1492年12月5日、クリストファー・コロンブスがイスパニョーラ島に到達し、翌1493年の2回目の航海では南東部のオサマ川河口にスペイン植民地を建設した。この植民地は1498年8月5日に、新大陸最初の都市であるサントドミンゴ市となった。ここを拠点として、エルナン・コルテスのメキシコ征服やバスコ・ヌーニェス・デ・バルボアの太平洋の調査などの遠征が行われた。このころには、かつて数十万の人口を抱えていた先住民は疫病や鉱山・農場での酷使によってほぼ絶滅していた[6]。

1494年のトルデシリャス条約によって新大陸のほとんどは理論上スペイン領となり、カリブ海域は周辺に広がるスペイン領をつなぐ交通の要衝となった。1513年にはパナマ地峡においてその反対側の海である「南の海」（太平洋）がバスコ・ヌーニェス・デ・バルボアによって発見され、1515年にはパナマ地峡を越える最短ルートである「王の道」が発見された[7]ことで、カリブ海は太平洋との最短ルートとしての機能も担うこととなった。インカ帝国が滅ぼされその故地にペルー副王領が建設されると、このルートは黄金や銀の積出ルートとして非常に重要な役割を持つようになった。王の道の太平洋側にはパナマ市が建設され、ペルー副王領から運ばれてくる黄金や銀はここからカリブ海へ王の道を使って運び出され、スペインへと運ばれていった。カリブ海側の積み出し港は最初ノンブレデディオスだったが、1584年にはそのやや西のポルトベロに拠点が移され、1597年には正式に都市となり、スペイン本国からの船団が寄港するようになった。こうしてカリブ海はパナマ地峡ルートを通る交易路の重要航路となったが、一方でカリブ海諸島域には貴金属などの産出が少なく、また先住民人口も多くなく未開発だったので、いくつかの拠点を除いてはそれほど開発は行われず、半ば放棄されたような土地も多かった。こうした中、1562年にイギリスのジョン・ホーキンズがカリブ海での密貿易を開始し、やがてそれは私掠船による海賊行為となっていった。16世紀後半にはホーキンズやフランシス・ドレークら海賊が沿岸のスペイン領を荒らしまわり、以後も海賊行為は続いた。

17世紀にはいると、スペインの植民地化が及ばない小アンティル諸島を中心に、イギリスやフランスなどがひそかに植民者を送り込むようになった。1623年にはリーワード諸島のセント・キッツ島にイギリスが植民を開始し[8]、フランスはウィンドワード諸島のグアドループ島やマルティニーク島を占拠した。特に1630年頃からハイチ北部のトルトゥーガ島を拠点に、フランス人入植者の狩人たちがウィンドワード海峡を通るスペイン船を襲うようになり、イングランドやオランダの入植者たちもこの略奪活動に加わるようになる。元のフランス人狩人を意味していた言葉が転訛し、彼ら17世紀の海賊たちは英語でバッカニア（buccaneer、「肉を燻す者」の意）と呼ばれるようになった。また、彼らはフランス、イングランド、オランダのそれぞれの各国政府からスペイン船や植民地に対する略奪を許可され、公的に私掠船と認められるようになる。時代が進むに連れ、バッカニアの活動は広域化し、1655年にイングランドがジャマイカを占領すると、同地の総督は積極的にバッカニアを勧誘し、首都ポート・ロイヤルは海賊たちの代表的な拠点の1つとして発展した。同様にバハマ諸島のニュープロビデンス島も主要な拠点の1つとなった。著名なイングランド出身のバッカニアであるヘンリー・モーガンは、その活躍でイングランド王室よりナイト爵を与えられ、最終的にはジャマイカの副総督にまで出世した。

17世紀末にスペインの勢力が衰えると、イングランドやフランスは一転してバッカニアたちを取り締まるようになるが、18世紀初頭にスペイン継承戦争が勃発すると再び各国は私掠免状を与え、敵国に対する海賊行為を奨励した。戦後に職にあぶれた私掠船員や海軍兵士が海賊化し、黒髭やバーソロミュー・ロバーツといった一般によく知られるカリブの海賊の時代となる。