他局の11PMやトゥナイトのような番組とは異なり、頑なに風俗情報を扱わない「女性が嫌がるモノはNG」といった姿勢をとっており、番組のプロデューサーだった斧賢一郎は放送当時のインタビューで「この番組は女性の視点で作っており、風俗番組(エロ番組)といわれると心外。[11][12]」と語っている。また当番組の初期のディレクターを担当していた中尾哲郎は、学生時代に見た同局の「独占!男の時間」に影響を受け、「このようなゲリラ的なテレビ番組をつくってみたい」としてテレビ東京(当時：東京12チャンネル)に入社したという。
主なコーナー・企画
GNNヒップライン
リニューアル後のオープニング企画。飯島 愛が他愛もないニュースを読み上げた後、Tバックを見せる。ニュースチャンネル「CNNヘッドライン」のパロディ[13]。番組人気最高潮時には本家CNNから取材が来た。
ボディコンdeスポーツ
グラビアアイドルなどがボディコン姿で様々なスポーツに挑戦する。
ギルガメ治療院
イジリー岡田が治療院院長に扮し、AV女優が患者としてゲスト出演する番組初期の頃の女性向けコーナー。スリーサイズなど問診しつつ、実際の指圧師であるジェフ古川がコリをほぐしていく内容で女性視聴者からも好評を得ていた。コリの原因としてAV作品を紹介する場面は男性視聴者を狙って放送していたが、毎回VTR終わりはイジリーのアップとなっていた[14]。
夜食ばんざい / ギルガメクッキング
裸にエプロンの女性アシスタントとともに夜食を作る食欲と性欲を交えたお料理コーナー。

初代のホストと女性アシスタントは、なぎら健壱と野坂なつみ。

「新」はイジリー岡田と憂木瞳。

「ギルガメクッキング」は山崎まさやと城麻美。

ランジェリーファッションショー
当初はセクシーメイツがモデルとなり飯島愛とイジリー岡田が女性視聴者向けに最新ランジェリーを紹介。後に出演女性は水谷ケイやAV女優が務めるようになった。
ランジェリー歌謡祭
下着姿の歌謡祭。出演女性が歌声を披露しながら最新の下着を紹介するという体のコーナーで、実際女性人気も高かった[13]。
ギルガメ写真館
女性カメラマンがAV女優やグラビアアイドルのヌードや水着姿を撮影するコーナー。女性向け番組のため、カメラマンも女性が担当していた。
ドラマ 三乳士
Eカップ以上のバストを持つ女性(AV女優)が出演するコーナー。
バスルームシネマ
憂木瞳と城麻美が入浴しながら映画紹介するコーナー[14]。
番組から誕生したユニット

VIVID

独特なキャラクターとダンスを得意としたユニットで番組開始当初から3ヶ月間、アシスタントとして出演していた女性3人組。その後、細川ふみえと交代する形で番組を降板した。

LADY´S (細川ふみえ・藤崎仁美・山崎真由美)

番組初期の頃に活躍したユニットであり以降、番組では3人組のセクシーユニットが継続される事となる。

コブトリブラザーズ(日高充・イジリー岡田)

ボディコンdeスポーツのコーナーで実況・解説を担当、又トークなどでも絡む場面が多かった事から名付けられた愛称であり、実際はユニットやグループではない。一時期、ファンクラブが存在した。

憂木 瞳＆イジリー岡田

番組企画の一環としてシングルCD「マンゴ・ナタデ・ココ」をリリースするために組まれたユニット。

仔寵仔寵 (相羽香奈・山川小春・葉山みどり)

LADY´Sに続く3人組で乳房が露出している衣装が特徴的だった。

ギルガメ セクシーメイツ(斉藤りさ・星野かおり・染谷まさ美)

番組においてオーディションが行われ、結成されたセクシーアイドルユニット。後に他局等への出演も増え、グループ名も長いという事で「セクシーメイツ」と称すようになった。

MASK

桜井あゆみと水谷ケイによる期間限定ユニットで写真集も発売された。

ラテンガールズ 情熱娘 (土田理奈・山本恵美・山岡要子)

