しかし、2012年頃からガイナックスからのロイヤルティー支払が滞るようになり、同社の経営陣から分割払の申し入れを受けた庵野は、これを了承した[13]。さらに、2年後には支払が進まない状況でガイナックスの経営維持を理由に1億円の融資を相談され、『エヴァ』の商品化窓口やロイヤルティーの分配業務の移譲を1年前倒しにすることと、計画通りの返済を条件に、無担保・無利子でそれに応じた[13]。『エヴァ』の版権は、2014年にカラーに移管された[14]。

だが、2016年4月に支払や返済が再び滞り、カラー側からの問い合わせに対しても一切の返答がなかったことから、同年8月にガイナックスに対して債権仮差押えを申し立て（執行された）、9月に貸金の返還訴訟を起こす[15]。この裁判はカラー側が2017年に勝訴し、確定した[15]。一方でガイナックスが過去の制作作品の資料を売却していたことが判明し、カラーはそれらを入手して特定非営利活動法人「アニメ特撮アーカイブ機構」に管理を委託した[15]。

2019年12月、当時のガイナックスの社長が不祥事で逮捕された際、『エヴァ』と同社を結びつける報道がなされたことに対し、カラーは「『エヴァ』は当社の作品で、現在のガイナックスとは無関係である」と抗議する声明を公式に発表している[16][17]。不祥事後にガイナックスの経営陣が刷新された際、カラーの版権管理会社「グラウンドワークス」の代表である神村靖宏が取締役社長に就任した[18]。この刷新後にガイナックス制作作品のうち『パンティ&ストッキングwithガーターベルト』の著作権保有者がカラーに変更された[19]が、2023年にトリガーに譲渡された[20][21]。
その他

『月刊ニュータイプ』2011年6月号のスタジオカラー特集では、スタジオジブリの宮崎駿と鈴木敏夫、キングレコードの大月俊倫、Production I.Gの石井朋彦、ボンズ代表取締役の南雅彦、サンライズ代表取締役社長の内田健二、アニメーション監督の神山健治がカラーへ応援メッセージを送っている。

オープニングロゴに、『帰ってきたウルトラマン』変身時の効果音が用いられているものが存在する（『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』シリーズなど）。

作品
テレビアニメ

開始年放送期間タイトル監督アニメーション
プロデューサー備考
2017年2月龍の歯医者鶴巻和哉岡島隆敏共同制作：ドワンゴ、NHK、NHKエンタープライズ
2023年10月 - 2024年3月オチビサン鬼塚大輔
釣井省吾桑原誠共同制作：NHK、豆粒町内会
シリーズ構成・脚本も担当

劇場アニメ

公開年公開日タイトル総監督監督アニメーション
プロデューサー備考
2007年9月1日ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序庵野秀明摩砂雪
鶴巻和哉小笠原宗紀
石川学アニメーション制作・共同配給・製作
2009年6月27日ヱヴァンゲリヲン新劇場版:破石川学
緒方智幸アニメーション制作・共同配給・宣伝・製作
2012年11月17日ヱヴァンゲリヲン新劇場版:Q磨砂雪
鶴巻和哉
前田真宏緒方啓幸
2021年3月8日シン・エヴァンゲリオン劇場版?鶴巻和哉
中山勝一
前田真宏杉谷勇樹

Webアニメ

配信年タイトル備考
2013年超亜空間防壁チーズ・ナポリタン - YouTubeアニメーション制作
2014年スタジオカラーVSサイバーコネクトツー ガチンコ！アニメーション対決！ - YouTube
日本アニメ（ーター）見本市 第01話 『龍の歯医者』原案・監督：舞城王太郎、アニメーション監督：鶴巻和哉