また一日に300mg以上（コーヒー3杯に相当）のカフェインを常用する人には、カフェイン禁断頭痛と呼ばれる一種の禁断症状が現れることがある。これは最後のカフェイン摂取から24時間以上経過すると偏頭痛様の症状が現れるものである。このカフェイン禁断頭痛は症状が現れてから、カフェインを摂取することで30分以内に消失するが、カフェインを摂取しない場合は2日程度継続する。ただし、これらの症状は麻薬類やニコチン、アルコールと比較して、きわめて軽微なものだと考えられており、規制や年齢制限などは必要ないと考えられている。
健康増進

コーヒーを長期間に亘って飲用した場合についても、多くの疫学的研究が古くから数多く行われてきた。1980年までには「コーヒーが体に悪い」という視点からの報告が多かったが、それらの研究の多くは1990年代に、より精度を高めた追試によって否定されている。一方、1990年代からは「コーヒーが体に良い」という視点からの研究もなされている[110]。

発症リスク低下（ほぼ確証）：パーキンソン病・大腸がん・直腸がん・2型糖尿病

リスク低下の報告あるが論争中 ：アルツハイマー病・肝細胞がん・胆石

リスク上昇の報告あったが後に否定された：高脂血症・膵臓がん・心不全・十二指腸潰瘍

リスク上昇の報告あるが論争中：関節リウマチ・高血圧・死産リスク・骨粗鬆症・膀胱がん

発症リスク上昇（ほぼ確証）：（今のところ特になし）
コーヒーに含まれるクロロゲン酸にマルトースをグルコースに分解する酵素であるα-グルコシダーゼの阻害活性が認められ、ラットで食後の血糖上昇の抑制作用が認められた。カフェインにはα-グルコシダーゼ阻害活性は認められなかった[111]。コーヒーをよく飲む人たちでは糖尿病発症のリスクが低くなる傾向が見られた[112]。

2015年5月7日、日本の国立がん研究センターなどの研究チームがコーヒーおよび緑茶を日常的に摂取する人が、そうでない人に比較し病気などで死亡するリスクが大幅に低減するとする調査結果をまとめた。調査は19年間にわたる追跡で日本全国の40-69歳の男女約9万人に対し行われ、他の生活習慣などと合わせ質問し、コーヒーおよび緑茶を1日にどれだけ摂取するか、というものであったが、その結果コーヒーを1日に3 - 4杯飲む者はほとんど飲まない者に対し、死亡リスクが24%低かった（緑茶=1日1杯未満の者に対し、1日5杯以上飲む男性で13%、女性で17%低減。死亡リスクにかかわる年齢及び運動習慣などは影響を与えないよう統計学的に調整済み）。19年間では約13,000人が死亡していた。同チームは、調査結果の原因をコーヒーに含まれるポリフェノール、緑茶に含まれるカテキンによる血圧降下作用、両方に含有されるカフェインが血管や呼吸器の働きを高めている可能性を指摘した[113][114][115]。
制癌作用

IARCは、従来コーヒー酸とコーヒー（膀胱癌のみ）を「グループ2B：発がん性があるかもしれないもの」、としていた[116]が、2016年6月に発がん性を示す決定的な証拠はないとの発表を行った。またそれと同時に、65°C以上の熱い飲み物自体が食道癌の観点から「グループ2A：恐らく発がん性があるもの」に分類された[117][118][119]。これにより「コーヒー（飲用）」は、「グループ3：発がん性を分類できない」に分類された。評価文書は準備中である。コーヒー酸の評価は2Bのままである[117]。

国立がんセンターがん予防・検診研究センター予防研究部（津金昌一郎、田島和雄ら）の調査により、肺ガン抑制効果が確認された。これは約10年間にわたる40 - 60歳代の男女約9万人に対する追跡調査で、計334人が肝細胞がんと診断され、コーヒーの摂取と肝細胞がんになるリスクの関係を統計的に分析した。日常的にコーヒーを飲む人が肝臓がんになる率は10万人当たり約214人で、ほとんど飲まない人の場合は約547人。1日に1?2杯の人よりも、3?4杯の人の方がリスクが減ったとされ、研究チームはコーヒーに含まれる抗酸化作用をもつ成分の影響かとしている[120]。ただし、津金昌一郎研究部長は2008年、「いずれにせよまだ研究途上」と語っている[121]。

2009年、同研究部が実施したコーヒー摂取と肝がんとの関連に関する調査（対象者18815人、13年の追跡調査）では、 「コーヒーをほとんど飲まない」人が肝がんを発生する割合を1とした場合、「1日1杯未満」の集団では0.67、「1日1?2杯飲む」集団は0.49、「1日3杯以上」は0.54となり、癌になる割合がおよそ半減するというデータが得られた。クロロゲン酸やカフェインなどの成分が肝機能酵素活性を改善したり、肝細胞炎症を軽減させたりしたのではないか、という考えが示されている[122]。