クロスオーバー開始の数年前から、本作の前兆が描かれていた[5]。『ニュー・ティーン・タイタンズ』で登場したモニターはその一例である[6]。ジョルダーノ、ウルフマン、レン・ウェインは1983年1月3日付けのメモで、編集者やライターに自作でモニターを2回使うように、ただし直接姿を見せないようにと指示を下した。「このシリーズはDCユニバース全体にわたるものなので、すべての編集者とライターはプロジェクトへの協力をお願いします。来年中にモニターという名のキャラクターを作品中で2回使って下さい」。これが本作の伏線となった[1][6]。『クライシス』のタイインはDCのレギュラー誌で行われ、DC社が刊行する大半のコミック誌上でクロスオーバーと直接関係する出来事が描かれた[7]。これらの表紙にはDC50周年のロゴとともに「Special Crisis Cross-Over」と書かれたバナーが印刷されていた。参加シリーズは以下の通り。

All-Star Squadron #50?56

Amethyst (vol. 2) #13

DC Comics Presents #86?88

The Fury of Firestorm #41?42

Green Lantern (vol. 2) #194?195; #198

Infinity, Inc. #18?24; Annual #1

Justice League of America #244?245; Annual #3

Legion of Super-Heroes #18

The Losers Special #1

The New Teen Titans (vol. 2) #13?15

The Omega Men #26; #31?33

Superman #414?415

Swamp Thing #46

Warlord #97

Wonder Woman #327?329

Legends of the DC Universe : Crisis on Infinite Earths #1

あらすじ

突如として地球が消滅していく。人々が為す術もなく逃げ惑う中、パライアは「自分の罪だ」と嘆き姿を消す。この現象はマルチバースの全ての地球で起きていた。「アース3」ではアレキサンダー・ルーサーが反物質によって自分たちの世界が消滅していることに気付いていたが、有効な対策を見つけられず幼い子供をロケットで異なる次元へ逃がすのがやっとだった。「アース3」に現れたパライアは消滅する様子を見届け再び姿を消す。マルチバースを監視するモニターは衛星基地でこの現象の解決策を模索していた。モニターはハービンジャーに命じて分身を作り出させ、様々な時間軸や場所へ向かいヒーローやヴィランを集め巨大な機械「振動装置」の防衛を任せる。しかし、ハービンジャーの分身の一体がシャドウデーモンに憑りつかれてしまう。

バットマンがジョーカーと対峙していたある夜、ボロボロになった姿のフラッシュが現れ助けを求めるが、すぐに消滅する。「アース1」と「アース2」の地球が反物質の影響で異常気象や災害が起き始めた頃、再びバットマンの前にフラッシュが現れるが、すぐに消滅する。一方、モニターの衛星基地ではパライアが現れ、目の前でモニターがハービンジャーに殺される瞬間を見届けるのだった。洗脳が解け意識を取り戻したハービンジャーと事態が呑み込めないパライアに、モニターからの録画メッセージが流れ、自身の死によって生まれるエネルギーで「振動装置」を起動させ、「アース1」と「アース2」をネザーバースに移した事が語られる。ネザーバースに同時に存在する惑星同士が干渉し合い崩壊するのを防ぐため、ハービンジャーとパライア、「アース3」を生き延びモニターが育てていたアレクサンダー・ルーサー・Jrは再びヒーローやヴィランを集める。

反物質宇宙でマルチバースを監視するアンチモニターはサイコパイレートとレッドトルネード、フラッシュを拉致していた。アンチモニターはレッドトルネードとサイコパイレートの能力を使って「アース4」「アースS」「アースX」で奔走するヒーロー達を戦わせ混乱に陥れる。ハービンジャーが能力を使い切って「アース4」「アースS」「アースX」もネザーバースに移しサイコパイレートの洗脳から切り離すが、ネザーバースに同時に存在する「アース1」「アース2」に加え「アース4」「アースS」「アースX」も干渉し合い崩壊する危機は避けられなかった。ヒーロー達はアンチモニターと戦うため反物質宇宙へ向かう決意を固める。

アレクサンダーの能力で反物質宇宙への空間を開き、パライアに導かれアンチモニターの要塞へ向かう。そこで反物質で惑星が消滅した際に発生するエネルギーを集める機械を発見し、スーパーガールが自らの命と引き換えにアンチモニターの外骨格と共に破壊する。エネルギー体となったアンチモニターは逃亡した後に新しい外骨格を再構成すると、次に「反物質砲」でネザーバースを消滅させようとする。