2006年には続編『AVP2 エイリアンズVS.プレデター』製作に合わせて8分の未公開シーンを盛り込んだ完全版が発表された。
あらすじ

2004年10月4日、人工衛星が南極のブーヴェ島に大規模な熱反応を発見。調査の結果、熱源が地中深くの遺跡であると判明した。

大企業ウェイランド社の社長で大富豪のビショップ・ウェイランドは、発掘資金に困窮する南アメリカ史専門の考古学者で、過去の登山中に父を失った女性登山家のレックスや、考古学者のセバスチャン・ウェルズ、地層学者のグラハム・ミラー、傭兵のマックス・スタッフォード、採掘業者クインなど、各部門のプロフェッショナルを編成した遺跡調査チームを率いて秘密裏にブーヴェ島を目指す。

遺跡調査チームは、100年前に全住民が謎の失踪を遂げた捕鯨基地に向かう。何者かの手によって開けられた大穴から地下に降りると、様々な古代文明の特徴を含んだ巨大な地下構造物を発見する。調査隊が遺跡のメカニズムを再起動させると、「動く壁」によって頻繁に構造の変わる遺跡が罠となり、彼らは散り散りになってしまう。

この地下遺跡は、プレデターが人類に文明を授けるのと引き換えに造らせたもので、彼らが宇宙最強の生物「エイリアン」と生死を賭けて闘う成人儀礼のための闘技場だった。遺跡深くには冷凍睡眠させられたエイリアン・クイーンが捕われていた。遺跡発見のきっかけとなった熱反応とは、100年ごとに執り行われる儀礼の周期に合わせて遺跡が再活性化しつつあった徴候で、調査隊が遺跡のメカニズムを再起動させたため、クイーンが目覚めてエイリアンの卵を続々と産み落とし始めてしまった。

調査隊は、遺跡の中で目を覚ましたエイリアンに襲われて次々と命を落とす。唯一生き残ったレックスは、劣勢に追い込まれたプレデターの一人と共闘し、脱出を試みる。
登場人物・キャスト
アレクサ・ウッズ（レックス）
演 - サナ・レイサン、日本語吹替 - 本田貴子女性冒険家で登山家。正義感が強く、プレデターやエイリアン達を前にしても臆する事がない気丈な性格。他のメンバーから信頼が厚くリーダーシップがある。雪原の恐ろしさを誰よりも知っており、故に碌な訓練も無しに現地に赴くという無謀ともいえる今回の調査には不安を覚え、当初からウェイランドに対して警告したり、メンバー達に自分の身を最優先で守るよう指示するなど、調査隊ではただ一人強い警戒心を持っていた。中盤、セバスチャンの古代文字解読によってプレデターとエイリアンの歴史と生態を知ったことで、プレデターと組んでこの地獄から生還しよう、と大胆な提案をする。その後、セバスチャンを失ってしまったが、エイリアンを単独で倒した事によってスカープレデターから戦士と認められ、エイリアンの死体で急造した槍(尻尾)と盾(頭部)を与えられる。終盤、スカーと共に爆破寸前の地下遺跡からの脱出に成功するが、エイリアン・クイーンもまた生き延びており、スカーと共にクイーンと死闘を繰り広げ、最後はクイーンを海に沈めるが、深手を負ったスカーは戦死してしまう。全てが終わった後、姿を現したプレデターの船から降りて来たエルダープレデターにスピアを渡され、プレデター達が去った後、近くの雪上車に向かって歩き出す。今作では唯一の生還者。
セバスチャン・ウェルズ
演 - ラウル・ボヴァ、日本語吹替 - 森川智之考古学者であると同時に大学の教授。冒頭では少し保身的な言動をとる事があったが、レックスと行動を共にする事で心を通わせ信頼するようになる。中盤、遺跡の古代文字を解読して、ピラミッドの真相と自分達がプレデターによって誘き寄せられた事を知った。終盤、逃亡時にレックスが誤って足場から落ちそうになったのを助けている最中にエイリアンにさらわれ、その後レックスとスカープレデターがエイリアンの巣に来た時は、既にフェイスハガーに寄生された後だった。自分は助からないと自覚していたため、レックスに殺すよう頼み、彼女に銃で撃たれ死亡。直後に腹部からチェストバスターが飛び出すが、出た直後にスカーに首をへし折られる。
チャールズ・ビショップ・ウェイランド
演 - ランス・ヘンリクセン、日本語吹替 - 堀勝之祐ウェイランド社の社長。南極での地下遺跡の調査の為、レックスや傭兵達を集めた追跡調査チームを編成する。末期ガンに侵されており、自身の残り少ない寿命の中で、最後に大きな偉業を果たし歴史に名を残す事に執着している。猛吹雪の中、碌に訓練もしていない急ごしらえチームを率いて半ば強引に調査を敢行するなど、言動や態度は自己中心的になりがちだが、レックスから父親の最期の話を聞かされ、落ち込んでいた彼女を励ますなど根は優しい人物である。中盤、追ってきたスカープレデターからレックスとセバスチャンを逃がすため、自ら足止めを買って出る。自身がガンを患っていたため一度は見逃されるも、「油断は死を招くぞ」と言い放ち、背を向けたスカーを吸入器と発煙筒を使った火炎放射で不意討ちするも全く効かず、振り向いたスカーのリストブレイドで腹部を刺され死亡する。なお、『エイリアン』シリーズの2作目、3作目に登場する医療従事用アンドロイドであるビショップ(341-B)とは「演じる俳優が同じである」「ハンド・ナイフ・トリックを行う(但しチャールズはペンを使用)」等の共通点が見られるが、ビショップ(341-B)がかつてのウェイランド社社長であるチャールズをモデルに作られたものなのかは不明である。また『3』に登場するマイケル・ビショップとの血縁関係なども明かされていない。
グラハム・ミラー
演 - ユエン・ブレムナー、日本語吹替 - 江原正士地層研究者。小心者であるが仲間想いな性格。南極の地下遺跡の熱源が「動く壁」が起動している時の熱だったことに一番に気付く。「動く壁」の罠でヴァーヘイデンと共に、チームの面々とは別の場所に取り残されてしまう。お互いに家族の事を話して打ち解け、一緒に脱出しようとするが、ヴァーヘイデンが罠にかかって更に下の通路へ落ちてしまう。助けようとするが叶わず落ち込んでいるところを頭上から現れたエイリアンにさらわれてしまい、その巣に運ばれる。そこにはヴァーヘイデンもいたが、すでにフェイスハガーに寄生されており、自身もフェイスハガーに飛びかかられるが、まだ自由の利く手に銃を取り、寸前で撃ち殺す。しかし、その後もフェイスハガーは次々と周囲の卵から湧き出て来るため対抗し切れず、レックス達がたどり着いた頃にはチェストバスターに腹を突き破られ死亡していた。
マックス・スタッフォード
演 - コリン・サーモン、日本語吹替 - 玄田哲章ウェイランドの秘書兼ボディガードであり、傭兵の隊長も務める。