1876年、アッベはツァイスからパートナーシップを申し出られ、多額の利益が得られるようになった[4]。式1の最初の理論的な導出は他の人であっても、実験的にこの結論に到達したのはアッベが最初だと言っていいだろう。1878年、アッベは顕微鏡用の均質な液浸システムを初めて構築した[2]。アッベとツァイスの共同研究により製造された対物レンズは理想的な光線の形状をしていたことにより、アッベは、顕微鏡の解像度の上限を決めるのはレンズの曲率や配置ではなく、絞りであることを発見することができた。アッベが式1を初めて発表したのは1882年である[12]。この出版物の中で、アッベは理論的な調査と実験的な調査の両方で式1を確認したと述べている。アッベと同時代のヘンリー・エドワード・フリップは、アッベとヘルムホルツの論文を英訳し、両者の貢献を同等に評価している。また、1884年にはアルマン・フィゾーによる干渉法を完成させている[2]。アッベ、カール・ツァイス、ツァイスの息子のローデリッヒ・ツァイス、オットー・ショットの4人は、1884年にイエナ・グラスヴェルク・ショット&ジェノッセン社（現在のショット社）を設立した。この会社は、後にツァイス光学工場と合併することになるが、初期の44種類の光学ガラスの研究と製造を担当した[7]。また、1895年には望遠鏡を使った像面反転装置を製作した[2]。

高品質の対物レンズを製造するために、アッベは対物レンズが式1の分解能限界に達するために必要な、球面収差とコマ収差の両方の収差の診断と補正に大きく貢献した。球面収差に加えて、アッベは光学系の光線が回折限界のスポットを生成するためには、その角度分布において一定の角度倍率を持たなければならないこと（アッベの正弦条件（英語版））を発見した[9]。アッベの計算と成果は非常に画期的で高度なものであり、フリッツ・ゼルニケはこの計算に基づいて位相差顕微鏡の研究を行って1953年にノーベル物理学賞を受賞し、ハンス・ブシュ（英語版）はこの計算に基づいて電子顕微鏡の開発を行った[4]。
労働改革活動

カール・ツァイス社の顕微鏡工場との関わりの中で、アッベは光学の分野だけでなく、労働改革の分野でも第一線で活躍した。1890年に社会民主主義的な新聞"Jenaische Zeitungを創刊し[13]、1900年には実父の14時間労働を反省して八時間労働制を導入した[7]。それに加えて、年金基金と免責補償基金を創設した[2]。1889年、アッベはカール・ツァイス財団（英語版）を設立し、寄付を行った[2]。この財団の目的は、「経済的、科学的、技術的な未来を確保し、これにより従業員の雇用保障を向上させること」だった[7]。アッベは、従業員の成功は、出自・宗教・政治的見解などではなく、能力と実績のみに基づくものであることを強調した[7]。1896年には、ツァイス光学工場を、利益分配のある協同組合に改組した[5]。

アッベの社会観は、プロイセン政府がモデルにするほど尊重され、アルフレート・ヴェーバーが1947年に出版した"Schriften der Heidelberger Aktionsgruppe zur Demokratie und Zum Freien Sozialismusの中でこれを理想としている[14]。
著作物

アッベは、光学、レンズ設計、顕微鏡の先駆者であり、当時の権威であった。アッベは、自分の発見・発明について多くの出版物を残した。以下は、彼が執筆した出版物の一覧である。リンク先は、スキャンしたGoogleブックのページである。

Abbe, Ernst (1873). “Uber einen neuen Beleuchtungsapparat am Mikroskop [About a New Illumination Apparatus to the Microscope]” (ドイツ語). Archiv fur mikroskopische Anatomie (Bonn, Germany: Verlag von Max Cohen & Sohn) 9: 469?480. doi:10.1007/bf02956177. https://books.google.com/books?id=LMkVAAAAYAAJ&q=abbe&pg=PA469. 

   (1873). “Beitrage zur Theorie des Mikroskops und der mikroskopischen Wahrnehmung [Contributions to the Theory of the Microscope and of Microscopic Perception]” (ドイツ語). Archiv fur Mikroskopische Anatomie (Bonn, Germany: Verlag von Max Cohen & Sohn) 9 (1): 413?468. doi:10.1007/BF02956173. .mw-parser-output cite.citation{font-style:inherit;word-wrap:break-word}.mw-parser-output .citation q{quotes:"\"""\"""'""'"}.mw-parser-output .citation.cs-ja1 q,.mw-parser-output .citation.cs-ja2 q{quotes:"「""」""『""』"}.mw-parser-output .citation:target{background-color:rgba(0,127,255,0.133)}.mw-parser-output .id-lock-free a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-free a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/65/Lock-green.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-limited a,.mw-parser-output .id-lock-registration a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-limited a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-registration a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d6/Lock-gray-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-subscription a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-subscription a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/aa/Lock-red-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-ws-icon a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4c/Wikisource-logo.svg")right 0.1em center/12px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-code{color:inherit;background:inherit;border:none;padding:inherit}.mw-parser-output .cs1-hidden-error{display:none;color:#d33}.mw-parser-output .cs1-visible-error{color:#d33}.mw-parser-output .cs1-maint{display:none;color:#3a3;margin-left:0.3em}.mw-parser-output .cs1-format{font-size:95%}.mw-parser-output .cs1-kern-left{padding-left:0.2em}.mw-parser-output .cs1-kern-right{padding-right:0.2em}.mw-parser-output .citation .mw-selflink{font-weight:inherit}ISSN 0176-7364. https://books.google.com/books?id=LMkVAAAAYAAJ&q=Abbe%20Archiv%20f%C3%BCr%20Mikroskopische%20Anatomie%201873&pg=PA413 2010年8月27日閲覧。. 

