M・デイ以降、激的にミュータント情勢が悪化した事から、アステロイドMを改造したミュータント国家である「ユートピア」をサイクロップスが建国したが、次第にサイクロップスは、「ミュータントの自由」を建前として、目的の為には手段を選ばない冷酷な独裁者と化してしまう。普段から衝突しがちとはいえ、彼のリーダーとしての器を認めていたウルヴァリンは、不安を募らせていくも、反対勢力を容赦無く殺害し、平気で仲間を犠牲にする等、サイクロップスの独善極まりない暴走はどんどん悪化していく。遂には、10代の子供のミュータントまで、巧みに言い包めて戦場に借り出そうと考えているサイクロップスに、我慢の限界を迎えたウルヴァリンは、これまで以上にサイクロップスと対立。プロフェッサーXらと共にユートピアを去り、新たにミュータントを保護する場所として、亡きジーンの名を冠した「ジーングレイ学園」を設立する。それを見て時代の変化を悟ったプロフェッサーXからは、指導者として一線を退く事を告げられるのだった。
Modern Adventures

「ハウス・オブ・M」事件の結果、ウルヴァリンの記憶は完全に元に戻った。これはマーベルユニバースのいくつかの主要な勢力や政府に、ウルヴァリンの人生への関与と彼が取り戻した知識からパニックを引き起こした。アメリカ合衆国とカナダは彼の復讐に備えて、ウルヴァリンに関するすべての記録を処分した。

政府らの恐怖は現在彼のソロシリーズのOrigins & Endingsarcの中ではっきり示されている。ムラマサブレードと呼ばれる神秘の武器に関する他の知識を欲して、かつてウルヴァリンにウェポンXから逃れたのは一人ではないと言ったシルバーサムライと対面した。キャプテン・アメリカの第二次大戦中のサイドキック（ヒーローを補佐する役割の者）で、当時はウィンター・ソルジャーとして知られていたバッキーは、彼の脱走を手伝った。ウルヴァリンは彼と会うためにセルビアを旅して、バッキーは彼はローガンのかつての明らかにされていない妊娠中の日本人の妻を殺したが、その時の彼の行動はコントロールが効かなかったと明かした。

ウルヴァリンは自分がどのようにしてイツと会ったかを思い返した。第二次世界大戦後、Ogunはウルヴァリンの師匠だった。彼の鍛錬が終わった後、Ogunは、兵士達に人間性を取り戻す方法を教えているバンドウサブロウの村へ彼を送った。そこでウルヴァリンはイツに出会い、二人は結婚し一児をもうけた。サブロウの村は山々に取り囲まれており、その中にはthe demon 刀鍛冶ムラマサも所属していた。バッキーがイツを殺害してから、ウルヴァリンは彼女を殺したのは村人で、ウルヴァリンに敬意を表して一振りの剣・ムラマサブレードを造った。

このことを思い出して、ウルヴァリンはムラマサの山に戻り、ムラマサブレードの返還を要求し、ムラマサは「怒れる神の如く剣を振るうべし」とローガンに言い、快く与えた。ウルヴァリンは復讐を望み、今、誰がその相手になるべきかを思い出した。
シビル・ウォー詳細は「シビル・ウォー」を参照

ミュータント犯罪者ニトロの爆発に、ティーンヒーローチーム「ニュー・ウォリアーズ」とスタンフォードの一般市民600人以上が巻き込まれて死亡した惨劇の後、ウルヴァリンはトニー・スターク（アイアンマン）の反対を振り切って、ニトロへの復讐に乗り出す。

ニトロは爆炎でウルヴァリンを焼却しようとするが、ウルヴァリンはアダマンチウムの頭蓋骨で脳が保護されていたため再生する。ウルヴァリンは続く数分間でニトロを文字通りボコボコに殴り続けた。

そこにナモリタ（ネイモア・ザ・サブマリナーの従妹で、スタンフォードの爆発で死亡したニュー・ウォリアーズの一員）の復讐をせよという命令を受けた3人のアトランティス人が到着。リーダーのヤヌスはウルヴァリンと、他の二人はニトロとの戦闘を開始する。そしてアトランティスの王子、ネイモア・ザ・サブマリナーが到着した。ヤヌスとネイモアを相手に戦うウルヴァリンだったが、背後からのヤヌスの攻撃によって意識を失う。意識を取り戻した時、そこにはネイモアたちの姿はなく、ウルヴァリンはニトロがアトランティスへ拉致されたことを知った。

アイアンマンから水中用アーマーを無理矢理借り出したウルヴァリンは、海底王国アトランティスでネイモアと対面する。ネイモアはウルヴァリンにニトロとの接見を許した。ニトロは逃亡を図るものの彼のミュータント能力は使用不能となっていた。

ウルヴァリンは、ネイモアの置かれた状況のほうがより深刻であることを認め、ニトロをアトランティスに残したまま地上に帰還することとした。

ネイモアはウルヴァリンの決定に感謝し、ニトロがダメージ・コントロール社のCEO、ウォルター・デクランからミュータント・グロース・ホルモン（ミュータント能力を強化する薬品）を違法に投与されていた事実を告げた。

地上に戻ったウルヴァリンは、デクランのオフィスに盗聴器を仕掛け、ダメージ・コントロール社（スーパーヒーローとスーパーヴィラン、あるいはスーパーヒーロー同士の戦いで破壊された施設・設備の再建・補修を行う会社）が事業契約を拡大することができるように、スーパーヒーローによる戦闘の数そのものを不正に増加させていたことを突き止めた。ウルヴァリンは、ダメージ・コントロール社とデクランが事件の黒幕であることを暴露しようとする。

デクランはウルヴァリンを止めるために武装兵士を動員。ウルヴァリンを助けるために派遣されたヤヌスとアミール(Amir)と共に彼らを突破するものの、そこにスーパーヒーローの一人、セントリーが到着する。

スーパーヒーロー登録法を擁護するセントリーは、ウルヴァリンを打ち倒して首輪と手甲をはめ、ウルヴァリンの「武装解除」を画策するS.H.I.E.L.D.へと連行した。しかしその途中、ウルヴァリンは爪を伸ばして枷を切り落とし逃亡した。

ダメージ・コントロール社に舞い戻ったウルヴァリンは、マリー・ホーグとウォルター・デクランが熱く議論しているところに出くわす。万事休すと悟ったデクランは、自分自身にミュータント・グロース・ホルモンを投与して獣化し、ウルヴァリンと戦う。デクランを殺す前に、ウルヴァリンは、この本当の悪は事前に計画されていたのか、それとも自然発生的だったのかと問いかける。戦いに勝ったウルヴァリンは、スタンフォード事件の廃墟に戻り、ミリアム・シャープと話す。

ウルヴァリンはアトランティスへと戻り、アミールと話し、彼女と共に眠りについた。彼は自分の人生の痛ましい時間と体験した肉体的な苦悶を思い出し、どのようにして向き合っていけば良いかを考えた。しかし、愛する者を失い死ぬことができない苦しみには耐えることができないとわかった。ニトロが彼を焼却した時のことを思い出し、彼はジーン・グレイに話しかけた。これはジーンの魂だったのか、潜在意識の現れだったのかはハッキリしない。ジーンはかつて死亡したことがあり、復活したこともあるためだ。どちらにせよ、ジーンはローガンに命の果て(the edge of life)には光の向こうに全ての答えが待っているのだと知らせた。彼の命の愛情は彼をそこで待っており、それは彼女であり、Lazaerでもある。