2007年9月以降は山陰放送（BSS）・長崎放送（NBC）を除くTBS系列局16局およびTBS系列BS放送局であるBS-iでも放送。MBSでは2007年10月27日から2008年3月22日まで土曜17時30分枠、2008年3月29日・4月5日に『アニメシャワー』枠にて再放送。

2008年春からはカートゥーンネットワークのアダルトスイム枠で放送された[4]（2007年12月に開催されたニューヨーク・アニメ・フェスティバルにおいて発表）。

続編『コードギアス 反逆のルルーシュR2』は2008年1月に正式に放送予定などが発表された。TBS系列全国ネットの日曜夕方5時枠にて2008年4月6日から9月28日まで全25話を放送。全国ネット枠への転換にあたっては「ルルーシュというキャラクターはチャレンジャーだから面白い」「（当初構想を破棄して）もう一度、主人公が力を取り戻すところからスタートした」と河口は語っている[3]。

2008年6月1日に『アキバで対決!コ―ドギアス祭』として、有野晋哉を司会に特別番組が放送された。
ネクスト・プロジェクト「復活のルルーシュ」
『R2』最終回をもって、本作品はひとまずの区切りを迎えたが、約9年3か月後にネクスト・プロジェクト「復活のルルーシュ」が始動。まずは『反逆のルルーシュ』テレビシリーズ第1期・第2期が全編新規アフレコなどにより、劇場版3部作として再構成（詳細は本項「#劇場版3部作」を参照）。2018年3月、BS11でのテレビアニメシリーズ集中放送最終回後に流された、ルルーシュ役の福山潤・スザク役の櫻井孝宏によるビデオメッセージ映像において、正式な副題（Next Stage）「復活/Re;surrection」が発表されている。同年8月3日、劇場版『コードギアス 復活のルルーシュ』として制作が発表され[5]、2019年2月9日に全国約120館で公開された（本項「#復活のルルーシュ」も参照）。
15周年 コードギアス 反逆のルルーシュ
2021年10月2日より毎日放送・TBSほか『アニメイズム』B2枠にて、『15周年 コードギアス 反逆のルルーシュ』としてテレビシリーズ第1期を再放送。OPとEDはシリーズ15周年を記念した特別版として楽曲を完全刷新（映像は既存の本編部分をベースに改訂）。初回放送時に別枠で一挙放送された第24話と第25話については、分割して放送される[6]。2022年7月9日からは『アニメイズム』B2枠にて『15周年 コードギアス 反逆のルルーシュ R2』としてテレビシリーズ第2期が再放送される[7]。

2022年4月1日から同月25日まで、「ラブライブ!スクールアイドルフェスティバル」と本作品とのコラボイベントが開催されている。このコラボでは、AqoursのコラボUR部員が登場しているほか、本作品の主題歌も配信されるライブアリーナが開催されている。
あらすじ
第1期

皇暦2010年8月10日 、世界唯一の超大国神聖ブリタニア帝国は日本と地下資源サクラダイトを巡って対立し宣戦布告、日本に侵攻した。日本は占領され、ブリタニアによって「エリア11」と呼称される。日本人は「イレヴン」と蔑まれ、自由を奪われブリタニアの総督により支配された。ブリタニアは「ナイトメアフレーム」と呼ばれる人型兵器により世界の3分の1を支配下に収めた。

日本侵攻から7年後、日本に住むブリタニア人の少年・ルルーシュ・ランペルージは、謎の少女C.C.（シーツー）から、他人に自分の命令を強制出来る絶対遵守の力「ギアス」を授けられる。ルルーシュは暗殺された母親の仇をとり、妹のナナリーが安心して暮らせる場所を作るため、仮面で素顔を隠して「ゼロ」と名乗り、レジスタンス組織「黒の騎士団」を結成、ブリタニア帝国に対して戦いを挑む。

ルルーシュの前に立ちはだかるのは、皇女コーネリア率いるブリタニア軍、そして最新鋭のナイトメアフレーム『ランスロット』を駆る幼馴染の枢木スザクだった。黒の騎士団は、ルルーシュの知略とギアスの力、日本の反帝国ゲリラやその支援者たちの協力を得て、次第にその勢力を拡大させていく。

コーネリアの妹ユーフェミアはスザクを選任騎士に任命し、富士エリア一帯に「行政特区日本」を設立することを宣言、ゼロに和解を呼びかける。開設記念式典の日、ルルーシュはユーフェミアとの密談で協力に応じるも、ギアスの暴走でユーフェミアは日本人の大量虐殺を始める。ルルーシュはやむなくユーフェミアを討ち、「合衆国日本」の設立を宣言。