   (1874). “Neue Apparate zur Bestimmung des Brechungs und Zerstreuungsvermogens fester und flussiger Korper [New Equipment for Determining the Refraction and Dispersion Property of Solids and Liquids]” (ドイツ語). Jenaische Zeitschrift fur Naturwissenschaft (Jena, Germany: Mauke's Verlag) 8: 96?174. https://books.google.com/books?id=87UUAAAAYAAJ&q=Jenaische%20Zeitschrift%20f%C3%BCr%20Naturwissenschaft%20Volume%208&pg=PA96. 

   (1875). “A New Illuminating Apparatus for the Microscope”. The Monthly Microscopical Journal (London, UK: Robert Hardwicke) 13 (2): 77?82. doi:10.1111/j.1365-2818.1875.tb00845.x. https://books.google.com/books?id=sOEUAAAAYAAJ&q=A%20new%20illuminating%20apparatus%20for%20the%20microscope%201875%20abbe&pg=PA77. 

   (1876). Lawson, Henry. ed. “A Contribution to the Theory of the Microscope and the Nature of Microscopic Vision”. Proceedings of the Bristol Naturalists' Society (London, UK: Williams & Northgate) 1: 200?261. https://books.google.com/books?id=TC8UAAAAYAAJ&q=Bristol%20Naturalists%20Society%201875&pg=PA200. 

   (1875). Lawson, Henry. ed. “Extracts from Dr. H. E. Fripp's Translation of Professor Abbe's Paper on the Microscope”. The Monthly Microscopical Journal (London, UK: Williams & Northgate) 14 (4): 191?201. doi:10.1111/j.1365-2818.1875.tb00067.x. https://books.google.com/books?id=UTA4AAAAMAAJ&q=On%20the%20microscope%20abbe%201875%20monthly&pg=PA191. 

   (1875). Lawson, Henry. ed. “Extracts from Dr. H. E. Fripp's Translation of Professor Abbe's Paper on the Microscope (Cont.)”. The Monthly Microscopical Journal (London, UK: Williams & Northgate) 14: 245?254. doi:10.1111/j.1365-2818.1875.tb00076.x. https://books.google.com/books?id=UTA4AAAAMAAJ&q=On%20the%20microscope%20abbe%201875%20monthly&pg=PA245. 

   (1878). “Uber mikrometrische Messung mittelst optischer Bilder [About Micrometric Measurement by Means of Optical Images]” (ドイツ語). Jenaische Zeitschrift fur Naturwissenschaft (Jena, Germany: Verlag Von Gustav Fischer): 11?17. https://books.google.com/books?id=nbcUAAAAYAAJ&q=ueber%20mikrometrische%20messung%20mittelst%20optischer%20bilder&pg=PR11. 

   (1878). “Uber Blutkorper-Zahlung [About Counting Blood Cells]” (ドイツ語). Jenaische Zeitschrift fur Naturwissenschaft (Jena, Germany: Verlag Von Gustav Fischer): 98?105. https://books.google.com/books?id=nbcUAAAAYAAJ&q=Uber%20Blutkoerper%20Zahlung&pg=PR98. 

   (1878). “Uber die Bedingungen des Aplanatismus der Linsensysteme [The Conditions Under Which Aplanatism of the Lens Systems]” (ドイツ語). Jenaische Zeitschrift fur Naturwissenschaft (Jena, Germany: Verlag Von Gustav Fischer): 129?142. https://books.google.com/books?id=nbcUAAAAYAAJ&q=Ueber%20die%20Bedingungen%20des%20Aplanatis&pg=PA129. 

   (1878). “Uber die Grenzen der geometrischen Optik [Beyond the Limits of Geometric Optics]” (ドイツ語). Jenaische Zeitschrift fur Naturwissenschaft (Jena, Germany: Verlag Von Gustav Fischer): 71?109. https://books.google.com/books?id=nbcUAAAAYAAJ&q=Ueber%20die%20Grenzen%20der%20geometrischen%20Optik&pg=RA1-PA71.