1歳下の弟ヴァルターと共に幸福な少年時代を過ごしたが、1933年、反ユダヤ主義を掲げるナチ党の権力掌握により運命が一変した。一家は1938年に米国へ移住し、第二次世界大戦中の1943年に帰化した。なお、ドイツに残った親類はナチに殺害されたとされる。親類が本当に存在したか、殺害されたかの詳細は不明。

移住後はジョージ・ワシントン高校に3年半通う。後半2年間は夜間クラスで、昼間は髭そり用ブラシの工場で働き、週約15ドルの賃金が一家のアパート住まいの生活を助けていた。高校卒業後は、工場で働く一方で職場近くにあったニューヨーク市立大学シティカレッジ経営・行政管理学部（ニューヨーク市立大学バルーク校の前身）にもパートタイム学生として通い、特に会計学で優秀な成績を修めた。
軍歴

1939年に始まっていた第二次世界大戦で、1941年12月、米国はナチス・ドイツに宣戦布告。キッシンジャーは1943年に大学での学業を中断してアメリカ陸軍に入隊し、ドイツ語の能力を生かしヨーロッパ戦線の対諜報部隊軍曹として従軍した。すなわち、アレン・ダレスの部下としてOSS（後のCIA）に配属されたのである。
ハーバード大学院ハーバード大学生時代のキッシンジャー（1950年）

1947年に帰国してハーバード大学に入学[2]。1950年、政治学の学士学位を取得し、最優等で同大学を卒業する。引き続き同大学大学院に進学し、ウィリアム・ヤンデル・エリオット（英語版）の指導下、19世紀のヨーロッパ（欧州）外交史を研究し、1952年に修士学位を、1954年にはウィーン体制についての研究で博士学位を取得する[4]。

この論文では、その後の100年間、欧州で大きな戦争が防がれた国際秩序が、どのようにして作られたかが論じられている。その要因の一つとして、敗れたナポレオンのフランスに対して、メッテルニヒやカースルレーらが、懲罰よりも、力の均衡の回復を重視したことを上げている。

1951年には日米学生会議に参加している。大学院生時には指導教授の庇護を受け、世界各国の有望な若手指導者をハーバード大学に集めて国際情勢について講義や議論を行うサマー・セミナーの幹事役となり、国内外にその後のワシントン入りにも繋がる人脈を形成した。日本からの参加者としては、中曽根康弘などがいた。
外交問題評議会参加

ハーバード大学院における博士課程修了後に、同大学政治学部で教鞭をとっていたが、外交問題評議会への参加を通じて、同時代の外交政策にも積極的な提言を始めた。外交問題評議会に関連して、後にビルダーバーグ会議にも毎年出席するようになった。

特にキッシンジャーはアイゼンハワー政権の採用した核戦略（大量報復戦略）の硬直性を辛辣に批判し、のちのケネディ政権が採用する柔軟反応戦略のひな型ともいえる、核兵器と通常兵器の段階的な運用による制限戦争の展開を主張した[5]。1960年代にはケネディ大統領の顧問として外交政策立案に一時的に関与することとなる[6]。しかし、ケネディ政権で国家安全保障問題担当大統領補佐官に就任したマクジョージ・バンディが1961年のベルリン危機（英語版）に際してドイツ問題の専門家であるキッシンジャーを遠ざけたため、1年足らずの1961年11月に辞職している[7]。

1960年代に入り、ベトナムでは中ソなど共産主義陣営が支援するベトナム民主共和国（北ベトナム）やベトナム解放戦線（ベトコン）が、米国寄りのベトナム共和国（南ベトナム）政府打倒と統一を目指して武力闘争を展開し、ベトナム戦争が始まっていた。キッシンジャーは、南ベトナム駐在大使ヘンリー・カボット・ロッジ・ジュニアの長男がハーバード大学で同僚だった関係で、大使の顧問として1965年から1966年にかけ3回、南ベトナムの首都サイゴンを訪問し、ベトナム戦争の現実を知った。この時キッシンジャーが国務省に行った報告が、ウィリアム・ウェストモーランド大将をベトナム派遣軍司令官から更迭する遠因になったという。また学者として、当時はソ連陣営だったチェコスロバキアの情報機関と接触したことから、米国務省が行っていたベトナム民主共和国（北ベトナム）政府との秘密工作の一つ（「ペンシルベニア」と呼称）と関わったが成果は上げられなかった[7]。
政権入り
ニクソン政権ブレント・スコウクロフトと電話で協議するキッシンジャー、1975年

1960年の大統領選挙では共和党の大統領候補指名予備選に立候補したネルソン・ロックフェラーの外交政策顧問を務め、1964年と1968年の大統領選でも予備選に出馬したネルソンを支援するなどロックフェラー家との交流が深く、後に3代目の当主デイヴィッド・ロックフェラーは銀行の中国進出を決めた際にキッシンジャーから助言を受けている[8]。しかしロックフェラーの敗北後、1968年の大統領選挙で当選したリチャード・ニクソンから直々のスカウトを受け、政権誕生とともに国家安全保障問題担当大統領補佐官として政権中枢に入り、ニクソン外交を取り仕切る。キッシンジャーの大統領補佐官指名は、国務長官、国防長官の指名の前になされた。ここにニクソンのキッシンジャーへの期待を読み取る論者も少なくない。

ジョンソン政権までの外交政策は、国務長官が決定権を握り、国家安全保障担当補佐官は調整役とされてきた。しかしニクソンとキッシンジャーは国家安全保障会議（NSC）が外交政策の決定権を握るべきだと考えていた（キッシンジャーは1968年に発表した「官僚と政策立案」と題する論文で、アメリカ外交の機能強化のためジョンソン政権下でほとんど有名無実の存在と化していたNSCの活用を提案している[9]）。ニクソンの命を受けたキッシンジャーはNSCのスタッフ（特別補佐官）に若手の外交官、軍将校、国際政治学者をスカウトして組織した。キッシンジャーからNSC特別補佐官にスカウトされた人物には、アンソニー・レイク、ローレンス・イーグルバーガー、アレクサンダー・ヘイグ、ブレント・スコウクロフトなどがいる。

キッシンジャーは、国務省などと激しい権力闘争を行い、ニクソン政権ではNSCが外交政策の決定権を独占することとなる[10]。特にウィリアム・P・ロジャーズ国務長官を重要な外交政策から排除してしまった。