自主性（オートノミー）にはさまざまな定義があり、その多くは社会における個人の文脈に置いている。また、「関係自主性（relational autonomy）」は、人は他人との関係を通して定義されることを示唆するものです。また、「支持された自主性（supported autonomy）」 [25]は、特定の状況において長期的に自主性を守るために一時的に妥協すべきことがあることも示唆している。他の定義では、その人の権利がいかなる状況下でも妥協されるべきではない封じ込められたそして自給自足的な存在としてその人をイメージするものなどである[26]。

現代の医療がより大きな患者の自主性に移行するべきか、それとも伝統的な父権主義的（パターナリスティック）なアプローチを固守べきかについても、異なる見解が存在する。例えば、現在行われている患者の自主性尊重は、治療における誤解や文化の違いといった欠陥に悩まされているということ、そして専門知識を持つ医療専門家は、父権主義に基づくべきである、とする医療者側からの議論[27]などである。他方、患者の自主性を改善させていくためには、患者と医療従事者との間の関係理解を増加させていく必要がある[28]、というアプローチも提示されている。

トム・ビーチャム（英語版）とジェイムズ・チルドレス（英語版）はインフォームド・コンセントの7つの要素として、しきい値の要素（能力と自発性）、情報の要素（開示、推奨、理解）と同意の要素（決定と承認）を提示した[29]。ただ、ハリー・フランクフルトのような何人かの哲学者はビーチャムとチルドレスの基準は不十分で、意図的に行動する上で、自己の欲求について高次の価値観を形成する能力を行使する場合においてのみ、その行動は自主的（オートノミー）なものであると考えることができると主張している[30]。

特定の特殊な状況では、政府は、人の命と幸福を維持するために、身体的インテグリティを保護する権利を一時的に無効にする権利を有する場合がある。このような制度は、「支持された自主性（supported autonomy）」の原理を用いて説明することができる[25]。一例として、メンタルヘルスにおけるユニークな状況を記述するために開発された概念（例としては、強制摂食で死亡者の摂食障害の拒食症、または一時的な治療を精神病性障害のある人の抗精神病薬による治療、物議を醸す場合もあるが、「支持された自主性（supported autonomy）」の原則は、市民の命と自由を守るための政府の役割と一致している。Terrence F. Ackerman はこれらの状況での問題を強調し、医師または政府がこの一連の行動をとることによって、患者の自主性に対する病気の制約的効果として価値の矛盾を誤って解釈する危険を冒すと主張している[31]。

アメリカ合衆国においては、1960年代以来、医者が医学部にいる間に医師が生命倫理学コースを受講するという要件を含む、患者の自主を尊重する意識を高める試みがなされてきた[32]。しかしながら、患者の自主尊重を促進することへの大規模な取り組みにもかかわらず、先進国における医学に対する国民の不信は残ったままである[33]。
日本における「自己決定権」「患者の権利#歴史」も参照

日本では、法学者唄孝一の1965年の論文（「治療行為における患者の承諾と医師の説明」『契約法大系』補巻、1965年2月『医事法学への歩み』、1970年「医事法の底にあるもの」再録）の中で、ドイツ語のPersonale Selbstbestimmung の訳語として患者の「個人の自己決定権」が使われているという。それと同時期に、欧米での患者の権利のための運動が盛んになり、そこで主張された英語の Patient Autonomy が「患者の自己決定権」と訳されたようになった[34]という。当時より、英語での self-determination は「民族自決」（運動）を指していた。

その後、世界医師会のリスボン宣言でも「患者の自己決定の権利」が謳われた。ただし、1995年「リスボン宣言バリ総会改訂版」の採択において、日本医師会は唯一棄権している[35]。

