1990年代後半には、『王ドロボウJING』『おきらく忍伝ハンゾー』『ロックマンX』など、本来の読者層だけでなく高年齢層にも支持が高かった漫画が連載されていたが、編集長の交代（米田浩二郎→池田新八郎の復帰）によって、『JING』が『月刊マガジンZ』へ移籍し、それ以外は全て打ち切られた。
池田は当時のこうした連載作品の入れ替えについて「雑誌そのものや本来の読者層に影響を与えかねないマニアックな要素を削るために取った方針」と話している[2]。
また、一説では人気がなくなったのではなく、作者を冷遇したことで離反を招いたとも言われている。しかし、上記のように成功したタイアップ漫画などもあり、『メダロット』『真・女神転生デビルチルドレン』『サイボーグクロちゃん』が流行っていた2000年前後こそが黄金期とする意見もある。 2006年1月号から誌面が大判化され、同時に誌面の刷新と連載陣の大幅リニューアルが決行された。ホビー関係の記事を縮小し、講談社の他誌からの作家が急激に増えた。 さらに、同年7月号からはロゴマークが変更され、同時に単行本（コミックスボンボン）の背表紙についていたマスコットキャラの"Bゴン"も"爆弾マーク"に変更された。ただし、一部リニューアル以前から続く作品の単行本や、以前のものと装丁を合わせた『海の大陸NOA』3巻などでは継続してBゴンが用いられた。 増刊に関しては、2006年9月29日にファンタジー専門の『アブラカダブラ』と、2006年10月5日に以前にも発刊していたガンダム専門の『ガンダムマガジン』の2冊を10年ぶりに『ボンボン』増刊として発刊した。 しかし、リニューアル後も部数低迷に歯止めがかからず、発行部数が10万部から5万部にまでに半減した。その後、『デルトラ・クエスト』のヒットにより多少勢いを取り戻し、2007年には同作とテレビアニメ第5シリーズが始まった『ゲゲゲの鬼太郎』を大きくプッシュした。『SDガンダム』は人気が低迷し、『武者番長風雲録』『SDガンダム三国伝』の扱いは前記2作品よりも低いという見方もある。また、読み切りや新連載、『トランスフォーマー ギャラクシーフォース』などのようにアニメ人気があったのにもかかわらず打ち切りとなるような作品なども増えた。雑誌自体の分厚さは当初は大判前より薄いものだったが、紙質の変更と前述の読み切り掲載などにより次第に『月刊少年ガンガン』や『デラックスボンボン』並みの厚さとなった。 2007年6月下旬、いしかわじゅんがmixiおよび自身のウェブサイトの日記で休刊を示唆する発言をした。公式な情報でないにもかかわらずニュースサイトや匿名掲示板などで情報が流れ、大きな騒ぎとなった。そして、部数低迷のため同年11月15日発売の12月号をもって休刊することが、同年7月17日に講談社より正式に発表されるに至り、同年11月号の『ボンボン』本誌でも休刊を告知した。最終号となる12月号で連載されていた漫画のほとんどが終了し、『デルトラ・クエスト』などの一部の未完作品の受け皿として『テレビマガジン』の増刊となる漫画誌『テレまんがヒーローズ』を2008年3月15日に発刊、同誌で連載したことのある作家陣もいくらか参加した。また、単行本『ボンボンコミックス』は2009年頃まで引き続き販売されていた。 『ボンボン』の休刊と合わせて、講談社は中学生向け少年漫画誌『月刊少年ライバル』の2008年春の創刊を発表したが、『ボンボン』のコンセプトとは異なり、『ライバル』の編集長はボンボンの後継誌であることを否定している[3]。 本誌に『爆笑戦士! SDガンダム』などを連載しつつも諸事情から編集部側とは敵対していた佐藤元は、休刊発表と同日に自身のブログでいくつかの苦言に織り交ぜて、編集側のやり方に関する非難とともに無念の意を露にしていた[4]。 休刊から数年後、復刊ドットコムの手で『ボンボン』作品が復刊されるケースが増えてきている。この影響を受けてか、講談社サイドでも2012年から『復活ボンボンシリーズ』と銘打ち、直々に『サイボーグクロちゃん』や『真・女神転生デビルチルドレン』などが復刊されている。 2015年（平成27年）7月31日、YouTube内にてネット番組『ボンボンTV』のタイトルで復活することが発表され、同日開局した。制作協力に芸能プロダクションのUUUMが担当する。2015年10月15日には児童向けYouTubeチャンネル『キッズボンボン』を開局している。いわゆるYouTuber活動を主体に、ほぼ毎日更新を行っている。 同チャンネルでは、講談社作品が原作となっている一部のアニメ作品の掲載も行っている。 2019年5月には超巨大ペヤングを579人で完食した企画がギネス世界記録に認定されている。
大幅なリニューアル
休刊の発表と休刊後
インターネットテレビ詳細は「ボンボンTV」を参照