オビ=ワンはジャバとの交渉に向かい、一方のアナキンとアソーカ率いるクローン部隊は惑星テスへ行き誘拐犯が立て篭ったという崖の上にある寺院に突入しようとしたが即座に交戦状態へ入った。だが、崖の上にある寺院と崖をのぼりながら戦闘する共和国軍はウォーカーを一機破壊されるもスカイウォーカーの見事な作戦で制圧。ロッタの確保に成功。しかし、これはジャバをも分離主義勢力に取り込む事を企図したドゥークーの計画であり、彼はオビ=ワンが立ち去った後にジャバと接触。息子を誘拐したのはジェダイであり、さらにそのジェダイがジャバの命をも狙っていると吹き込み、独立星系連合への加盟を要求した。アナキンとアソーカ達もアサージ・ヴェントレス率いるドロイド1個大隊に包囲され、追い詰められていたが、オビ=ワン率いる212攻撃大隊の救援によりどうにか脱出に成功し、奪ったスパイス密輸船「トワイライト」でそのままタトゥイーンに向かった。しかし、そこでもドゥークーの妨害工作に遭い、アナキン達の乗った宇宙船は墜落。二人は徒歩でジャバの元に向う事になる。
その頃、ジャバがジェダイに不信を抱いていると知ったアミダラ議員は当時コルサントに居を構えていたジャバの親戚ズィロ・ザ・ハットに再度の交渉の仲介を依頼した。しかし、ズィロはドゥークーと内通しており、全ては両者が仕組んだ事であると判明する。一度はズィロに捕らわれたアミダラであったが、C-3POの呼んだコマンダー・フォックス率いるショック・トルーパー部隊により救出され、ズィロを拘束した。アナキンとアソーカ達もドゥークーおよびマグナ・ガード部隊との激しい戦いの末に無事ロッタをジャバの下へ送り届けた。そしてアミダラの手で全てがジャバに伝えられ、ジャバは共和国軍に支配宙域での通行を許可した。 分離主義評議会の一員で、テクノ・ユニオンの監督者を務めるエマー・ワット・タンバーがトワイレック種族の母星であるライロスを侵略した。この侵略に対して、共和国軍はジェダイ将軍のアイマ＝ガン・ダーイを現地へ派遣し、チャム・シンドゥーラ将軍率いるトワイレック・レジスタンスを手助けした。しかし、分離主義勢力軍の戦力は圧倒的でとうとうライロス上空のダオ提督率いる共和国艦隊が一掃され、地上で戦う兵士たちへの補給がなくなってしまった。 食料と医薬品不足に苦しむトワイレックの民を救うため、共和国は中立惑星トイダリアに協力を求める。ジェダイ評議会は元老院の任務を終えたばかりのベイル・オーガナ議員に、近くにある惑星トイダリアへ向かうよう要請する。彼を支援するために派遣されたジャー・ジャー・ビンクス代議員と共に、カトゥーンコ王に飛行艇を物資の集積基地として使用できるよう依頼しようというのだ。オーガナとビンクスは王と評議会による公聴会に招かれたが、通商連合のロット・ドッド議員の到着によって交渉は暗礁に乗り上げてしまう。オーガナとビンクスはこの問題における人道的意図を強調するが、ドッドはこの戦争で中立を宣言していたトイダリアがライロスと共和国の兵士への物資補給に応じれば、一方の勢力を支援することになり、自ら掲げた原則を打ち破ることになると指摘する。熟考の末、カトゥーンコは共和国がトイダリアに基地をおくことを公式に拒否したのだった。だがその後、彼は密かにオーガナとビンクスに会い、本心では人道支援は彼の望むところであると告げる。彼はトイダリアによる干渉を秘密にすることを条件に、オーガナの船に予備の食料物資を積み込むことを許可したのだ。オーガナはトラブルメーカーとして並外れた才能を持つジャー・ジャーに、晩餐会の席でドッドの気を逸らすよう指示し、自身は補給物資の積み込み作業を監視したのである。ジャージャーの協力もあり、無事に共和国軍は救援物資をライロスに送ることに成功した。ダーイ将軍はバトル・ドロイドとの戦いで命を落としたが、シンドゥーラ率いる自由の戦士はトイダリアから派遣された補給物資を受け取るまで持ちこたえた。都市ケイズンが陥落した後、シンドゥーラの軍勢は秘密の拠点に身を潜めながらゲリラ戦を続けた。 ライロスへの密かな人道的支援を行った後、カトゥーンコはトイダリアは中立の姿勢を考え直すことになるかもしれないと考え、ジェダイ・マスター・ヨーダとの会見を提案した。トイダリアンの支配領域に共和国基地を建設する許可とトイダリアを共和国側に引き込む為、ヨーダはカトゥーンコ王と交渉を行おうと、珊瑚衛星ルゴサへ向かった。だが、トイリダリアンの君主カトゥーンコとその護衛兵たちがジェダイの特使の到着を待っていると、一足先にアサージ・ヴェントレスが現れ、彼にドゥークー伯爵のホログラムを示した。ドゥークーはカトゥーンコに共和国の弱さを説き、共和国ではトイダリアを守ることはできないため分離主義勢力との同盟を考えるべきだと主張する。