『悪魔くん』の成功により、水木しげるが人気作家になったため、1967年（昭和42年）からは正式な連載作品となる。内容も「怪奇物語」から「正義の鬼太郎が悪い妖怪を退治する」という少年誌向けの内容に変化。徐々に人気を増していった。妖怪という言葉がひんぱんに用いられるようになったのもこのころからである（貸本時代にはほとんど使われていなかった）。貸本時代の作品のリメイクも多く、「霧の中のジョニー」を「吸血鬼エリート」に、「おかしな奴」を「陰摩羅鬼」に、「ボクは新入生」を「朧車」に、「ないしょの話」を「大海獣」にと、多少内容をアレンジして再執筆している。また怪獣映画さながらの「大海獣」や「妖怪獣」、「毛羽毛現」の恐竜、「白山坊」のモスラのような容姿の巨大蛾などが登場するのもこの時期の特色である。なお「妖怪大戦争」の回では、後に主要メンバーとなる、砂かけ婆、子泣き爺、一反木綿、ぬりかべが鬼太郎の仲間として初めて登場する。

やがて安定した人気を得た本作品は1968年（昭和43年）に、タイトルを『墓場の鬼太郎』から『ゲゲゲの鬼太郎』に変更することでスポンサーの了解を得て、テレビアニメ化を果たす[7]。それに合わせて1967年（昭和42年）に『週刊少年マガジン』11月12日号から作品名を『ゲゲゲの鬼太郎』と改題された。また、アニメ化に伴って少年漫画誌のみならず講談社の『ぼくら』や『たのしい幼稚園』などの幼年誌でも鬼太郎は子供たちのヒーローとして活躍する一方、貸本時代からのファンや青年向けの作品にも登場し、1968年（昭和43年）は鬼太郎作品を5誌に亘って連載していた。

『月刊漫画ガロ』（青林堂）では「鬼太郎の誕生」の掲載を経て、「鬼太郎夜話」を連載。両作とも貸本時代に描かれた作品を、一部ストーリーやデザインを変更して新たに描き直したものである。そして、『月刊宝石』（光文社）ではベトナム戦争を題材にした「鬼太郎のベトナム戦記」を連載。ベトコンに味方した鬼太郎ら妖怪軍が米軍と戦うというストーリーであるが、原案として参加した佐々木守と福田善之が思想的な部分を手伝っている。

1969年（昭和44年）、人気絶頂の最中に『少年マガジン』の連載が終了。翌1970年（昭和45年）の『別冊少年マガジン』7月号では、連載が終了した作品の主人公を描く「その後のまんがスター」という企画があり、南方に渡って最後は平和に暮らす鬼太郎という「その後のゲゲゲの鬼太郎」が掲載された。
長期シリーズ化

連載やアニメの終了後も人気は衰えず、1971年（昭和46年）に再びテレビアニメ化されたことに合わせて、『週刊少年サンデー』（小学館）で新作が描かれた。今シリーズの鬼太郎は、砂かけ婆の経営する妖怪アパートの住人として描かれ、鬼太郎ファミリーのメンバーがこれまでよりも増えている。また、『少年マガジン』でゲスト妖怪として登場していた猫娘と設定は同様であるが、容姿が微妙に違う猫子というキャラクターをレギュラーとして登場させている。なお、当時は小学館の『よいこ』『幼稚園』『小学一年生』などの学習雑誌での連載も加わり、7誌同時にそれぞれ別の鬼太郎作品を発表していた。

『少年サンデー』版の最終話では、鬼太郎がヤカンズルに飲み込まれ7年は出て来られないとして終わっているが、2年後の1973年（昭和48年）には『いんなあとりっぷ』（仏の世界社）で「鬼太郎とねずみ男」の連載が始まる。このシリーズは短期連載で終わるが、風刺色の強い作品でありオールカラーで描かれた。

翌1974年（昭和49年）には描き下ろし長編『死神大戦記』が学習研究社から「日本の妖異」シリーズとして上・下巻で発行。『往生要集』を下にした作品であり、宮田雪が脚色担当として参加している。今作は「その後のゲゲゲの鬼太郎」の続編として描かれ、水木しげると共に鬼太郎が地獄を舞台にして妖怪と戦うストーリーである。

1976年（昭和51年）には『週刊少年アクション』（双葉社）で「鬼太郎の世界お化け旅行」の連載が始まり、鬼太郎ファミリーが世界の妖怪を相手に活躍する姿が描かれた。なお、今作の鬼太郎は野球帽を被っている設定。また、1976年から1977年（昭和52年）に掛けては「鬼太郎対悪魔くん」、「妖怪ロッキード」などの、単発の読み切り作品も幾つか発表された。

そして、1977年から1978年（昭和53年）に掛けては『週刊実話』（日本ジャーナル出版）での連載が約1年半続く。同誌では3作品が発表され、1作目は「続ゲゲゲの鬼太郎」を連載。高校生になった鬼太郎の話であり、これまでのチャンチャンコをやめて縞模様のセーターを着用している。鬼太郎シリーズの中では特に異色作であり、内容的には青年向けに描かれている。当時の『週刊実話』編集者によると、かつて子供が人気を支えた鬼太郎を青年誌に連載することには不安があったようであるが、「当時の水木ファンたちは今や大学生や社会人になっている。読者もきっと分かってくれるはずだ」という意見もあり、鬼太郎を大人の世界で活躍させることになったという[8][9]。また、当時の水木はこれまでのヒーロー的な鬼太郎からの脱却を試みていた背景もあり、この話にかなり意欲的に取り組んでいる[10]。しかし、後に水木は「鬼太郎にセックスを持ち込んだのは失敗だった」と回想しており[11]、『週刊実話』2作目の「新ゲゲゲの鬼太郎 スポーツ狂時代」では軌道修正を行っている。今作は、超能力を奪われた鬼太郎が相撲界で活躍する「相撲の巻」、墓の下高校の野球部に入部した鬼太郎が妖怪チームで甲子園を目指す「野球狂の巻」の2話で構成された水木独特のスポーツ漫画である。