しかし、復活した無数のエイリアンは、仲間のエイリアンを殺してその体液の酸で床を溶かすという巧妙な手口で逃亡し、研究者や軍人たちを次々と虐殺していく。リプリー8号は本能的にエイリアンを「敵」と見なし、エイリアンを植えつける苗床である生きた人間を輸送してきた宇宙貨物船「ベティ」のクルーと共に、オーリガからの脱出を試みる。

その脱出の最中、リプリー8号は進化の末に子宮を得たエイリアン・クイーンから、人間とエイリアンのハイブリッド生物「ニューボーン」が誕生するのを目撃する。ニューボーンは生みの母であるクイーンを殺害し、自分と同じ人間とエイリアンの遺伝子を併せ持つリプリーを母親と思い込む。自分は人間なのか怪物なのか、その答えを出しかねていたリプリー8号は、仲間を救うためにニューボーンへ立ち向かう。
登場人物・キャスト
主人公
リプリー8号
演 - シガニー・ウィーバークローン技術により誕生した、エレン・リプリーの8体目のクローン。生前のリプリーとはごく一部で記憶を共有している部分はあるものの、個体としては完全に別人であり、事実上の2代目主人公となる。クイーン・チェストバスターに寄生されていた時の状態を再現する形で誕生しており、その過程でエイリアンの遺伝子が混ざっている。そのため、金属製の床を溶かしてしまうほどの強酸性の血液を持っている。また、身体機能にも向上が見られ、宇宙貨物船「ベティ」のクルー達を苦もなく格闘でいなしたり、バスケットゴールを背に向けてシュートを決めたり、軽い手錠なら引きちぎるほどの怪力を持っている。性格はやや人を見下したような喋りをしたり、ブラックジョークや卑猥なことを連想させるジョークを平気で言う等、かなりニヒルで冷めたものとなっており、過去作とは性格に大きな変化が見られる。しかし、エイリアンを利用しようとする者達に対して嫌悪感を示していることはオリジナルと変わらない。物語終盤でニューボーンに母として慕われるが、その凶暴さを見てやむなく殺害を決意する。ニューボーンの最期を見届けた後はコール、ジョナー、ブリースと共に地球へ生還した。
アナリー・コール
演 - ウィノナ・ライダー宇宙貨物船「ベティ」の新米クルーである技師。ショートヘアの髪型に整った美しい顔だちとボーイッシュな服装。屈強なベティのメンバーに比べると体の線が細く、小柄なためやや下に見られているが、正義感が強い性格でメンバーの一定の信頼を得ている。特にブリースとは仲がよく、クルーとはぐれていた彼が戻ってきた際は安堵の笑みを浮かべた。物語途中で、エイリアンに寄生されているリプリー抹殺のためにオーリガに乗り込んだことが明らかとなり、リプリーと遭遇する。しかし、すでにリプリーの体内のエイリアンは除去され、施設のエイリアンが逃げ出したことでリプリーと協力して脱出を目指す。物語途中、裏切ったレンによって胸を撃たれて水中に落下し死んだかと思われたが、一行の先回りをしており、再び目の前に現れ安全地帯にリプリー達を誘導する。その際にリプリーに傷口を見られてアンドロイドであることが判明したためファーザーコンピューターにアクセスする事を強要され、不承不承ながらもコンピューターを乗っ取ることにより、一人ベティに向かおうとしていたレンを妨害してリプリー達をベティまで導くことに成功する。そして、そもそもエイリアンを地球に乗り込ませないためにオーリガに乗り込んだことが明らかになる。物語終盤ではレンに人質に取られてしまうが、決死の覚悟を決めたパーヴィスのお陰で命拾いする。その後ベティ船内に侵入したニューボーンに襲われそうになるもリプリーに助けられ、彼女と共にニューボーンの死を見届けた後、地球へ生還した。過去作のアンドロイド（アッシュ、ビショップ）に比べると非常に人間らしい部分が多く、アンドロイドと発覚した時には「人間より人間らしい」とも言われている。涙を流すなど感情的になる部分もある。
宇宙船ベティの関係者
ロナルド・ジョナー
演 - ロン・パールマン宇宙貨物船「ベティ」の保安員。クルーの中で最も腕っ節が強く、様々な武器に精通している一方、好戦的な性格かつ子供じみた言動をよくとるため、それらが原因でコール、ブリースと衝突しやすい。だが、梯子の昇降中であったクリスティーを引きずり下ろそうとするエイリアンを同じく梯子の昇降中でありながらも、宙づりになって倒したり、コールがレンに撃たれた時にはレンに対して怒りを表すなど仲間想いの一面もある。エルジン、クリスティーが相次いで死んだ後は、僅かになった生存者達を進んで引率する。劇中では最後まで生存し、地球に生還した。
ドム・ブリース
演 - ドミニク・ピノン宇宙貨物船「ベティ」の機関長。下半身不随の障害者であるため電動車椅子で行動しており、車椅子にはショットガンが分解して隠してある。コールの先輩的存在であるため、彼女とは仲が良い。実際に、コールがレンに撃たれた時は怒りのあまり、レン目がけてショットガンを何発も発砲した。ジョナーには障害をからかわれており、よく衝突する。単独行動をしている時にニューウォーリアと遭遇して危機に陥るが、自前のショットガンで何とか撃退し、リプリーたち生存者グループと合流する。クリスティーとも非常に仲が良く、水中を泳ぐことになり、車椅子で移動出来ない時は彼に背負ってもらうほど。オーリガの脱出の過程で親友クリスティーを失うも、劇中では最後まで生存し、地球に生還した。
フランク・エルジン
演 - マイケル・ウィンコット宇宙貨物船「ベティ」の船長。金の為なら非人道的な仕事であっても躊躇なく引き受ける冷徹なまでに合理的な性格と、曲者揃いのベティのクルー達を纏め上げるだけの手腕を持つ。船の登録コードやベレス将軍との会話などで堂々と卑猥な言葉を用いるなどやや品の無い一面も見せる。ベレス将軍とは一緒に酒を飲み合うほどの腐れ縁らしく、日頃から研究物資を調達しているが、具体的な研究内容は知らない。エイリアンの脱走によりオーリガが壊滅状態に陥ると、クルー達や拉致したレン、ディステファノらと共に脱出を試みるが、その最中、ニューウォーリアの罠にはまり床下に引きずり込まれ、第二の顎で体を貫かれて死亡する。
ゲーリー・クリスティー
演 - ゲイリー・ドゥーダン宇宙貨物船「ベティ」の副長。銃器の扱いに長け、非常時においても常に冷静を失わず的確な判断をとる事ができる頼りがいのある性格。警戒心が強く、オーリガヘ乗り込む際には拳銃を隠し持ち、結果的にそれが後に窮地に陥ったクルーを救う事となった。エルジンとは旧知の仲。エルジンが死んだ後は、リーダーを引き継ぎ、境遇も意見も全く違う生存者たちに「生きて帰るには協力するしかない」と行動方針を決めたり、エイリアン・エッグの張られた巣をグレネードランチャーで破壊するなど生存者たちのピンチを打破する重要な役割を担う。