友人のブライオン・ガイシンとともに、文章をバラバラに刻んでランダムに繋げる「カットアップ」という実験的な手法の発明者であり、この手法を駆使した作品を何作か発表しているが、1980年代に入ってからはストーリー性を重視したスタイルに移行している。『裸のランチ』は、1992年にカナダの映画監督デヴィッド・クローネンバーグにより映画化された。ただ、作品は原作を忠実になぞったような性格のものではなく、あくまでバロウズの作品を元に、クローネンバーグによって新たに再構成された、オリジナル作品というべき内容になっている。
1960年代?1970年代以降、バロウズの作品はSF界でも注目され、J・G・バラードやジュディス・メリルはバロウズ作品を「理想的なSF」と呼んだ。山野浩一がセレクションした「サンリオSF文庫」にも作品が収録されている。また安田均・大野万紀らが結成した「関西海外SF研究会（KSFA）」というファングループは、バロウズの作品から名前をとって、『ノヴァ・エクスプレス』という同人誌を発行していた。
フィリップ・K・ディックの作品『アンドロイドは電気羊の夢を見るか?』が映画化される際、関係者がたまたま手にとったバロウズの著作『ブレードランナー』の語感が良かったので、映画の題名は『ブレードランナー』となった（内容は全く無関係）。
主な著作
小説および長編
『ジャンキー（英語版）』 Junkie: Confessions of an Unredeemed Drug Addict 1953年
鮎川信夫訳 思潮社 1969年 のち新装版 1980年 のち河出書房新社（河出文庫）2003年
『おかま』 Queer 1951 - 1953年（出版 1985年）
山形浩生、柳下毅一郎訳 ペヨトル工房 1988年
『裸のランチ』 The Naked Lunch 1959年
鮎川信夫訳 河出書房新社（人間の文学19）1965年 のち同社（モダン・クラシックス）1971年 のち同社（河出海外小説選16）1978年 のち同社新装版 1987年 のち同社完全版 1992年 のち同社（河出文庫）2003年
『ソフト・マシーン』 The Soft Machine 1961年
『やわらかい機械』世界文学翻訳研究所訳 浪速書房 1965年
山形浩生、曲守彦訳 ペヨトル工房 1989年
山形浩生、柳下毅一郎訳 河出書房新社（河出文庫）2004年
『爆発した切符』 The Ticket That Exploded 1962年
飯田隆昭訳 サンリオ（サンリオSF文庫）1979年
『ノヴァ急報』 Nova Express 1964年
諏訪優訳 サンリオ（サンリオSF文庫）1978年
山形浩生訳 ペヨトル工房 1995年
『ダッチ・シュルツ 最期のことば』 The Last Words of Dutch Schultz 1970年
山形浩生訳 白水社 1992年
『猛者(ワイルド・ボーイズ)―死者の書』 The Wild Boys A Book of Dead 1971年
山形浩生訳 ペヨトル工房 1990年
『ブレードランナー』Blade Runner, a movie 1979年
山形浩生訳 リブロポート 1990年
『シティーズ・オブ・ザ・レッド・ナイト』 Cities of the Red Night 1981年
飯田隆昭訳 思潮社 1988年
『デッド・ロード』 The Place of Dead Roads 1983年
飯田隆昭訳 思潮社 1990年
『内なるネコ』 The Cat Inside 1986年
山形浩生訳 河出書房新社 1994年
『ウエスタン・ランド』 The Western Lands 1987年
飯田隆昭訳 思潮社 1991年
『トルネイド・アレイ』 Tornado Alley 1989年
清水アリカ訳 思潮社 1992年
『ゴースト』 Ghost of Chance 1991年
山形浩生訳 河出書房新社 1996年
『夢の書 わが教育』 My Education: A Book of Dreams 1995年
山形浩生訳 河出書房新社 1998年
短編集
『おぼえていないときもある』 Exterminator! 1973年
浅倉久志訳 ペヨトル工房 1993年
『ア・プーク イズ ヒア』 Ah Pook is Here, Nova Express, Cities of the Red Night 1981年
飯田隆昭訳 ファラオ企画 1992年
『バロウズという名の男』 The Adding Machine: Collected Essays 1985年
山形浩生訳 ペヨトル工房 1992年
共著
『そしてカバたちはタンクで茹で死に』 And the Hippos Were Boiled in Their Tanks 1945年（出版 2008年）[5]
山形浩生訳 河出書房新社 2010年
『麻薬書簡』 The Yage Letters 1963年[6]
『麻薬書簡』飯田隆昭、諏訪優訳 思潮社（現代の芸術双書19）1966年 のち同社新装版 1973年 のち同社再版 1986年
『麻薬書簡 : 再現版』山形浩生訳 河出書房新社（河出文庫）2007年