2013年3月のSXSW期間中、マーベル・コミックスがMarvel#1プロモーションでコミクソロジーを通じて無料で700種類以上の漫画を配布しようとしたときに問題が発生した[30]。コミクソロジーのサーバーはユーザーの膨大な需要についていけず、プロモーション漫画をユーザーが入手できないようになり、また購入した漫画の閲覧も同様にできなくなっていた。このことで正式に謝罪につながり、プロモーションは延期された[31]。その後、プロモーションは再び提供され、「完璧に働いた」と報告された[32]。その後の困難において、一部のユーザーはプラットフォームが停止した場合にファイルへのアクセスに関する懸念を提起している[33]。この懸念に対応するため、2014年7月には選ばれた出版社が自社の漫画のDRMフリーでのダウンロードを許可している。

作家のブライアン・K.・ヴォーンは、2013年4月9日にFiona Staplesのブログで、Apple Inc.がiOS経由でSagaの12巻の販売を禁止したとの声明を発表した[34]。この声明はメディアから速やかに報道され、「禁止」の原因が男同士のオーラルセックスを描写した小さな2枚の挿入画が、性的コンテンツに対するアップルの制限に違反したからと推測された。この漫画は、コミクソロジーとイメージコミックのデジタルコミックウェブサイト店を通じて入手できた。その禁止は、以前の問題やiTunesで販売されている他の作品で同様に明示的な内容を指摘したアーティストや作家から批判された。ウィリアム・ギブソンらは、問題の図が同性愛者のセックスを含むため、制限が具体的に発生した可能性があると示唆した[35]。翌日、コミクソロジーは削除したのはAppleではなく自社であり、Appleの規則の解釈に基づき書籍を利用できなくしたとし、Appleからの説明を受けた後、漫画がiOSデバイスで販売されるだろうと発表した[36]。ブライアン・K・ヴォーンはその後、誤解について謝罪する声明を発表した[37]。

Amazonのコミクソロジー買収に関する論争の後、同社はiOSアプリ内でコミックを購入するオプションを取り除いた。この変更に対し、漫画本の読者コミュニティは即座にネットで反発し、Amazonのコミクソロジーの買収を批判した[38]。コミクソロジーの構造の変更により、読者はデジタルコミックの配信の将来を懸念した[39]。
評価

2011年9月、コミクソロジーの漫画アプリはApp Storeで最も収益性の高いアプリだった。他の漫画出版社のブランドアプリと共に、収益性の高いiPhoneアプリトップ5の大半を占めていた。

一貫してiTunesの高収益のiPadアプリの1つにランクインしたコミクソロジーは、2012年5月にThe New York Times紙によって「漫画のiTunes」と呼ばれた[40]。2011年、コミクソロジーは高収益アプリトップ20の10位にランクインし、2つの他のアプリ、マーベルとDCのアプリにも影響を与えた[41]。2012年、コミクソロジーは高収益iPadアプリの3位にランクインした。2011年からトップ10以内に残り続けている唯一のアプリである[42]。
出典^ .mw-parser-output cite.citation{font-style:inherit;word-wrap:break-word}.mw-parser-output .citation q{quotes:"\"""\"""'""'"}.mw-parser-output .citation.cs-ja1 q,.mw-parser-output .citation.cs-ja2 q{quotes:"「""」""『""』"}.mw-parser-output .citation:target{background-color:rgba(0,127,255,0.133)}.mw-parser-output .id-lock-free a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-free a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/65/Lock-green.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-limited a,.mw-parser-output .id-lock-registration a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-limited a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-registration a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d6/Lock-gray-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-subscription a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-subscription a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/aa/Lock-red-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-ws-icon a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4c/Wikisource-logo.svg")right 0.1em center/12px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-code{color:inherit;background:inherit;border:none;padding:inherit}.mw-parser-output .cs1-hidden-error{display:none;color:#d33}.mw-parser-output .cs1-visible-error{color:#d33}.mw-parser-output .cs1-maint{display:none;color:#3a3;margin-left:0.3em}.mw-parser-output .cs1-format{font-size:95%}.mw-parser-output .cs1-kern-left{padding-left:0.2em}.mw-parser-output .cs1-kern-right{padding-right:0.2em}.mw-parser-output .citation .mw-selflink{font-weight:inherit} ⇒"'iTunes of comics' passes 200M downloads". crainsnewyork. 25 September 2013. 2020年6月4日閲覧。
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