その後数年間は『X-メン』を含むスタジオ映画のリライトや、マーティン・スコセッシとレオナルド・ディカプリオのために用意されたアレクサンドロス3世の生涯を描く脚本のピーター・バックマンとの共同執筆に携わった。

2000年には脚本と監督を務めたベニチオ・デル・トロ、ライアン・フィリップ、ジェームズ・カーン主演の『誘拐犯』が公開された。

その後ジョン・ウィルクス・ブースを描く脚本にディラン・カスマンと、太平洋戦争の壮絶な終焉を描く『The Last Mission』にネイサン・アレグザンダーと、それぞれ企画段階で係わった。

マッカリーとアレグザンダーは、1944年7月20日のヒトラー暗殺未遂事件を描く脚本の執筆のためにクラウス・フォン・シュタウフェンベルクの遺族に接触した。シンガー監督、トム・クルーズ主演の『ワルキューレ』は最終的に2008年12月25日に公開された。

2010年に放送されたNBCのテレビドラマ『Persons Unknown』ではクリエーターを務めている。
監督・脚本作品

公開年邦題
原題備考
2000年誘拐犯
The Way of the Gun
2012年アウトロー
Jack Reacher
2015年ミッション:インポッシブル/ローグ・ネイション
Mission: Impossible - Rogue Nation兼 原案
2018年ミッション:インポッシブル/フォールアウト
Mission: Impossible - Fallout兼 製作
2023年ミッション:インポッシブル/デッドレコニング PART ONE
Mission: Impossible - Dead Reckoning Part One兼 製作
2024年ミッション:インポッシブル/デッドレコニング PART TWO
Mission: Impossible - Dead Reckoning Part Two兼 製作

脚本作品

公開年邦題
原題共同執筆者備考
1993年パブリック・アクセス
Public Accessブライアン・シンガー
マイケル・フェイト・ドゥーガン
1995年ユージュアル・サスペクツ
The Usual Suspects
1998年ゴールデンボーイ
TApt Pupilブランドン・ボイスクレジットなし
2000年X-メン
X-Menデイヴィッド・ヘイタークレジットなし
2008年ワルキューレ
Valkyrieネイサン・アレグザンダー兼 製作
2010年ツーリスト
The Touristフロリアン・ヘンケル・フォン・ドナースマルク
ジュリアン・フェロウズ
2011年ミッション:インポッシブル/ゴースト・プロトコル
Mission: Impossible ? Ghost Protocolジョシュ・アッペルバウム
アンドレ・ネメック
J.J.エイブラムスクレジットなし
2013年ジャックと天空の巨人
Jack the Giant Slayerダーレン・レムケ
ダン・スタッドニー
マーク・ボンバック
ウルヴァリン:SAMURAI
The Wolverineマーク・ボンバック
2014年オール・ユー・ニード・イズ・キル