プロデューサーの鈴木清は、テレビシリーズから3年経過していることから、対象年齢を上げた作風としている[3]。また、監督の村石宏實は、『ティガ』のころに戻るのではなく『ガイア』までの3作品の延長線上として制作するという心持ちであったことを述べている[9][10]。脚本は長谷川圭一と右田昌万がそれぞれプロットを執筆し、両者をまとめる形で脚本が完成された[3][注釈 3]。準備稿ではキリエルの預言者が登場する予定であった[出典 1]。

ラストシーンはダイゴとレナの結婚式が描かれる予定であったが、尺の都合で撮影がとりやめられ、冒頭の夢のシーンのみに留まった[3]。

当初、ミドリカワ・マイ役の山田まりやは設定年齢の都合から登場予定がなかったが、山田がスタッフに直談判したことにより、急遽追加シーンが撮影された[13][14][注釈 4]。
ストーリー

グリッターティガが最強の敵ガタノゾーアとの戦いに勝利してから2年が経過した2012年、ダイゴとレナは結婚を目前にし、平和な時をすごしていた。

そんな中、南太平洋の超古代遺跡ルルイエに調査に向かったGUTSのイルマ隊長とサエキ隊長ほかTPCの隊員たちは遺跡の中でティガと同じく石像と化した巨人の像を3体発見する。この謎の3体の石像に対し、上層部は運び出すことを計画していた。計画に反対するイルマ隊長はこの場所を爆破して封印しようとするが、サエキ隊長に断固反対され武器などを没収されてしまう。その時、3体の石像の封印が解けて他のTPC隊員を次々と襲った。その混乱で気を失ったイルマ隊長は地球星警備団のユザレの能力を発揮して巨人たちをルルイエの中に閉じ込めることに成功した。

イルマ隊長の消息が途絶えてから2日、隊長の安否を探索するためにルルイエに向かったムナカタ、シンジョウ、ホリイ。そこで目にしたのは調査隊に化けていた超古代怨念翼獣シビトゾイガー。大量のシビトゾイガーの前に、一時撤退せざるを得なくなる一行。

一方、ダイゴの前には闇の巨人「カミーラ」が現われる。彼女はダイゴを幻影で責め立て、3千万年前にユザレに導かれる以前は、ティガもまた闇の巨人の仲間だったことを教える。そして、ティガの本質は闇であると告げてその場を去る。彼らの本当の目的はティガの闇の力でユザレの結界を解こうというものだった。

ダイゴは人間として囚われの身になった隊長を救い出そうと決意する。そして彼は再び、ウルトラマンティガとして戦いへと赴いた。
超古代文明の滅亡の真相

劇中ではダイゴの夢の中で怪獣や宇宙人などの侵略者から守ってきた巨人たちがいつしか二つの勢力に別れ争いを起こし、そこを突如現れた闇の巨人に一掃されて文明と共に滅び去ったという客観的な描写しか語られなかったが、詳しい真相はパンフレットで次のように明かされた[15]。栄華を誇っていた超古代の都。そこは理想郷（ユートピア）であり、人々は未来永劫の繁栄を信じ、何の不安もなく日々を生きていた。そこへある日「闇」が来訪し、恐ろしい怪獣たちを生み出し、人々に恐怖と絶望を与えた。しかし、その脅威の中に「光」が人々の前に降臨。「光」は戦士たちを選び、戦士たちと同化することで光の巨人へと変身する。「光」は人々に勇気と希望を与え、怪獣を次々と倒すのだった。「光」は人々に力を授けて平和を取り戻した後、故郷の宇宙へと旅立っていった。ところが、戦士と同化した光の巨人のうちの4人が人の心に潜む「闇」により闇の巨人へと変貌し、文明を破壊し始める。光の巨人は闇の巨人に立ち向かったが、強大なパワーの前にはなすすべもなく、多くの巨人と文明都市が次々と崩れ去ってしまう。しかし、闇の巨人となってしまった4体の巨人の中の一人、ダーク（ティガ）がユザレと関わり正義の心と光の巨人の姿を取り戻し、残りの闇の3巨人との戦いに勝利しルルイエへと封印する。戦いの果てに闇の脅威は去り戦いは終結したが、超古代文明は滅亡した。ティガを含め僅かな巨人などが生き残り、未来の人類に希望を託してその力を人の遺伝子の奥に刷り込んで永い眠りについた。