも楽しんでいたと述べている[40]。

新倉 誠（にいくら まこと）[28][41]
Gグラスパーの広報官[出典 14]。元防衛庁で、階級は准尉[出典 15]。32歳[28][41]。特G対の窓口として外部との接触を取り仕切る[31][42]。