原作者である永井豪は、本作品について「ハニーのピュアな部分に焦点をあてることで、庵野さんオリジナルのハニーになっている」と評価している。 オープニングタイトルのアニメーションも高く評価され、後のアニメ『Re:キューティーハニー』の制作に繋がった。 科学者宇津木博士の誘拐事件が発生。警視庁[注釈 1]公安部第8課の秋夏子警部は、海ほたるパーキングエリアへ急行する。そこに居たのは、パンサークロー幹部のゴールド・クロー。警官隊の一部がパンサークロー戦闘員の正体を現し、夏子は絶体絶命の窮地に陥る。それを救ったのは一人の女性警察官。彼女こそ宇津木博士の姪に当たる如月ハニーだった。ハニーは変身能力を駆使して宇津木博士を奪還し、さらに女戦士キューティーハニーに変身してパンサークローを撃退する。 最近、都内では貴金属大量強奪事件、若い女性の失踪事件などが頻発していた。夏子はこれらの事件へのパンサークローの関与を疑い、海ほたるから閃光とともに姿を消したキューティーハニーを追い始める。 一方、ハニーはパンサークローに再び誘拐された宇津木博士を独自に捜索し始める。その過程で、毎朝新聞社記者を名乗る早見青児と出会う。青児はハニーにパンサークローに関する情報を語るのだった。 キューティーハニーを追う夏子は、如月ハニーがOLとして勤務するタチバナ総合商事にたどり着く。ちょうどそのころ、パンサークロー幹部コバルト・クローもキューティーハニーを狙いタチバナ総合商事に潜入する。夏子がハニーを尋問していた時、コバルト・クローが二人を襲撃する。ハニーは夏子を連れてエレベーター内に逃れるが、そこでコバルト・クローに拘束されてしまう。夏子を救うため、ハニーは夏子の目の前でキューティーハニーに変身し戦う。その過程で、父・如月博士を殺したパンサークローへの復讐心に駆られたハニーは、Iシステムの全エネルギーを解放しコバルト・クローを熱死させる。 コバルト・クローを倒した直後、気絶したハニーを夏子は自宅に連れ帰り介抱する。目覚めたハニーは、自分が如月博士に造られたアンドロイドであることを夏子に明かすのだった。 夏子は、パンサークロー関連事件の捜査が進展しない責任を問われ、捜査から外されてしまう。一方、青児と合流したハニーにパンサークローからの招待状が届く。ハニー、夏子、青児の3人はそれぞれのルートで敵の本拠地ジル・タワーへ向かう。 指定された場所で待機していたハニーの目の前で、東京タワーの地下から巨大なジル・タワーが出現する。ジル・タワーへ向かうキューティーハニーの前に、パンサークロー幹部スカーレット・クローが立ち塞がる。スカーレット・クローは口から強力な光弾を放つが、キューティーハニーのシルバーフルーレで弾き返され、撃退される。 ジル・タワーにたどり着いたハニーの前に、パンサークロー最後の幹部ブラック・クローが現れる。ブラッククローは両手に武器を持って高速回転しつつ攻撃を仕掛けてハニーを追い詰めるが、ハニーが至近距離から放ったハニーブーメランに倒れる。 シスター・ジルの下にたどり着いたハニーは、宇津木博士が無事救出されたことを確認するが、夏子を人質に取られてしまう。夏子を救うため、ハニーは自分がシスター・ジルの養分になることを受け入れる。シスター・ジルに吸収されかけるハニー。そこに青児が駆けつけ、解放された夏子に銃を手渡す。夏子はハニーのチョーカーのスイッチを狙って銃撃する。銃弾がスイッチを押しIシステムが起動、その愛の光に包まれたシスター・ジルは浄化され、枯れた花へと姿を変えた。 ジル・タワーは崩壊し、パンサークローは壊滅。街には以前の平和が戻っていた。
あらすじ
キャスト
佐藤江梨子 - キューティーハニー / 如月ハニー
市川実日子 - 秋夏子
村上淳 - 早見青児
及川光博 - ブラック・クロー
片桐はいり - ゴールド・クロー
小日向しえ - コバルト・クロー/寺田リンコ（二役、コバルトクローは寺田を監禁し成り代わってハニーに接近する）
新谷真弓 - スカーレット・クロー
加瀬亮 - 秋夏子の年下の部下
岩松了 - 秋夏子の年上の部下
松尾スズキ - 係長
嶋田久作 - 警察庁幹部
松田龍平（友情出演） - NSAクライアント
京本政樹（特別出演） - リョウ宇津木
吉田日出子 - お掃除のおばちゃん (鬼谷京子)
手塚とおる - 執事
篠井英介 - シスター・ジル
倖田來未 - ディーヴァ
虻川美穂子（北陽）- タチバナ商事社員
伊藤さおり（北陽）- タチバナ商事社員
井口昇
石井克人
三木俊一郎
轟木一騎
大崎章
眞島秀和
田中要次
出渕裕
佐藤佐吉[注釈 2]
大河内浩
森下能幸
山賀博之
山崎潤
菅原卓磨
神谷誠
小川敏明
金剛地武志 - リョウ宇津木に変身したキューティーハニーを捕らえた戦闘員
澤田千作
清水一哉
玉一敦也
山本貴浩
堀内俊成
福知幸太
高槻祐士
保科光志
田中良[要曖昧さ回避]
伊達久光
岡本敏幸
四方宗
福島匡幸
重見成人