しかし、三部作全体の興行成績は決して優れていたわけではなく[注釈 30]、また『ガメラ3 邪神覚醒』にて人間の犠牲者を出し過ぎたことと、金子らによる続編の構想に難点が存在し[注釈 31][注釈 32]、徳間書店による平成シリーズは打ち切りとなり[注釈 33][47]、徳間書店の経営難と徳間康快の死去をもって大映の各プロパティは角川書店に売却され、2度目の著作権譲渡を迎えた[9][36][14]。
角川映画（KADOKAWA）時代「ウルトラマンマックス」および「巨神兵東京に現わる」も参照ガメラがマスコットとして採用されている調布市[58]にある角川大映スタジオ。

平成三部作の終了後、ガメラシリーズはしばらく休眠期に入ったが、ゴジラシリーズが2004年をもってひとまずシリーズの完結を迎えたことで、テレビ特撮番組からのスピンオフではない純粋な「特撮（怪獣）映画」の新作が観られなくなることを危惧したファンから、再びガメラシリーズの復活を求める声が高まった。

大映自体も2002年に角川書店に営業権が譲渡され、その営業権をもとに新たに株式会社角川大映映画が設立された。角川大映は後に角川映画に商号を変更し、ガメラだけでなく「大魔神」や「妖怪シリーズ」の復活も考慮された[9]。角川側は商号が変更された直後に『ゴジラvsガメラ』を東宝に対して提案したが、両シリーズのクロスオーバーは実現しなかった[注釈 34][41][42]。同社は平成三部作の路線からの脱却と原点回帰を目指し、「ガメラを子供たちに返す」というモットーの下で、徳間時代とは違った形でのガメラ復活を検討する。その結果、『ゴジラ FINAL WARS』を経て東宝がゴジラ映画の製作を休止したことを受けて[14][38]、2006年には新作ガメラ映画『小さき勇者たち?ガメラ?』を製作・上映した[注釈 35]。しかし、本作は本来の意図である子供や女性の観客からは好評を得たが[注釈 36]、平成三部作の方向性を好む客層には支持されずに興行的に失敗となり[注釈 37]、本作の続編だけでなく、後述の通り、同時期に進行していたアニメ作品などの製作が中止されるなど、シリーズは再度の打ち切りに直面して新たな休眠に入った[注釈 38][9]。

2015年10月、ガメラ生誕50周年記念としてウェブサイトが公開され[60]、YouTubeにて記念映像『GAMERA』が公開された[61]。この映像は石井克人が監督し、男児の子役とその父親として宮藤官九郎が出演した[61]。第28回東京国際映画祭日本映画クラシックス部門でも、「ガメラ」生誕50周年記念スペシャル映像が上映された[61]。一方で小説『聖獣戦記 白い影』を執筆したり「大魔神」シリーズにも携わってきた井上伸一郎[11]は実際の映画化を模索し続けていたとされている[40]。

2022年11月に『GAMERA -Rebirth-』の製作が発表され[62]、2023年9月7日にNetflixにて配信された[63]。本作は未制作に終わった企画をのぞけばシリーズ初のアニメ作品であり、また令和初およびシリーズ最長の空白期間である17年の月日を経て作られた新規本編である[注釈 39]。また、スマートフォン用のアプリゲーム『ゴジラバトルライン』との公式コラボレーションが実現し、ガメラとギャオスがプレイアブルキャラクターとして参戦している[注釈 40]。上記の2002年の際とは逆に、今回は東宝側が角川側にコラボレーションを提案した[33]。本作にも全体的に予算不足が指摘されており、人間などの3Dモデルのクオリティーの低さがとくに目立つだけでなく、オープニングアニメーションも用意されていない[64][65]。