さらにヨーダの交渉を邪魔するため、分離主義勢力はヨーダの乗ってきた軽クルーザーを2隻のフリゲート艦で攻撃した。ジェダイ・マスターは脱出ポッドで船から脱出し、クローン宇宙軍士官ザックは撤退を強いられる。やがてヨーダは3人のクローン・トルーパー、サイア中尉、ジェック、リズと共にルゴサの地表に到達した。そして共和国のフリゲート艦が星系を離れると、ヴェントレスはそれを弱さの証として王に訴えたのだった。だが、彼女の説得はヨーダ自身からのホログラムによる呼び出しによって遮られる。ジェダイ・マスターは生きていたのだ。地表に到着したヨーダはヴェントレスの存在に気付き、分離主義勢力がジェダイに勝る保護を提供するとしてカトゥーンコの指示を勝ちとそうとしていることを知った。そこでヴェントレスは勝負を提案する。ヨーダが彼女の精鋭部隊から逃れることができればトイダリアは共和国に加わる。だが彼が失敗し、ドロイドが勝てば、トイダリアは分離主義勢力に加わるというのだ。分離主義勢力はトイダリアを手に入れるためにドロイドの軍団をルゴサへ送り込み、ヨーダ達はルゴサでドロイド軍団と戦わなくてはならなくなったが、ヨーダの活躍によってクローンたちに犠牲は出ずにドロイド軍を押し込むことに成功した。ジェダイの戦いぶりに感銘を受けたカトゥーンコはトイダリアを共和国へ加入させることを決定した。ドゥークー伯爵はカトゥーンコに自分の申し出について再考するよう促すが、カトゥーンコは自身の言葉を守れない者とは取引できないと告げる。この結果に激怒した伯爵は、おそらく次は連合を支持する後継者と取引することになるだろうと告げ、ヴェントレスに彼を殺すよう命じたのだった。ヴェントレスはトイダリアン・ロイヤル・ガードを素早く始末し、王に襲いかかろうとしたが、ちょうどそのときヨーダが現れる。ヨーダはフォースでヴェントレスを押さえつけ、クローンがドロイドたちを破壊した。ヨーダはカトゥーンコに挨拶し、単純なフォースを見せつけてヴェントレスを退ける。だが彼女は降伏せず、あらかじめ設置しておいた爆弾で崖崩れを引き起こすと、それを囮にしてソーラー・セーラーで逃走したのだった。カトゥーンコ王はヨーダの申し出を喜んで受け入れ、共和国に参加した。その後、彼らを迎えるリパブリック・ガンシップが到着し、一同は衛星を発ったのである。 マレヴォランスとは独立星系連合の新型巨大戦艦「サブジュゲーター級重クルーザー」の1隻で、ドゥークー伯爵からグリーヴァス将軍に与えられた艦だった。この艦の最大の特徴は船体の両側にそれぞれ一基ずつ装備された巨大なイオン砲で、それによって敵艦の電子機器を無力化する事が出来た。そしてマレヴォランスはグリーヴァス将軍の指揮のもと多くの共和国の艦隊をイオン砲で行動不能にさせた後に集中砲火を浴びせて壊滅させ、一人の生還者も帰さなかった。そのため、共和国軍はマレヴォランスの情報すら得る事が出来なかったのである。 マレヴォランス戦役の中、アブレガド星系でマレヴォランス撃破のために派遣されたジェダイ・マスターのプロ・クーン指揮下の艦隊がマレヴォランスを追跡するも、返り討ちにあって全滅させられてしまう。しかしアナキン・スカイウォーカー将軍とアナキンの弟子であるアソーカ・タノによってプロ・クーンとクーン指揮下のコマンダー・ウルフ以下数名のクローンが救出され、結果として共和国はマレヴォランスの正体を知る事が出来た。 グリーヴァス将軍はアブレガドでプロ・クーンらの追跡を振り切った後、リンデリア星系を通過しようとした共和国軍の医療船団を待ち伏せした。この襲撃で共和国のペルタ級フリゲート3隻とヴェネター級スターデストロイヤー1隻を破壊され、共和国の艦隊は全滅した。 リンデリア星系で共和国医療船団が襲撃された直後、アナキンは自身の＜レゾリュート＞で＜マレヴォランス＞破壊作戦を練っていた。アナキンは作戦を立てると、＜レゾリュート＞のハンガーにクローン・パイロットを集めて、＜マレヴォランス＞破壊作戦を説明した。彼は爆撃機の編隊を組んで敵のイオン砲をかいくぐり、グリーヴァス将軍のいるブリッジに直接攻撃を仕掛けるつもりでいた。プロ・クーンはこのリスクが高い作戦に難色を示したが、最終的に自身も護衛機として爆撃隊に同行することにした。
ライロス侵略
ライロスの戦闘
トイダリアの協力
ルゴサの戦い
マレヴォランス戦役
アブレガドの戦い
リンデリア星系の戦い
マレヴォランス打倒作戦
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出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』
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