研究所（research institute）ないし研究センターの名称をもつ研究組織を198個置く[52]。このほか、大学に属する主な研究施設に以下の研究所がある。

ドハティ地球観測所（Lamont-Doherty Earth Observatory） - ニューヨーク州パラセイズよ地球科学研究施設。1949年より稼働。プレート・テクトニクス理論の実証試験やエル・ニーニョ現象の観測などの重要な研究拠点。

ニーブズ研究所（Nevis Laboratories） - ニューヨーク州アーヴィントンに位置する素粒子物理・原子物理学・天体物理学の研究施設。

ゴダード宇宙科学研究所（Goddard Institute for Space Studies、GISS） - モーニングサイド・ハイツのキャンパス内に置かれたNASAと共同運営の研究施設。現在は気候変動の研究や予測が中心。

関連機関

ニューヨーク・プレスビテリアン・コロンビア・コーネル大学病院（New York-Presbyterian Hospital-Columbia and Cornell） - コーネル大学医学部と共同運営の大学病院。USニューズが実施する病院ランキングでは、ニューヨーク地区で第1位・全米で第5位と高い評価を受けている [53]。ワシントン・ハイツ地区にあるメディカルセンター

ハーレム医療センター（Harlem Hospital Center） - ハーレム地区の医療施設として1897年に設立された。年間に8万3000件を超す緊急外来があることで有名。

コロンビア大学附属学校（The School at Columbia University） - 2003年に開校した幼稚園から中学までの一貫校で、大学教職員の子弟用に設立された。

グローバルセンター（Columbia Global Centers） - 海外における研究・交流拠点としてアンマン、北京、パリ、ムンバイ、イスタンブール、ナイロビ、サンティアゴ、リオデジャネイロ、チュニスに開設。

コロンビア大学出版（Columbia University Press） - 学術関係の書籍出版を目的として1893年に創立。1935年から『コロンビア百科事典（The Columbia Encyclopedia）』を刊行。現在は年間160タイトル前後の新刊を出版している[54]。

キャンパスマンハッタンヴィルに新設されたコロンビア・ビジネス・スクール(CBS)新館

主要キャンパスは以下３つで、すべてマンハッタン島内ハドソン川沿いにある。

モーニングサイド・ハイツにあるメインキャンパス（14万平方ｍ）