国際科学警察機構の下部組織で、正式名称は科学特別捜査隊（かがくとくべつそうさたい）[92][注釈 50]。略称は科特隊（かとくたい）。通常の警察組織では対処できない怪事件や異変の調査、地球を他惑星の侵略者からの防衛が主な任務である[92]。基本的には怪事件調査のための組織で、怪獣との戦闘は特別任務である。パリに本部があり、作中ではインドやボリビア、ニューヨーク、中近東などの支部について言及され、他にもブラジル、ロンドン、モスクワ、トルコ、そして日本に支部を置く。外部から本部へは交換手を介しての通話が可能で、緊急連絡時の直通番号は999[95]。英語表記はSSSP（Science Special Search Party・通称スリーエスピー）である。設定ではパリ本部の長官はスイス人のF・G・ピースであるとされている[96]。
日本（極東）支部の隊員で作品中に登場するのは5名で、ムラマツ隊長以下副隊長格のハヤタ隊員、アラシ隊員、イデ隊員、フジ・アキコ隊員。途中からホシノ少年も準隊員になり、ピグモンにも特別隊員の称号が贈られる（第37話）。パリ本部やインド支部の隊員が訪れることもある（第7話、22話、23話、31話、32話）[92]。
ムラマツ隊長以下のムラマツ班の他にも、『ウルトラマンメビウス』には宇宙での任務を目的としたサコミズ班が登場するほか、設定上はミナト班やヤマト班などが存在しており[96][92]、金城哲夫の小説では100人以上の隊員がいると設定されている。また、漫画『ウルトラマン 科特隊奮戦記 ジャイアント作戦』には、電波班・分析班・技術班などのほか、科特隊日本支部上層部の人間としてサイゴウ総司令、ミヤジマ副司令が登場する。
設定では、『ウルトラQ』に登場した一ノ谷博士らが中心となって日本支部を設立したとされ[97]、『ウルトラQ』と本作品の間の出来事を描いた円谷プロ公認のPCゲーム『ウルトラ作戦 科特隊出動せよ!』では、ウルトラマンが現れる以前から怪獣と戦っており、創設者の一ノ谷博士も最初はメンバーに入っていたが第1話「科特隊日本支部誕生」の六角村での核露怪獣ゴルドキング迎撃作戦時に重傷を負い、第一線から退いている[注釈 51]。
