ウルヴァリンはアダマンチウムなしでアポカリプスにさらわれるまで幾らかの時間を過ごした。アポカリプスはフォー・ホースメンの新たなリーダーを決めるために、ウルヴァリンをアダマンチウムを結合させたセイバー・トゥースと対決させた[36]。

彼はこの勝利が、洗脳とこれまでの仲間を敵に回すことを意味するのを知っていたが、セイバートゥースは抵抗することができるかもしれないが殺戮マシーンとして解放されることを楽しむだろうと思った。ウルヴァリンは勝負に勝ち、アポカリプスはセイバートゥースのアダマンチウムをはぎ取ってウルヴァリンの骨格に再結合させた。ウルヴァリンはフォー・ホースマンの一人デスに改造され、X-メンと戦うこととなったが、ウルヴァリンはジュビリーの助けを借りてアポカリプスの洗脳から脱した[37]。

ウルヴァリンは、かつて元々のウェポンXの施設から脱出する時に失踪した兵士であるDr.マルコム・コルコードの指揮により再開されたウェポンX計画に捕えられた。元々の計画で埋め込まれた精神的なインプラントは未だに機能しており、コルコードはそれらをウルヴァリン追いつめてかつての計画のメンバーを消させるために使った。しかし、かつての監督の暗殺の間に、ウルヴァリンの精神的なインプラントはついに破壊されたようだ。

グラント・モリソン作の一連のエピソード（一時的にNew X-Menと改名された）では、ウェポンXの「X」がアルファベットではなくローマ数字であることが明らかになり、ウルヴァリンはイサイア・ブラッドレイとキャプテン・アメリカ（ウェポン1）に始まる生きた超兵器シリーズの10番目・ウェポン10であることが判明した。ウルヴァリンを実験台としたウェポンX計画は、副産物としてより大きなウェポンプラス計画に発展し、謎めいた人物ファントメックス（Fantomex、ウェポン13）はサイクロップスとウルヴァリンを、ウェポンプラス計画を挫き、ウルヴァリンの真の素性を見つけるためのミッションに参加させた。ウェポンプラス基地への襲撃の最中、ウルヴァリンはウェポン15ことウルティマトンを殺害した[38]。

その時、ウルヴァリンは自身の起源を記したウェポンXのファイルへのアクセスを得たが、大部分がコマの外にあり、読者には彼が何を知ったかを正確にはハッキリしていない。分かっているのは彼は生きたセンチネルになることを意図されていたことと、彼は彼の能力の試験として中東の小さな街ロアノークの全住民を根絶やしにすることを強いられたと言うことである。この新事実はウルヴァリンに自身がかつてモンスターであり、唯一の目的は殺すことであったと信じさせたが、ジーン・グレイはこのような考えはやめるように説いた。

ウルヴァリンが洗脳され、世界的規模の犯罪集団HYDRAのエージェントにされた時、彼はS.H.I.E.L.D.の助けを借りてそれらの洗脳計画を打破することができた。その見返りにウルヴァリンは時々HYDRAの計画を阻止するを手伝うためにS.H.I.E.L.Dのエージェントになっている。

ウルヴァリンはその時アベンジャーズに引き抜かれた。cross the lines they refuse to cross（皆が渡ることを拒むラインを渡る）することを望んでおり[39]、「アベンジャーズ・ディスアッセンブル」事件の後、アイアンマンは再びスカーレット・ウィッチに起きたようなことが再発するのに備えて、チーム内にチームメイトを殺す覚悟がある人物を配する必要性を認識していたからだ。彼はキャプテン・アメリカやアイアンマン、スパイダーマン、ルーク・ケイジのような著名なマーベルヒーローたちと並んで働いている。

M・デイ以降、激的にミュータント情勢が悪化した事から、アステロイドMを改造したミュータント国家である「ユートピア」をサイクロップスが建国したが、次第にサイクロップスは、「ミュータントの自由」を建前として、目的の為には手段を選ばない冷酷な独裁者と化してしまう。普段から衝突しがちとはいえ、彼のリーダーとしての器を認めていたウルヴァリンは、不安を募らせていくも、反対勢力を容赦無く殺害し、平気で仲間を犠牲にする等、サイクロップスの独善極まりない暴走はどんどん悪化していく。遂には、10代の子供のミュータントまで、巧みに言い包めて戦場に借り出そうと考えているサイクロップスに、我慢の限界を迎えたウルヴァリンは、これまで以上にサイクロップスと対立。プロフェッサーXらと共にユートピアを去り、新たにミュータントを保護する場所として、亡きジーンの名を冠した「ジーングレイ学園」を設立する。それを見て時代の変化を悟ったプロフェッサーXからは、指導者として一線を退く事を告げられるのだった。
Modern Adventures

