1204年に第4回十字軍によってコンスタンティノープルが占領されて東ローマ帝国は崩壊し、ギリシャにも十字軍が侵入してきた。12世紀末のコムネノス王朝末期以降、東ローマ帝国は内部崩壊を起こして国政が混乱していたため、ヨーロッパ側に住むギリシャ人の多くは混乱を収め、安定をもたらすものとして十字軍を歓迎した[13]。このため、アテネ公国などの多くの十字軍国家が成立した（十字軍に抵抗したのは裕福なコリントスのみ）。ほかには東ローマの亡命政権であるエピロス専制侯国や、ブルガリア帝国、セルビア王国、また都市国家ヴェネツィアなどが割拠するようになった。

アナトリアに逃れたギリシャ系の東ローマ帝国の亡命政権ニカイア帝国により1261年に東ローマ帝国は再建されたが、以前より力が弱体化していたためにギリシャ全土を奪回できず、諸勢力の割拠状態が続き、その隙をついてギリシアやアナトリアでは14世紀以降イスラム王朝のオスマン帝国が勢力を伸張させていった。
オスマン朝・ヴェネツィア支配時代詳細は「トルコクラティア」を参照

1453年のコンスタンティノープル陥落によって東ローマ帝国はオスマン帝国によって滅ぼされ、残る諸勢力も15世紀末までにはほとんどがオスマン帝国に征服された。オスマン帝国はコンスタンティノープルに遷都し、369年間のオスマン帝国による統治が続いた。

一方で、オスマン帝国に支配されなかった地域もある。東ローマ帝国滅亡後も、イオニア諸島は1797年までヴェネツィア共和国の領土であり、その後も1800年にイオニア七島連邦国、1815年にイオニア諸島合衆国が成立している。そのほかにも、1669年までのクレタ島、1686年から1715年までのペロポネソス半島もヴェネツィア領であった。
独立回復と王政時代ギリシャ王国の領土変遷（1832年 - 1947年）詳細は「東方問題」を参照

1821年にオデッセイにおいて創設された秘密組織フィリキ・エテリアを中心として、オスマン帝国に対する反乱が企てられた。3月にギリシャ各地の都市で蜂起が起こり、ギリシャ独立戦争が始まった。エジプトの助けを得てこれを鎮圧しようとしたオスマン帝国に対し、英・仏・露が介入、1829年、アドリアノープル条約によってギリシャ独立が承認された。1832年、バイエルン王国の王子オットーをオソン1世として国王に据えギリシャ王国として独立し、コンスタンティノープル陥落以来379年ぶり、古代ギリシャ滅亡から考えると約1900年ぶりにギリシャ人の国家が復活した。

その後は汎ギリシャ主義（メガリ・イデア）を標榜し、1897年にはトルコに侵攻（希土戦争）し敗北するも、第一次世界大戦直前の1912年から1913年にはバルカン戦争で勝利し、クレタ島をトルコから奪取した。

1919年のパリ講和会議では日本の提出した人種差別撤廃案に賛成するなど反人種差別を表明した。1919年 - 1922年にセーヴル条約を押しつけるため、ギリシャ系住民保護を名目にアナトリアに侵攻したが、（希土戦争）ムスタファ・ケマル・パシャが率いるトルコ軍に敗退した。1924年にクーデターにより共和制のギリシャ第二共和政となるが、1935年には王政（ギリシャ王国、1935年 - 1941年）が復活し、国王ゲオルギオス2世の強権発動によって極右政党党首イオアニス・メタクサスが陸軍大臣に任命されていたが、1936年4月12日に暫定首相デメルジスが死去したことに伴い首相に就任。1936年8月4日にメタクサスがクーデターを起こし八月四日体制（1936年 - 1941年）と呼ばれる独裁体制となった。
第二次世界大戦時代

第二次世界大戦では枢軸国と敵対し、ナチス・ドイツおよびイタリア、ブルガリアの侵攻にあい（ギリシャ・イタリア戦争）、戦いの最中にメタクサスが病死、王室と政府はイギリスに亡命した。1941年4月のギリシャの戦いに敗れ、ギリシャ本土はドイツ・イタリア・ブルガリアの3国による分割占領状態におかれ、傀儡国家ギリシャ国（1941年 - 1944年）体制になった。大戦中、占領軍に対するレジスタンス運動を主導した共産主義左派ギリシャ共産党（KKE）に支援されたギリシャ人民解放軍（英語版）（ELAS）、対立する反共共和主義者のパルチザンギリシャ民族共和同盟（英語版）（EDES）の三つ巴の戦いとなった。さらにナチスによるロマニオットやセファルディムに対するホロコーストが行われた。
ギリシャ内戦

ギリシャが枢軸国軍から解放され亡命政府が帰還したあと、1944年12月3日に十二月事件（ギリシア語版）が起き、共産主義左派と王党派右派の間で対立が先鋭化すると、1946年にはギリシャ内戦が勃発した。ソ連と隣国ユーゴスラビアに支援された共産勢力が「ギリシャ民主軍（英語版）（共産主義者民主主義軍）」というゲリラ部隊を組織するが、戦後の財政難に苦しむイギリスに替わってアメリカ合衆国が王党派右派政府の全面的な支援に乗り出したことと（マーシャル・プラン）、1948年以降ユーゴスラビアとソ連が対立し、ギリシャの共産勢力はソ連を支持したため、ユーゴスラビアからの援助が失われ、内戦は1949年に共産主義勢力の敗北によって終結した。
戦後

1950年に行われた総選挙の結果、保守連立政権が発足するが政局は安定せず、翌年（1951年）に選挙制度を最大与党に有利に改正して行われた選挙によってようやく政局は安定した。1952年に北大西洋条約機構（NATO）へ加盟、1953年に隣国のユーゴスラビアおよびトルコとの間に三国親善条約と同盟条約が結ばれ、外交的にもようやくの安定をみた。

1950年代の後半になると、キプロスをめぐってトルコとの対立が激化するが、ギリシャ自体は順調な経済成長を続け、1951年から1964年の間に国民平均所得はほぼ4倍になった。