日本医師会生命倫理懇談会はその間、インフォームド・コンセントを元にした、1990年に「説明と同意」と表現する患者の自己決定権を保障するシステムあるいは一連のプロセスの概念を示した。1997年に医療法が改正され「説明と同意」を行う義務が、初めて法律として明文化されることになった[36]。これに対し、日弁連（日本弁護士連合会）は2011年10月6日第54回人権擁護大会の声明において、「我が国には、このような基本的人権である患者の権利を定めた法律がない」「日本医師会生命倫理懇談会による1990年の『説明と同意』についての報告も、こうした流れを受けたものではあるが、『説明と同意』という訳語は、インフォームド・コンセントの理念を正しく伝えず、むしろ従来型のパターナリズムを温存させるものである」と批判した[37]。
日本における「"自律"尊重原則」

日本の一部では（単純に、自律神経から連想して誤訳してしまっただけの可能性もあるが）、これを定義通りの「自己決定権」または「自主」でもなく、「自律」または「自律性」という文脈上とくに違和感のある日本語訳を採用する場合がある。また、その根拠を、元の古ギリシャ語を原義とする意味合いによらず、カントがその道徳論で用いたオートノミーに求めて説明する試みが見られている[38][39]。その結果として「自分の行為を主体的に規制すること。外部からの支配や制御から脱して、自身の立てた規範に従って行動すること」という理解[38]に繋がってしまっているのである。（本来は逆で「患者は常に自分の治療を選択する自由を持つべき」という定義）

しかしながら、ここ（「医療倫理の4原則」や生命倫理学#原則）におけるオートノミーをカントの意味合いに求める根拠は存在せず、そもそもカントは道徳において、オートノミーを3つのテーマによって定義していると現代倫理では一般に解釈[注釈 1]されている。第一に、他者からの干渉を排除して自らの決定を下す権利としてのオートノミー（自主性）。第二に、自らの心の独立性を通してそして個人的な熟考の後にそのような決断をする能力としてのオートノミー（自律性）。第三に、オートノミー（自立的）に生活するための理想的な方法として。つまり、（カントの定義する）オートノミーは、自分が所有する内なる道徳的な権利（Moral rights＝「人格権」）と言える[6]。

ゆえに、ここであえて「自律」という訳語を採用し、患者の内面の道徳的「自律心」または「（子供の発達期における）自己を律する自律性」「自分の行為を主体的に規制すること」を示唆するのは、医療倫理の文脈でいう、外からの干渉を受けない患者の「自主」に基づく自己決定の権利をあえて欠落させるものである。

つまり、パターナリズムの対義語としての患者の「自己決定（権）」の擁護、およびその保障プロセスとしての「インフォームド・コンセント」の必要性を説くこの文脈において、「自律」の訳語採用は明らかに誤りである。実情を掘り下げると、インフォームド・コンセントをあえて「説明と同意」という日本独自の概念に変えてしまい、日弁連から「『説明と同意』という訳語はインフォームド・コンセントの理念を正しく伝えず、むしろ従来型のパターナリズムを温存させるものである」[37]と批判されたように、ここで「自律」の訳を採用すること自体が日本の医療におけるパターナリスティクな慣習と抵抗の現れである、とする批判も可能である。そこで、ここでは中立的で客観的に、より正しい意味合いである「自主」、そしてその具体としての「自己決定権」というオートノミーの訳語を採用しているものである。

なお、同じ漢字圏の国（台湾など）においても、この文脈では「自主」である。

例：「醫學倫理學 - 病患自主（患者の自主）」、「生命倫理學之四原則、1.尊重自主原則」、「自主神?系?」、「病人自主權利法（患者の自主権利法）[40]」
日本医師会の対応

さらに、世界医師会が発表する宣言文（リスボン宣言など）の翻訳文を日本医師会が公開しているが、そこでは「患者のオートノミー」は全て「患者の自律性」との訳[41]で一貫し、2008年に採択された別の「プロフェッショナル・オートノミーと臨床上の独立性に関するWMAソウル宣言」[42]では、カタカナ表記で「オートノミー」としている。この違いは、ソウル宣言では、オートノミーが医師についての事だからである。「患者のオートノミーは自律性」と訳しながらも「医師のオートノミーはオートノミー」とカタカナ表記で翻訳し、「オートノミー」の訳を意図的に異なるものにしているのである。