ウルトラマンメビウスが地球防衛に就く20年前のこと。ウルトラマン、ウルトラセブン、ウルトラマンジャック、ウルトラマンエースのウルトラ4兄弟は、異次元人ヤプールの怨念の集結した究極超獣Uキラーザウルスの地球侵攻を阻止するため、月面で激しい戦いを展開。

苦闘の末に4兄弟はUキラーザウルスを神戸港沖に沈め、自分たちの光エネルギーの大半を使い果たす大技ファイナル・クロスシールドによってヤプールの怨念を封印する。4兄弟は変身能力を失ってしまったが、愛する地球にとどまって地球人の姿で生活を始め、その傍らで封印を監視し続けていた。

そして現在。神戸港における異変を察知し、調査のため現地へ赴いたウルトラマンメビウス＝ヒビノ・ミライは、海洋科学者のジングウジ・アヤとその弟・タカトと出会う。タカトはかつてウルトラマンやGUYSに憧れていたが、3ヶ月前に怪獣に遭遇した際、愛犬を助けられなかったことに対する自責の念から、自らその夢を捨てていた。

タカトが塞ぎ込んだことには自分にも責任があると考え、彼の心を救う決意をするミライ。ミライは、ハヤタたちウルトラ4兄弟から自分たちウルトラマンは神ではないと諭された。

この時、地球侵略とヤプール復活を企てる宇宙人連合の魔の手が彼らに忍び寄っていた。
登場人物

※テレビシリーズにもレギュラーで登場する人物についてはウルトラマンメビウス#主な登場人物を参照。
ジングウジ・アヤ
わずか14歳でGUYSのライセンスを取得した天才海洋学者。年齢22歳。姓の漢字表記は「神宮寺」。塞ぎ込んでいるタカトを心配していた。
『ウルトラマンメビウス』
テレビシリーズ第43・44話に登場。タケナカ最高総議長の孫娘であることが判明し、タケナカ同様にサコミズを「サコっち」と呼ぶ。本作品の一件からミライの正体に気付き、それを確かめるためにフェニックスネストを訪れる。ヤプールの罠に落ちた時も冷静かつ毅然とした態度を取り、同じく異次元に拉致されていた悪徳ジャーナリストのヒルカワからの手酷い仕打ちを受けて心が折れかけたミライを励まし、人間への失望感に苛まれていた彼を再起させた。
ジングウジ・タカト
アヤの幼い弟で、年齢7歳。GUYSやウルトラマンに憧れていたが、3ヶ月前にケルビムと遭遇した際にすくみあがって愛犬アルトを助けられなかったことにショックを受け、自責の念からかつての明るさを失って塞ぎ込んでいる。
広川
水族園の学芸員。忙しいアヤの代わりにタカトの面倒を見ている。

エンドロールやその他広報資料では「広川さん」と表記されているが、劇中の小道具である神戸海洋環境センターの職員カードには「広川 正義」と表記されている。

企画初期は前述の東光太郎（ウルトラマンタロウ）が務める予定だった。

ポートライナー助役コウダ & 神戸市長松永 & 市長秘書ミドリカワ
ポートライナー神戸空港直通線の試運転の最中、ニセメビウスに叩き潰されそうになる神戸市職員3人組。3人とも、平成ウルトラシリーズ『ウルトラマンダイナ』や『ウルトラマンネクサス』のレギュラーキャラを捩った名前で、役者も本人が出演しており、市長の携帯の着メロは『ウルトラマンネクサス』のナイトレイダーのテーマ曲である。
登場ウルトラマン

詳しくはリンク先を参照

ウルトラマンメビウス / ヒビノ・ミライ

メビウスインフィニティー


ウルトラマン / ハヤタ[注釈 4]

ウルトラセブン / モロボシ・ダン

ウルトラマンジャック / 郷 秀樹

ウルトラマンエース / 北斗 星司

ウルトラマンタロウ

ゾフィー

メビウスインフィニティー

メビウスとウルトラ6兄弟が融合して超進化し、スーパーウルトラマンとなったスタイル[10]で、全身の模様が6兄弟の各ウルトラマンのものを取り入れており[11]、メビウスブレスの彩色や形も変わっており、大容量のエネルギーを蓄積している[出典 1]。