『ウルトラマンティガ』『ウルトラマンダイナ』『ウルトラマンガイア』『ウルトラマンネオス』で特捜チームの隊長・副隊長・隊員を演じた俳優たちが出演している[3]。本作品は、1966年の『ウルトラQ』以来、円谷特撮に携わってきた高野宏一の遺作となった。

本作品の音楽はテレビシリーズや前作で担当した冬木透ではなく、『ティガ』『ダイナ』で劇伴音楽を担当した矢野立美が担当した。

冒頭のスコーピスの戦いに登場するのは元々コロナモードだったが、撮影段階で本作品初登場のスペースコロナモードに変更された。

松竹映画部部長（当時）の北川淳一は、前作『ウルトラマンコスモス THE FIRST CONTACT』の興行収入が厳しかったため「次はやめようか」との声も上層部からは出ていたが、「このまま終わってしまうのは忍びなくて、何とかやり直したい」と主張し、子供の少ない映画館のチェーン公開の廃止や規模の縮小を行い、映画内容もバトルシーンをメインにして前作の反省を活かしたと振り返っている[6]。
ウルトラマンコスモス2 THE BLUE PLANET ムサシ（13才）少年編

『ウルトラマンコスモス2 THE BLUE PLANET』の劇場公開を前に発生した主演俳優誤認逮捕事件を受け、代替用として急遽制作された作品[3]。同主演俳優の登場シーンを差し替えるため、劇場版での前作『ウルトラマンコスモス THE FIRST CONTACT』において子供時代のムサシを演じた東海孝之助が主演となっている。

子供時代のムサシの視点で再構成されているが、内容は『ウルトラマンコスモス2 THE BLUE PLANET』のダイジェストともいえる構成である。

結果的にコスモスの放送が再開されたことで『ウルトラマンコスモス2 THE BLUE PLANET』の公開が可能となったことから、今作は一旦行き場を失ったが、同作公開から1か月後、一部都市で公開された。

『ウルトラマンコスモスVSウルトラマンジャスティス THE FINAL BATTLE』の回想シーンでも本バージョンの新撮映像が使用されており、シリーズの正史扱いとなっている。
ストーリー

カオスヘッダーとの戦いから2年。TEAM EYESを離れ、長年の夢であったアストロノーツとなったムサシは、聖獣パラスタンが護る緑の遊星ジュランへ向かった。

しかし、ジュランに降り立ったムサシが見たのは、何者かによって倒されたパラスタンの無残な姿と、赤い砂に覆われ荒れ果てた死の星と化したジュランの光景だった。そこに怪獣スコーピスと、新しい戦闘モードスペースコロナモードになったウルトラマンコスモスが現れる。ムサシは再会したコスモスに救われ地球へ帰還し、友人のツトムの結婚式のためにサイパンへ向かった。そこでムサシは海底怪獣レイジャとSRCの新生チーム「TEAM SEA」、そしてギャシー星人の「シャウ」、「ジーン」と出会う。

ムサシはTEAM SEAへ入隊し、地球に飛来したスコーピスと交戦。レイジャも加勢するが力及ばず撃退されてしまう。「コスモスがいれば…」と嘆くムサシは、逃げ惑う人々の中にいた少年のコスモスが来てくれると信じる想いを受け、輝石を振り上げ再びコスモスと一体化。スコーピスたちを操り、遊星ジュランやギャシー星を滅ぼした張本人サンドロスに立ち向かうが歯が立たない。

そして、窮地に陥ったコスモスの前にもう一人のウルトラマンが現れ…。
登場人物
春野ムサシ / ウルトラマンコスモス
本作品およびテレビシリーズの主人公。22歳。コスモスと分離後にTEAM EYESを退役、SRC宇宙開発センターに移籍し、念願のアストロノーツとなった。本作品オリジナルの形態としてスペースコロナモードとスケルトンコロナモードが登場する。
SRC

TEAM EYESについては、ウルトラマンコスモス#TEAM EYESメンバーを参照。