1997年、ブラジルのアーティストであるCarrapichoの「恋のチキチキ」の日本語版を歌唱するセクシーグループとして結成。3人のメンバーは番組内でのオーディションによって選抜された。

山崎まさや＆香月あんな

「恋の東京ナイトクラビング」という曲を歌うために結成された音楽ユニット。この曲は、お笑い芸人のアンジェラ・デストロイがアイドル時代に所属していたHako (With Bibian)というグループのシングルCD(カップリング)に収録されている。

ピーチガールズ 桃姫隊 (斉藤容子・高原奈美・細井架奈美)

番組の終盤に出演していた3人組。メンバーの1人に中森あきない(当時：高原奈美)が在籍していた。
視聴率

平均視聴率は、5％?6％を記録するなど90年代を代表する深夜番組として大ヒットした。放送開始当初は、番組の知名度も低く、視聴率も伸び悩んでいたが1992年に全国ネットの放送がスタートして以降、人気番組に成長した。アルベールビルオリンピックの開会式中継の真裏で放送した回が視聴率で勝利した事もある[15]。「殿様のフェロモン(フジテレビ)」や「ロバの耳そうじ(日本テレビ)」など他局のお色気深夜番組は人気を維持できず短命で終了していた中、当番組は1人勝ち状態で安定した人気を得ており、6年半の放送が続いた。
苦情・クレーム

ギルガメ治療院では当初、AV女優の作品を紹介する場面が放送されていたが女性視聴者も多かったため、苦情が付き途中から作品紹介は行われなくなった。また指圧の際もトップレス姿であったが下着で行うように変更された。

人気コーナー「新・夜食ばんざい」は開始当初、父兄からの苦情がたくさん寄せられていた。

放送当時、番組には苦情がたくさん寄せられており、それに対応する形で一時期「愛＆バカルディの苦情受け付けます」というコーナーがあった。飯島愛と当時レギュラー出演していた、バカルディ（現：さまぁ?ず）が番組に寄せられた苦情のハガキを紹介するというもの。

1998年1月31日の放送で視聴者からテレビ東京の放送番組審議会宛に｢内容がお色気番組として笑って見過ごせる範囲を超えているのでは?｣という苦情が多く寄せられ、番組の内容について審議された結果、同年4月の改編で3月28日放送分をもって打ち切りが決定し、7年間の放送にピリオドを打った。

その他

1990年代は既にビデオデッキが普及しており、アダルトビデオやレンタルビデオ全盛時代であった。次第に視聴率を獲得できない、スポンサーがつかないなどの事情から深夜のお色気番組の需要は低下傾向を辿っていった。

1997年12月16日、同局で放送中だったテレビアニメ「ポケットモンスター」の放送終了後にポケモンショックが発生し、番組の放送がおよそ4カ月間休止という措置が取られ、テレビ東京は大打撃を受けた。この影響を受けて当時、人気が低迷していたギルガメッシュNIGHTの打ち切りも検討された。

1998年2月に開催予定の長野冬季五輪（1998年長野オリンピック）を間近にして外国人観光客や日本にもより良いイメージを持ってもらうために過激な内容を自粛し、お色気要素を控えめにした内容に変更された。

影響
芸能界

オードリー、星野源、しみけん、雨宮まみ、吉村崇、秋山竜次、宮地謙典、渡辺 隆、あやまん監督、綾野剛、根本はるみ、SILVA、赤いプルトニウム、ゴールデンボンバー、ベッド・イン、大野智、村上純、堂本光一、村上信五、横山裕、関谷友美、山下健二郎、神田伯山、山崎弘也、ニューヨークなど学生時代この番組を視聴していたという芸能人が多く、一方で関根 勤、鶴久政治(実際に番組に出演)、鈴木奈都、小堺一機といった既に成人していたタレントもこの番組を好んでいたという。さらに大堀恵、有馬すず、澤部佑、清水あいり、大木亜希子、坂井伊織といったこの番組の世代ではない芸能人も¨ギルガメ¨を知っている人が多く知名度は今も衰えていない。