『KHII』のバトルコマンドは「たたかう/まほう/アイテム/ドライヴ」と「たたかう/しょうかん/チェンジ/れんけい」を切り替える形となっていたが、下記のようにパーティメンバーの入れ替えがなくなったこと、連携技やフォームチェンジがシチュエーションコマンドでの発動になったことにより、本作では「たたかう/まほう/アイテム/リンク」となってコマンドの切り替えはなくなり、代わりに装備するキーブレードを3本まで切り替えられるようになった。

パーティはこれまでのナンバリング作品では主人公ソラとNPCのドナルドとグーフィーからなる3人パーティが基本で、ワールドによって固有のキャラクターが仲間になる際はNPC3人のうち2人を選択する必要があったが、本作ではソラ・ドナルド・グーフィーの構成のままさらに固有キャラクターが加わる形式となり、ワールドによって3?5人にパーティ人数が変動する。そのため、過去作のようにセーブポイントやバトルコマンド、メニュー画面からパーティを編成することはなくなった。

新システムの中から特筆すべきものを以下に記述する。
シチュエーションコマンド

『KHII』のリアクションコマンドを発展させたシステム。宝箱を開ける、人と話すといったアクション、バトル中の様々なアクションがボタン1つで起こせるというもの。『KHII』のリアクションコマンドは敵の攻撃に応じて受動的に使うものだったが、本作では能動的に使うようになった。
フィニッシュ技
敵に攻撃を当てているとバトルコマンド上部に矢印上のゲージが溜まっていき、最大まで溜まると発動可能になる大技。どんな攻撃でゲージを溜めたか、どのキーブレードを使っているかで出現するコマンドが変化し、複数のフィニッシュコマンドが出現することもある。コマンドには時間制限があり、時間制限を超えるとコマンド一覧から消失する。
キーブレード変形・フォームチェンジ
上記のフィニッシュコマンドのゲージで、キーブレード変形の条件を満たすとキーブレード変形のコマンドが表示され、発動することで装備しているキーブレードが変形し、フォームチェンジも行う（ソラの服装が変化する）。攻撃性能はキーブレード独自の性能に変化するほか、キーブレードによってフォームが紐づけされており、変形後のソラの性能はそのフォームに応じたものとなる。キーブレードの中には複数段階変形するものがあり、一例としてキーブレード「シューティングスター」は、最初は二丁拳銃「ツーガンアロー」に変形し、変形後さらにゲージを溜めると大砲「マジックランチャー」に変形する。変形後のキーブレードを用いたフィニッシュコマンドを使うか、バトルコマンド上部のゲージがゼロになることで変形は解除される。十字キーによるキーブレード切り替えをすると変形段階も保存され、変形後のキーブレードで次々攻撃するといったことも可能。
アトラクションフロー
「チャンスマーカー」が表示された敵を攻撃し、緑の王冠マークが表示されることで発動可能となる。メリーゴーランドやジェットコースター等、遊園地のアトラクションを呼び出し広範囲の敵を攻撃。特定のボス戦でしか使えないものも存在する。
れんけい
仲間が近くにいると使用できる技。『KHII』ではコマンドの一つだったが、本作では仲間から誘われることで発動可能となる。
シュートフロー

PS4はR1ボタン、XB1はRBボタン長押しで発動する。カメラが操作キャラクターのすぐ後ろに移動して、制限時間内に敵やオブジェクトをロックオンした後に大技を放つ。使用にはソラのFOCUSゲージを消費する。技はキーブレードごとに固有のものとなり、最大までロックオンするか否かで技が異なる。

ロックオン後、「シュートフロー」と「アスレチックフロー」を選べるようになっている。シュートフローでは光弾などの攻撃を放ち、アスレチックフローはソラが猛スピードで動き回りながら攻撃する技となる。木や瓦礫を伝って移動するなど、マップに対してアスレチックフローを行って移動することも可能となっている。アスレチックフローはFOCUSゲージがなくても使用できる。

『BbS』のシュートロックを発展させたシステム。
リンク

様々なキャラクターを召喚し、連携して攻撃を繰り出すコマンド。発動には全MPを消費する。
グミシップ

ワールドマップをグミシップで航行するモード。『KH』『KHII』ではコース制のシューティングゲームだったが、本作ではオープンワールド状の広大な空間を探索し、その中でハートレスの群れに接近するとシューティングのような戦闘モードに移行する。従来のシリーズと同様にグミブロックを組み立ててオリジナルのグミシップを製作することも可能。
アップデート

本作でのエピローグとシークレットムービーは流出などの万が一の事態に備え、発売後のアップデートで無料配信という方式を取っている[13]。
Ver1.01
一部データの修正。タイトルメニューにメモリーアーカイブの追加。
Ver1.02
エピローグの追加。
Ver1.03
シークレットムービーの追加。
Ver1.04
難易度「クリティカルモード」の追加。
Ver1.05
「NewGame」選択時、クリアデータからキーブレードの引き継ぎなどが可能になった[14]。
Ver1.06
タイトルメニューの更新。オラフのボイス差し替え。
Ver1.07
キーブレード「約束のお守り」「過ぎ去りし思い出」追加。上記に伴う新フォームの追加。新アビリティの追加。
Ver.1.10
プレミアムメニューの選択時、ソラのステータス欄への表示が追加される。
キングダム ハーツIII リマインド

2020年1月23日から配信された有料ダウンロードコンテンツ。当初は2019年内の配信を予定していた[15]。追加シナリオや、新機能などが追加される[16]。

シリーズ作品における『ファイナル ミックス』に近いが、従来のようにフルプライスで発売される形ではなく、追加要素がDLCとして配信される形となった。また、従来は『ファイナル ミックス』で行われていたバトル面の追加要素は今回は無料DLCとして上述のVer.1.07に含まれている。

Windows版とSwitch版は本DLCが最初から含まれたセットになっており、Epic Games Storeでは『キングダム ハーツIII + Re Mind (DLC)』表記となっている。
追加シナリオ

Re Mind
本編クリア後、カイリを救うために光と闇が衝突する前の時間へ旅立ったソラの戦いが描かれる。一部の戦闘ではリク、アクア、ロクサス、カイリをプレイアブルキャラとして選択できる場面も存在する。
リミットカットエピソード
Re Mindの後日談。強化された真XIII機関の再現データと戦える。
シークレットエピソード
とある人物と戦えるシナリオ。歴代作品の恒例である次回作の伏線が張られている。
新機能

設定に英語ボイスの追加

データグリーティング
キャラクターを自由に配置し写真撮影ができるモード。
スライドショー
撮影した写真で動画が作成できるモード。
プレミアムメニュー