各地で決起した暴徒と黒の騎士団を率いたゼロは、トウキョウ租界に進軍する「ブラックリベリオン」を引き起こす。しかし謎の少年V.V.（ヴイツー）がナナリーを連れ去る。ルルーシュはナナリーを探して神根島に向かい、指揮官を失った黒の騎士団は総崩れとなる。ルルーシュは神根島の遺跡で、後を追ってきたスザクに素顔とギアスの秘密を暴かれる。ルルーシュはナナリーを探すため共闘を呼び掛けるが、スザクはこれを拒否。逆上した二人は、お互いに銃口を向け撃ち合う。
第2期 (R2)

ブラックリベリオンから一年たった日本。「黒の騎士団」の団員たちは捕縛され、ゼロは処刑されたことになっていた。

ルルーシュ・ランペルージは弟のロロ・ランペルージと平和な学生生活を送っていたが、賭けチェスで訪れたバベルタワーで、黒の騎士団の残党に襲撃され、C.C.（シーツー）と再会、自分がゼロであることを思い出す。神根島でスザクに拘束されたルルーシュは、皇帝シャルル・ジ・ブリタニアのギアスでナナリーやギアスの記憶を改ざんされ、偽りの弟ロロと暮らしていたのだった。

記憶を取り戻したルルーシュはゼロとして復活し、中華連邦総領事館から「合衆国日本」の建国と、打倒ブリタニアを再び宣言し、囚われていた黒の騎士団のメンバーたちを救い出す。スザクは皇帝直属部隊ナイトオブラウンズに任命され、復学。ナナリーはエリア11新総督として来日し、再び「行政特区日本」の設立を呼び掛ける。ゼロと黒の騎士団は中華連邦に亡命、武官黎星刻と協力し国内の政情不安を平定。さらにV.V.（ヴイツー）率いるギアス嚮団を殲滅する。

ゼロと黒の騎士団は各国と連携して「超合集国」を設立。決議に基づき、黒の騎士団は「第二次東京決戦」に突入するが、スザクが放った大量破壊兵器・フレイヤでトウキョウ租界は壊滅状態となる。ブリタニア第二皇子シュナイゼルは黒の騎士団に休戦を申し込むとともにゼロの正体とギアスの秘密を伝え、これによりルルーシュは弾劾され失脚。ロロの命と引き換えにルルーシュは辛くも脱出する。

その後、単身シャルルと決着をつけるべく思考エレベーターに赴き、亡くなった母・マリアンヌと邂逅。シャルルとマリアンヌは世界を作り替える「ラグナレクの接続」計画を遂行しようとしたが、ルルーシュは「それでも明日が欲しい」と集合無意識にギアスをかけ、二人を消滅させる。

1か月後、ブリタニアにスザクを連れたルルーシュが現れ、皇族・貴族たちにギアスをかけて皇帝即位を宣言、スザクをナイトオブゼロに任命する。シュナイゼル率いるブリタニア帝国残党軍や黒の騎士団との激しい戦いを征したルルーシュは、世界を統べる独裁者となって君臨することになる。

それから2か月後、日本で行われたルルーシュのパレードに「ゼロ」が現れ、ルルーシュを刺殺する。それは世界の憎しみを集めたルルーシュが、ゼロに成り代わったスザクに殺される計画「ゼロレクイエム」だった。人々は独裁者の死に歓喜し、世界に平和が訪れた。
登場人物詳細は「コードギアスシリーズの登場人物」を参照
ルルーシュ・ランペルージ
声 - 福山潤[8]（幼少期：大原さやか）『コードギアス 反逆のルルーシュ』シリーズ全体の主人公。本名はルルーシュ・ヴィ・ブリタニアであり、神聖ブリタニア帝国元第11皇子。普通の学生として暮らしていたが、シンジュクゲットー襲撃の際にC.C.と出会い「ギアス」という異能の力を得たことを機に、仮面の男「ゼロ」を名乗り黒の騎士団を率いて祖国ブリタニアに反逆する。
枢木スザク（くるるぎ スザク）
声 - 櫻井孝宏[8]（幼少期：渡辺明乃）日本最後の総理大臣である枢木ゲンブの息子であり、ルルーシュの幼馴染。過去に起こった出来事から、日本人でありながら名誉ブリタニア人としてブリタニア軍に所属し、かつての親友であったルルーシュと対立する。兵士として卓越した技能や体術の持ち主であり、ナイトメアフレームのパイロットとしてもエース級でもある。
C.C.（シーツー）
声 - ゆかな[8]ブリタニア軍に捕獲されていた不老不死の少女。自分の願いを叶えることを条件にルルーシュに絶対遵守のギアスを授け、その後ブリタニアに反逆するルルーシュの「共犯者」としてルルーシュと行動を共にする。『R2』終盤に至るまでルルーシュの味方であり続けた唯一の人物。
紅月カレン（こうづき カレン）
声 - 小清水亜美[8]黒の騎士団の少女エースパイロット。