海賊行為を生業にする者たちがネレトヴァ川デルタ地帯の居住者として現れ、素早く新しい環境で航海技術を学んだことは明らかである。最初、ヴェネツィア商人らは、悪名高いダルマチア沿岸のパガニア人海賊から、自分たちの船の安全をはかるため年貢を支払うのを厭わなかった。9世紀以降、島はセルビア人王国の一部となった。その後、島は簡単に名目上東ローマ帝国が宗主権を持つセルビアの一部として、組み込まれた。998年、パガニア人の公国はヴェネツィア共和国の直接統治の下に下った。12世紀、コルチュラ島はヴェネツィア貴族ペポーネ・ゾルツィ（Pepone Zorzi）に占領され、ヴェネツィアに簡単に併合された。この時期、地元コルチュラ人支配者らは外交術を用いはじめ、島の独立性を堅く守るため町の特権付与を制定した。この特権は、とりわけ内政に関連し、さらに強力な隣人の存在を与えるものだった。

コルチュラ法令（Statute of Kor?ula）は、1214年に初めて起草された。これは11世紀と12世紀につくられたルースカヤ・プラウダ（en:Russkaya Pravda、キエフ大公国の法典）に次いで2番目に古い、スラヴ人の法律制定例である。当時、法令を島の自治体が請け負った。

1221年、ローマ教皇ホノリウス3世は島を、クロアチア有力貴族シュビッチ家（en:?ubi?）のクルカ公に贈った。海側から見たコルチュラ

ヴェネツィア元首（ドージェ）ピエトロ2世オルセオーロ（在任：991年-1009年）は、ダルマチア公（Dux Dalmatinorum）位に就いた。12世紀のコルチュラ伯領は、ハンガリー王、また替わってジェノヴァ共和国よって大まかに治められ、短期間の独立時代を謳歌した。しかし1255年、マルシーリオ・ゾルツィが島の都市を征服し、島内の教会の一部を徹底的に破壊するか損傷を与え、伯爵にヴェネツィア宗主権の下へ下るよう強いた。地元の伝説によると、何の確たる証拠もないが、マルコ・ポーロは1254年にコルチュラで生まれ、商人の家系を起こしたとしている。記録に残っているジェノヴァがヴェネツィアを打ち負かした1298年のコルチュラの戦いで、ガレー船の司令官マルコ・ポーロが勝者に捕らわれ、ジェノヴァで捕虜生活を送る間に旅行記を書いたとするのがより明確である。しかし一部のイタリア人学者らは、ポーロがAyas（トルコの小さな町）近郊で敵と対戦した際に捕らえられたとしている。

1284年にローマ教皇マルティヌス4世が、1286年にホノリウス4世がラグーサ共和国大司教に対し文書を書いた後、大司教はペータルをストン（ペリェシャツ半島の町）及びコルチュラ司教に据えた。1291年、コルチュラ司教として、イヴァン・クルチッチ（Ivan Kru?i?）がコルチュラの町にいた。イヴァンは自身の上位聖職者にあたり、自分の教会領に含まれるストンと連合したがっていたフヴァル大司教と競った。1300年、教皇ボニファティウス8世は最終的に、ドゥブロヴニクにあるラグーサ大司教座の下にコルチュラ司教座を創設した。1333年、ラグーサ共和国がセルビア帝国からストンとペリェシャツを購入したことから、ストンにある半島を統括するカトリック教会の宗主権はコルチュラ司教座へ与えられた。

ハンガリー王国が島の支配権を回復したあとの1396年12月、ハンガリー王ジグムンド（のちの神聖ローマ皇帝ジギスムント）はゼタ公国のバルシッチ（en:Bal?i?）朝の公ジュラジ2世（?ura? II Stracimirovi?）へ島を贈った。ゼタ公国の支配は、ジュラジ2世の死ぬ1403年まで続き、その後ハンガリー王の下へ主権は返された。1409年、再びヴェネツィア共和国の一部に組み込まれ、1413年から1417年の間は近隣のドゥヴロヴニク共和国に購入された。1420年、島はまだヴェネツィアに支配されることを明言した。1571年、ヴェネツィアがレパントの海戦でオスマン帝国海軍に対し堂々と共和国を防衛した。1776年から1797年まで、コルチュラ（当時イタリア語名クルツォラ）は、この地域のヴェネツィアの主要な要塞化兵器庫として、フヴァル島（イタリア語名レシナ）の後を引き継いだ。1797年のカンポ・フォルミオ条約でヴェネツィア共和国の領土はフランス共和国とハプスブルク家の間で分割され、コルチュラはハプスブルク家のものとなった。

1806年、フランス帝国が島を侵略し、イリュリア州（帝政期の行政区画、Provinces illyriennes）に併合した。セルビア帝国建国を描いていたモンテネグロの主教公ペータル1世ニェゴシュ（Peter I Njego?）は、ロシア帝国海軍の援助を受けて1807年島を征服した。