年末年始のみ2週分の合算で集計が行われていたが、2011年1月分以降は各週ごとに集計されている（なお、2週分合算週の場合、登場回数は2回とカウントする。）。

チャートが毎週月曜日から日曜日の集計であることから、CDの納品日の関係上水曜日を発売日に選定するレコード会社が多く出現した[4][5]。これを受けて、HMVでは水曜日の取得ポイントを倍にするサービスを行っている。以前は月曜日が祝日の週は、入荷が先週末になることを避けるため木曜日を発売に設定されたが、現在では水曜発売火曜入荷が可能となっている。こうした流通事情の変化から、近年では一部火曜日を発売日に設定して月曜日を入荷日とする作品もあるが、一般化はしていない。
年間チャートの集計期間

各種の年間チャートは、前年の12月第4週日付から12月第3週日付までの期間を対象として集計する。

2005年までは前年の12月第1週日付から11月最終週日付が対象期間だったため、前年の12月に発売される人気作品が年間チャートの上位に入る傾向が顕著だった[注釈 2]。なお、2006年の年間チャートは両者の移行期間のため、2005年12月第1週日付から2006年12月第3週日付を対象とし、実質1年1か月間の集計となった。
POSシステム

集計方法は、あらかじめ決められた販売店から売り上げデータを受け取るもの[6]。レンタル店に卸された売上は含まれない[3]。最初期にはアルバイトを雇い、販売店に電話で売り上げデータを確認していた[7]。その後FAXなどに頼っていた時代を経て、最近では販売店にPOSシステムが普及したこともあり、POSの売り上げデータによってデイリーチャートを集計している。2007年3月より、デイリーチャートでは3位まで指数（2009年3月以降は推定売上枚数）を一般公表している。対象となる販売店は、2000年代に入ってAmazon.co.jpなどのオンライン店舗やアニメイト・ゲーマーズ・コミックとらのあななどの大手アニメショップも一部は対象に入っているが、それらに含まれない特殊なルートでの販売しかない楽曲にはオリコンチャートにランクインしないものもあった[注釈 3]。
累積売上数

オリコンチャートによる「累積売上数」（俗にいう累計売り上げ枚数）は、週間チャート圏内（CDの場合、かつては週間チャート100位以内、2002年12月以降はシングルは週間チャート200位以内、アルバムは週間チャート300位以内）の売り上げのみを単純に加算したものであり[2]、圏外に落ちてからの売り上げは含まれていない。同業他社のプラネット・サウンドスキャンジャパン等は一週間に1枚の売り上げでも累計売り上げ枚数に加算される。

但し、書籍（BOOK（書籍総合）、文庫、コミック）の累積売上に関しては、圏外に落ちてからの売り上げも加算されている[2]。
販売施策イベントに対する売上集計ルール

販売促進イベントによる複数購入は1人3枚までしかカウントしないルールがある（2017年までは2枚まで）[9]。一方でビルボードジャパンはルックアップのデータによって握手券商法の影響を取り除いた順位がわかるという理由で[10]、複数購入による減算処理はしておらず[11]、実売はそのままカウントしている[10]。そのため販促イベントを行なっているアーティスト（主に女性アイドルやK-POP系）はビルボードより売り上げ枚数が数万枚から15万枚ほど少ない傾向にあり、時には20万枚以上少ないケースもある[12]。

極端に開いたものとしては、AKB48の選抜総選挙投票券付きCD売上がある。2015年の投票券付きCD 「僕たちは戦わない」はレコード会社が出荷枚数300万枚を突破と発表しているが[13][14]、オリコンの年間ランキングでは100万枚以上少なく[15]、翌年の「翼はいらない」はビルボード年間ランキングの251万枚に対し[16]、オリコンでは152万枚だった[17][注釈 4]。日本レコード協会（RIAJ）認定との比較でも、AKBのシングルCDでは2ミリオン（=200万枚達成）としてRIAJ認定されたものが8件存在するが、オリコンでは2023年4月現在、0件である。
オリコンチャートの課題と問題点

音楽チャート業界では、日刊レコード特信（特信チャート）、ミュージック・ラボ（休刊）→電波新聞、ミュージック・リサーチ（休刊）、プラネット、サウンドスキャンジャパンといった同業他社がいる（いた）ものの、オリコンチャートの影響力は大きく、長らくアメリカの「ビルボード」誌と同様、音楽界での評価指標として真っ先に用いられてきた。

オリコンチャートが権威をもつようになったのは、オリコン創業者の小池聰行の尽力によるところが大きい。小池は多くの音楽メディアにオリコンチャートを掲載するよう依頼し、知名度を高めてきた[18]。

しかし、2010年代半ば頃からメディアがオリコンからビルボードに切り替え始める[19]。オリコンランキングの上位が特定のジャンルばかりになったためとされる（原因は下記に記述）。

2000年代後半より、特にシングルCD市場の急激な規模縮小（一方でそれを補う形での音楽配信市場の拡大）[注釈 5] に伴い、件数ベースで音楽フル配信の1/4程度、金額ベースで同6割程度まで落ち込んだシングルCDの売上件数表示だけでは、市場における実勢（音楽市場全体として、当代どの曲が最も愛好されているかという実勢）を必ずしも捉えきれなくなった[注釈 6]。

具体的には、
単品音楽市場の一般的消費の大部分が、（価格の圧倒的安さ・利便性を背景に）ダウンロード、その後サブスクリプションへと移行したため、シングルCDという商品の役割も、配信にマッチしない高年齢層需要や、外装に重きを置くコアファン向けなど、補助的・ニッチ的なものへと変質した。そうした中で、コアファンをターゲットとしたシングルCDのアイテム化・おまけ等の高付加価値化や、時にはチャートインそれ自体を目的化したマーケティング[20] も推進されるようになった。さらに、2000年代後半頃から異なるカップリング曲を収録した複数の盤種やイベントなどの特典を目的とした複数枚購入させる商法が常態化していく。これらにより、かつての100万枚の売上=100万人が購入というような図式が崩壊し、音楽を聴く目的以外での複数購入が主流となり、楽曲やアーティストの人気を測るのが困難となっていった。その結果、CDランキング上位曲とは言っても、世間一般の認知が薄い（従前、コアファンにのみ愛好されてきた分野の）楽曲が当チャートの上位を占めるに至り、前世紀のような「一般消費者にとって、最も音楽の流行がわかる資料」という意味合いがなくなっていった。

送り手（アーティストおよび事業者）の販売戦略による影響。CD限定の作品（音楽配信に消極的なジャニーズ事務所系等）が当チャートの上位を占める一方で、シングルCDによらない配信中心の戦略を採るアーティストのほうが近年むしろ実需をつかんでいるため、当チャートと音楽配信チャートでは全く別の結果となることも多い。加えて、シングルCDの発売時期がフル配信よりも劣後する場合には（例：Prisoner Of Love）需要期を過ぎた後のCD発売となるため、フル配信ではミリオンヒットでも、オリコンでは年間50 - 90位以下という事例もある。参考に、2009年発売分における日本レコード協会認定の音楽配信ミリオン作品（着うたフル）は5曲存在したが[注釈 7]、同オリコン年間ランキングでは全て10位圏外であり、件数で上回る音楽配信チャートとの乖離が顕著となった[注釈 8]。

2位以下 - 中位の権威の希薄化。当チャート1位となる一部のトップアイドルが30万 - 100万枚超の週間売上となる一方、2位以下は1 - 2万枚前後の推移が常態化しており[21]、10位で5千枚を切ることもある。