1960年6月30日にコンゴ共和国（1964年、コンゴ民主共和国に改称）としてベルギーから独立。カサブブは大統領、ルムンバは首相に就任。独立から1週間も経たずして内乱とベルギー軍の介入を経験し、「コンゴ動乱」が始まる。1961年、ルムンバ首相が殺害される。
ザイール共和国（モブツ政権）・第一次コンゴ戦争詳細は「Zaire」、「コンゴ解放民族戦線」、「第一次シャバ紛争（英語版）」、「第二次シャバ紛争（英語版）」、「コルヴェジの戦い（英語版）」、および「第一次コンゴ戦争」を参照ザイール共和国の国旗

1965年11月、モブツ商務・雇用・貿易相がクーデターで実権を掌握。1997年までの32年間モブツ大統領の独裁が続いた。

1971年に国名をザイール共和国　(Republique du Zaire) に改める。同時に通貨がコンゴ・フランからザイールに変更された。革命人民運動 (MPR) の一党独裁制が敷かれ、民族主義的なザイール化政策（英語版） が推進される。

1974年10月30日、ベトナム戦争への徴兵を拒否してWBA・WBC統一ヘビー級王座を剥奪されたモハメド・アリがジョージ・フォアマンに挑戦し、ザイールの首都キンシャサで "The Rumble in the Jungle"（キンシャサの奇跡）と呼ばれる王者奪還劇を果した。当時のザイールではモブツを支援したアメリカに反発する感情が根強く、アリへの大声援（スワヒリ語で Ali bomaye! と言っていた[14]）が送られる模様がテレビで夜10時から全米に生中継された。

1977年、エボラ出血熱がエボラ川流域で確認された[15]。1977年3月8日、第一次シャバ紛争（英語版）。1978年5月11日、第二次シャバ紛争（英語版）。1978年5月18日、コルヴェジの戦い（英語版）。

1990年4月、民主化要求の高まりを受け議会は11月に複数政党制への道を開く憲法修正案を可決する。12月、任期2期を満了したモブツ大統領が3選を禁止した憲法条項を無視し辞任を拒否した。

議会は1996年4月、東部南キヴ州のツチ系バニャムレンゲの追放を決議し政府軍が攻撃。ルワンダ、ウガンダ、ブルンジなど周辺諸国に支援されたバニャムレンゲやコンゴ・ザイール解放民主勢力連合 (AFDL) などの武装組織が反撃し、1997年5月の第一次コンゴ戦争ではアンゴラがザイールに出兵し、キンシャサを制圧してモブツ政権は崩壊した。
コンゴ民主共和国・第二次コンゴ戦争第二次コンゴ戦争の交戦国。黒: コンゴ民主共和国 (DRC)、緑: 反DRC連合、濃青: DRC連合、薄青: DRC連合（直接は介入せず）詳細は「第二次コンゴ戦争」を参照

AFDLのローラン・カビラ議長が大統領に就任、国名をザイール共和国からコンゴ民主共和国に変更した。カビラは司法権を除く全権を自身に付与することを発表するなど、強権支配体制を敷いた。カビラはツチ系が政権を握るルワンダなどの影響力が強まることを恐れ、政権や軍部からツチ系の排除を始めたために1998年8月に東部を中心として第二次コンゴ戦争に発展（イトゥリ紛争（英語版）の継続、キヴ紛争の開始）。国内のダイヤモンドやコバルトなどの豊富な鉱産資源に関する利権も絡み、反政府勢力コンゴ民主連合 (RCD) を主にウガンダとルワンダが、政府軍を主にジンバブエ、ナミビア、アンゴラが支援する事態となった。戦闘などで住民20万人以上が死亡し、紛争に伴う食糧・医薬品不足などでさらに150万人が死亡したとされる。

1998年から2000年に東部州（現高ウエレ州）の金鉱山（ドゥルバ鉱山（英語版）とワツァ鉱山（英語版））でマールブルグ熱の感染により128人が死亡した。

政府と介入5か国は1999年7月、ザンビアのルサカでルサカ停戦協定（英語版）に調印。しかしカビラ大統領は国連部隊の自由な展開を拒否し、停戦は事実上無効化した。2001年1月16日、ローラン・カビラ大統領が暗殺され（護衛兵に撃たれ死亡）、26日に後継者に第二次コンゴ戦争をコンゴ軍参謀総長として指揮していた長男のジョゼフ・カビラが選ばれ、当時世界最年少の大統領となった[16]。