イントレピッド (USS Intrepid) を指揮するスティーヴン・ディケーター中尉は、1804年2月16日にフィラデルフィアを破壊するためトリポリ港への夜襲を実行した。ホレーショ・ネルソン提督はこれを「時代の最も大胆で勇敢な行為」と評したとされる[2][3]。トリポリ港で炎上するフィラデルフィア
フィラデルフィアとその乗組員の捕獲は、ジェファーソン大統領が陸軍の将軍であったウィリアム・イートンをトリポリに派遣する動機となった。1805年に行われた300名のアメリカ人人質を解放するというこの任務は、アメリカ合衆国にとっての最初の秘密作戦であった。イートンはプレスリー・オバノンを隊長とするアメリカ海兵隊の分遣隊とともにアレクサンドリアに上陸し、20名のキリスト教徒（そのうち8名はアメリカ海兵隊員であった。）および100名のイスラム教徒の傭兵から成るグループを結成し、500マイル以上の長旅を行った。
アイザック・ハルが艦長を務めるブリッグのアーガス (USS Argus) が海上からの支援を行い、イートンは1805年4月27日にダーネからトリポリへの攻撃を始めた（ダーネの戦い）。ダーネの制圧は「海兵隊讃歌」の中に歌われる。更にアメリカ軍がトリポリへ迫る勢いとなり、1805年6月にトビアス・リアとジョン・ロジャーズ代将がトリポリのパシャと和平の交渉を行うこととなった。トリポリで座礁したフィラデルフィア、1803年
ベインブリッジは1806年6月3日まで投獄されていた。解放後彼は投獄によって失われた利益を取り戻すため海上貿易の仕事に戻った。バーバリ戦争の終結に伴いアメリカ海軍はその規模を縮小し、大半のフリゲートは港に係留された。議会は1809年前半にこの政策を変更し、ベインブリッジは1809年にフリゲートのプレジデント (USS President) の艦長に着任、その年の9月に大西洋岸のパトロールを始めた。1810年6月には沿岸での任務に移動した。
アメリカ合衆国とイギリスとの間に米英戦争が勃発すると、ベインブリッジはアイザック・ハルに代わって44門砲帆走フリゲート、コンスティチューション (USS Constitution) の艦長を命じられた。コンスティチューションはゲリエール (HMS Guerriere) との戦闘でこれを捉えるなど輝かしい戦績を上げており、ベインブリッジの指揮下南部大西洋を巡航した。クライスト・チャーチ埋葬墓地のベインブリッジの墓石
1812年12月29日、ベインブリッジはイギリス海軍の帆走フリゲート、ジャバと遭遇する。ジャバは新たにボンベイ総督に任命されたトーマス・ヒスリップ陸軍中将とそのスタッフを乗せて東インド諸島に向かう途中であった。ジャバに乗り組んでいた船員たちは非常に未経験の者が多く、訓練を受けた者はごく僅かであった。船員たちは1日の砲術訓練を受けただけであった。アメリカ海軍はイギリス海軍の何名かの艦長が無視した砲術訓練に対してかなりの注意を払い、コンスティチューションの船員たちは砲術に対して熟練していたため、ジャバの運命はすぐに決定した。戦闘でジャバは粉砕され大損害を被った一方、コンスティチューションへは舵輪を取り外した一撃の他はほとんど損傷を与えることができず、降伏を余儀なくされた。戦闘の間にベインブリッジは二度負傷したが、指揮を継続した。コンスティチューションはジャバが沈没する前にその舵輪を取り外して自らに装着した。コンスティチューションは今も現役で任務を継続中（ボストン港で投錨中）であるが、その舵輪はベインブリッジがジャバから取り外して装着させた物である。
イギリスとの戦争が終わると、ベインブリッジは第二次バーバリ戦争に従軍しバルバリア海賊と戦った。
1820年、ベインブリッジはスティーヴン・ディケーターの決闘のセコンドを務めた。ベインブリッジは実際にはディケーターに対して長年に渡って嫉妬感を抱いていた。
1824年から1827年まで彼は、海軍評議委員会の委員を務めた。ベインブリッジはフィラデルフィアで死去し、フィラデルフィアのクライスト・チャーチ埋葬墓地に埋葬された。 ベインブリッジの栄誉を称え、数隻の艦艇がベインブリッジと命名された。1842年に就役したブリッグ
栄誉
