オーストラリアにいる時に、アポカリプスはウルヴァリンをだましてサヴェッジランドへと旅立たせた。そこで、現地の一族の女首長Gahckとの関係をスタートさせた。そこで彼はアポカリプスのバージョンの狂ったロボットをみつけた。それはアポカリプスが望んだ時に破壊した者だった。彼は一族へのアポカリプスの実験を終わらせ、知らないうちにGahckとの間に息子をもうけ、彼女は彼にEristaと名付けた[24]。

X?メンがアメリカに戻ってから、ウルヴァリンはカナダのウェポンX基地に戻った。そこで彼は自身の記憶の多くが埋め込まれたものだと知り、彼の性格はより暗くなり、ロボットのShivaと戦った[25]。

ウルヴァリンは日本に戻りマリコと再会したが、彼女は自分の組が違法な活動を全て止めるまで彼への愛を再発火させるのを拒んだ。しかし、彼女は間もなくウルヴァリンを恨むマツオ・ツラヤバの元で働くヤクザの殺し屋にフグ毒を盛られる。マリコはウルヴァリンに、毒によってゆっくり苦しんで死ぬのではなく、介錯してくれと頼み、ウルヴァリンは渋々これに応じた。この出来事はウルヴァリンのキャラクターを劇的に変え、彼をより抑制され、他人に心情を表さないようにした。ウルヴァリンはマツオに、マリコの命日には彼の元に訪れて、何も残らなくなるまで身体の一部をスライスしてやると断言した[26]。

マリコが死んで間もなく、ウルヴァリンとジュビリーは、ウェポンX計画のハインズと共にかつて所属していたチームXのメンバー（セイバー・トゥース、マーベリック、ジョン・ライス、マストドン、シルバー・フォックス）と再会した。サイ・ボーグ(Psi-Borg)としても知られた強力なサイキックで、彼らの多くをウエポンX計画のために洗脳したアルド・フェロ(Aldo Ferro)を捕えるためであった[27]。Ferroとハインズはセイバー・トゥースにシルバーフォックスを殺させてまもなく死亡した。

ウェポンXの精神的干渉とマリコとシルバー・フォックスの死に起因する精神的衰弱を被った。かつてチームXでテリー・アダムズを暗殺するミッションについていたことを考えて、ウルヴァリンはロシアの宇宙計画施設に侵入し、遺伝子操作され強力なサイキック能力を持つ宇宙飛行士Episilon Redに遭遇した。レッド、つまりウルヴァリンが追うテリー・アダムズは施設の脱出を助けてくれたお返しにウルヴァリンの精神の心理的な壁の多くを破壊した。どの記憶が真実でどの記憶が虚偽なのかと言うこの更なる知識によって、ウルヴァリンは遂に粉々になった人生の欠片を取り出すことが可能になった[28]。

この幸せは長くは続かず、「フェイタル・アトラクション」事件の最終局面で、ウルヴァリンの骨格を覆うアダマンチウムはマグニートーの金属操作能力によって強制的に引き剥がされた[29]。ウルヴァリンはこれにより深く傷つき、彼はヒーリングファクターをほとんど使い果たしてしまった。これによって、それまでウルヴァリンが持っていた力、スタミナ、反射能力などのほとんどは弱められてしまった。

ひどく弱体化した己の状態を受け入れるのを拒んだウルヴァリンは、X-マンション（X-メンの基地）にある訓練施設・デンジャールームでのトレーニングを始めた。彼の怒りと葛藤に呼応して、彼の爪は彼の腕を引き裂いて肉体の外へ突き出した。これにより彼の爪は後からインプラントされたものではなく、骨質で、元々の肉体の一部であることが明らかにされた。更に彼が爪を出す度に、爪は彼の腕の皮膚と肉を突き破り、大きな傷と流血を伴うものとなった。これに不便を感じたローガンは、ジュビリーに対する置手紙を残して単独の冒険へと旅立った[30]。

この冒険の最中、彼は幾人かのかつての敵（アダマンチウムの肌を持つ怪人サイバー、リーバーズの生き残りCylla、吸血鬼ブラッド・スクリームなど）と遭遇した。この単独行の間にウルヴァリンは、若きミュータントチーム、ジェネレーションXとの合同トレーニングに参加したりもした。

マドリプールでかつての戦友マーベリックとX-メンでのチームメイト・ガンビットと出会うと、セイバートゥースがエグゼビアの元にいることを知った。帰還したウルヴァリンは、セイバートゥースと死闘を演じ、この戦いはウルヴァリンがセイバートゥースの脳を爪でえぐって終わり、ケガが完全に治るまで一時的にセイバートゥースの邪悪な人格を置き換えた。

次のいくつかの号の途中で[31]、プロフェッサーXとビースト、ヘザー・ハドソンらによって行われた試験と研究は、ウルヴァリンのミューテーション（変異）はいまだに継続していることを示した。ほとんどのミュータントと違い、彼は生涯をかけてゆっくりと変異が継続しているのだ。この変異の進行により、ウルヴァリンのパワー、高められた感覚はゆっくりと強化されている。しかし、ウルヴァリンの骨格にアダマンチウムが組み込まれた後、この変異は完全に停止させられていた。この研究はまた、アダマンチウムの存在が、継続する変異の抑制の他に、彼の持つヒーリングファクターを阻害していたことも明らかにした。骨格に織り込まれた異物であるアダマンチウムに対して、彼のヒーリングファクターは恒常的にそれを取り除こうとする多大な努力を強いられ[32]、他の怪我からの回復を遅らせていた。マグニートーがウルヴァリンの骨格からアダマンチウムを抜き取った結果、彼の身体が完全に怪我から癒えると、変異が非常に早いスピードで進行し始めた。

彼のミューテーションの進行によって彼の能力がどれほど強化されたかについては、ウルヴァリンが車にひかれ、多くの内臓が損傷し全身の骨の半数が折れた際にはっきりした。彼はほんの数秒で完全に回復してみせたのである[33]。またこの変異はウルヴァリンを将来、肉体的に原始的で野獣のような状態への退化を引き起こすであろうことをも示している。

その後、ケーブルの息子ジェネシスがウルヴァリンを拉致し、アポカリプスの部下フォー・ホースマンのひとりへと改造するために再度アダマンチウムを彼の骨格に結合させようとした[34]。