1888年（28歳）、『交響曲第1番ニ長調』の第1稿が完成。10月、ブダペスト王立歌劇場の芸術監督となる。1889年1月（28歳）、リヒャルト・ワーグナーの『ラインの黄金』と『ワルキューレ』のカットのない初演をして模範的演奏として高い評価を得た。しかしこの年、2月に父を、10月に母と、続けざまに両親を失っている。1891年4月（30歳）、ハンブルク歌劇場の第一楽長となる。1892年1月19日（31歳）、ハンブルク市立劇場で行われたピョートル・チャイコフスキーのオペラ『エフゲニー・オネーギン』のドイツ初演を指揮。

1894年12月18日（34歳）、『交響曲第2番ハ短調』が完成。1895年2月6日（34歳）、弟オットーが21歳で自殺。12月13日（35歳）、『交響曲第2番ハ短調』全曲初演。1896年（36歳）、シュタインバッハ（ザルツカンマーグートのアッター湖近く）にて『交響曲第3番ニ短調』を書く。

1897年春（36歳）、結婚などのためにユダヤ教からローマ・カトリックに改宗。5月、ウィーン宮廷歌劇場（現在のウィーン国立歌劇場）第一楽長に任命され、10月（37歳）に芸術監督となった。1898年（38歳）にはウィーン・フィルハーモニーの指揮者となる。1899年、南オーストリア・ヴェルター湖岸のマイアーニック（ドイツ語版）（Maiernigg）に作曲のための山荘（別荘）を建て『交響曲第4番ト長調』に着手（翌年に完成）。

1901年4月（40歳）、ウィーンの聴衆や評論家との折り合いが悪化し、ウィーン・フィルの指揮者を辞任（ウィーン宮廷歌劇場の職は継続）。

12月（41歳）、「私の音楽を君自身の音楽と考えることは不可能でしょうか。二人の作曲家の結婚をどう考えますか[14]」と結婚前のアルマ・シントラーに作曲をやめるように申し出、彼女はその後作曲の筆を折った。なお、アルマはアレクサンダー・フォン・ツェムリンスキーに作曲を習い14曲の歌曲を残しており、これはウニヴェルザール出版社より出版されている。1902年3月（41歳）、当時23歳のアルマと結婚。2人とも初婚だった。

夏にマイアーニックの山荘で『交響曲第5番嬰ハ短調』が完成。10月（42歳）、長女マリア・アンナ（愛称プッツィ）が誕生する。1903年には、オーストリア皇帝フランツ・ヨーゼフ1世から第三等鉄十字勲章を授与された。この年、次女アンナ・ユスティーネ（愛称グッキー）も生まれた。1904年4月、シェーンベルクとツェムリンスキーはウィーンに「創造的音楽家協会」を設立しマーラーを名誉会長とした。夏にマイアーニックの山荘で『交響曲第6番イ短調』を書き上げ、『交響曲第7番ホ短調』の2つの「夜曲」を作曲。1905年夏（45歳）にはマイアーニックの作曲小屋で残りの第1楽章・第3楽章・第5楽章を作曲して7番も完成に至った。
晩年と死夏休みに別荘付近を散歩するマーラー夫妻（1909）マーラーの眠る墓

1907年（47歳）、長女マリア・アンナがジフテリアで亡くなり、マーラー自身も心臓病と診断された。12月、ニューヨークのメトロポリタン歌劇場から招かれ渡米し、『交響曲第8番変ホ長調』を完成。しかし翌1908年5月にはウィーンへ戻る。トーブラッハ（当時オーストリア領・現在のドロミテ・アルプス北ドッビアーコ）にて『大地の歌』を仕上げる。