「ハウス・オブ・M」事件の結果、ウルヴァリンの記憶は完全に元に戻った。これはマーベルユニバースのいくつかの主要な勢力や政府に、ウルヴァリンの人生への関与と彼が取り戻した知識からパニックを引き起こした。アメリカ合衆国とカナダは彼の復讐に備えて、ウルヴァリンに関するすべての記録を処分した。

政府らの恐怖は現在彼のソロシリーズのOrigins & Endingsarcの中ではっきり示されている。ムラマサブレードと呼ばれる神秘の武器に関する他の知識を欲して、かつてウルヴァリンにウェポンXから逃れたのは一人ではないと言ったシルバーサムライと対面した。キャプテン・アメリカの第二次大戦中のサイドキック（ヒーローを補佐する役割の者）で、当時はウィンター・ソルジャーとして知られていたバッキーは、彼の脱走を手伝った。ウルヴァリンは彼と会うためにセルビアを旅して、バッキーは彼はローガンのかつての明らかにされていない妊娠中の日本人の妻を殺したが、その時の彼の行動はコントロールが効かなかったと明かした。

ウルヴァリンは自分がどのようにしてイツと会ったかを思い返した。第二次世界大戦後、Ogunはウルヴァリンの師匠だった。彼の鍛錬が終わった後、Ogunは、兵士達に人間性を取り戻す方法を教えているバンドウサブロウの村へ彼を送った。そこでウルヴァリンはイツに出会い、二人は結婚し一児をもうけた。サブロウの村は山々に取り囲まれており、その中にはthe demon 刀鍛冶ムラマサも所属していた。バッキーがイツを殺害してから、ウルヴァリンは彼女を殺したのは村人で、ウルヴァリンに敬意を表して一振りの剣・ムラマサブレードを造った。

このことを思い出して、ウルヴァリンはムラマサの山に戻り、ムラマサブレードの返還を要求し、ムラマサは「怒れる神の如く剣を振るうべし」とローガンに言い、快く与えた。ウルヴァリンは復讐を望み、今、誰がその相手になるべきかを思い出した。
シビル・ウォー詳細は「シビル・ウォー」を参照

ミュータント犯罪者ニトロの爆発に、ティーンヒーローチーム「ニュー・ウォリアーズ」とスタンフォードの一般市民600人以上が巻き込まれて死亡した惨劇の後、ウルヴァリンはトニー・スターク（アイアンマン）の反対を振り切って、ニトロへの復讐に乗り出す。

ニトロは爆炎でウルヴァリンを焼却しようとするが、ウルヴァリンはアダマンチウムの頭蓋骨で脳が保護されていたため再生する。ウルヴァリンは続く数分間でニトロを文字通りボコボコに殴り続けた。

そこにナモリタ（ネイモア・ザ・サブマリナーの従妹で、スタンフォードの爆発で死亡したニュー・ウォリアーズの一員）の復讐をせよという命令を受けた3人のアトランティス人が到着。リーダーのヤヌスはウルヴァリンと、他の二人はニトロとの戦闘を開始する。そしてアトランティスの王子、ネイモア・ザ・サブマリナーが到着した。ヤヌスとネイモアを相手に戦うウルヴァリンだったが、背後からのヤヌスの攻撃によって意識を失う。意識を取り戻した時、そこにはネイモアたちの姿はなく、ウルヴァリンはニトロがアトランティスへ拉致されたことを知った。

アイアンマンから水中用アーマーを無理矢理借り出したウルヴァリンは、海底王国アトランティスでネイモアと対面する。ネイモアはウルヴァリンにニトロとの接見を許した。ニトロは逃亡を図るものの彼のミュータント能力は使用不能となっていた。

ウルヴァリンは、ネイモアの置かれた状況のほうがより深刻であることを認め、ニトロをアトランティスに残したまま地上に帰還することとした。

ネイモアはウルヴァリンの決定に感謝し、ニトロがダメージ・コントロール社のCEO、ウォルター・デクランからミュータント・グロース・ホルモン（ミュータント能力を強化する薬品）を違法に投与されていた事実を告げた。

地上に戻ったウルヴァリンは、デクランのオフィスに盗聴器を仕掛け、ダメージ・コントロール社（スーパーヒーローとスーパーヴィラン、あるいはスーパーヒーロー同士の戦いで破壊された施設・設備の再建・補修を行う会社）が事業契約を拡大することができるように、スーパーヒーローによる戦闘の数そのものを不正に増加させていたことを突き止めた。