1997年夏、ウィザーズ・オブ・ザ・コーストはダンジョンズ&ドラゴンズの第3版のコンセプトを再検討した（TSRの買収後すぐに議論されていた）[12]。2004年、アドキソンは意思決定を振り返った；明らかに、我々[ウィザード]は、最新版を公開するための強力な経済的インセンティブを持っていた。すべての製品ラインの売上は最初の改良、新しい版を想定して、新しい版が出てくるときに急増する傾向がある。そして、私たちは、所有権が変わったときが、WotCのD&Dに素晴らしい機会だと思った[12]。彼は後に、新版のD&Dのデザイン全体を指揮することになる[13]。ウィザーズ・オブ・ザ・コーストは2000年にダンジョンズ&ドラゴンズ第3版だけでなく、d20システムをリリースした。これらのリリースにはen:Open Game Licenseが付いてきて、他の会社がこれらのシステムを使用することを許可した[4]。新しいバージョンのD&Dゲームはオリジン賞のBest Roleplaying Gameを2000年に受賞した。2002年、ウィザーズは、設計者がウィザーズに、キャンペーンの世界を提出して、完全に元のキャンペーンの世界を生成するデザインコンテストを主催した。ウィザーズはその中からen:Keith Bakerが設計した"en:Eberronを選択し、最初のハードカバー本が2004年6月に発売された。2003年、ウィザーズ・オブ・ザ・コーストはダンジョンズ&ドラゴンズ第3.5版とd20システムを発売した[4]。ウィザーズ・オブ・ザ・コーストはGen Con Indy 2004でD&D発売30周年の祝福を手助けした。
1997年8月2日、ウィザーズ・オブ・ザ・コーストはトレーディングカードゲームに関する特許アメリカ合衆国特許第 5,662,332号を取得した[4]。1999年1月、ウィザーズ・オブ・ザ・コーストはポケモンカードゲームの出版を始めた[8]。ゲームは非常に人気があることが証明され、6週間足らずで400000セットを売り上げ、ウィザーズの当初予想よりも10倍売れた[14]。非常に多くの印刷社が「ポケモン」カードを制作したため、いくつかのスポーツカードシリーズが1999年に廃止されるほど「ポケモン」カードの需要が高かった[5]。ゲームは1999年、国立子育てセンターの検印が承認された。
その年、ポケモンカードゲームはミリオンセラーを達成し、会社は遊び方を解説したCD-ROMを同梱した新しいセットを発売した[15]。ウィザーズ・オブ・ザ・コーストは2003年までゲームの出版を続け、ウィザーズとの契約が切れる9月30日より前に、任天堂の関連会社のひとつPokemon USAがゲームの新版を製造開始したため、ウィザーズは次の日、2003年10月1日に任天堂を相手取って訴訟を提起した[16][17]。両社は裁判所に行くことなく、2003年12月に意見の相違を解決した[18]。 ポケモンとマジック:ザ・ギャザリングの相次ぐ成功を見て[5]、ゲームとおもちゃの巨大企業であるハズブロが1999年9月にウィザーズ・オブ・ザ・コーストをおよそ3億2500万ドルで買った[19][20]。ハズブロは1994年の初期にウィザーズ・オブ・ザ・コーストの買収に興味を示し、さらに、その「ポケモン」ゲームの成功の後に感銘を受けていた[4]。アバロンヒルはウィザーズ・オブ・ザ・コーストの1部門だったが[21]1998年夏にハズブロに買収された。 1999年11月、Vince Caluoriがウィザーズ・オブ・ザ・コーストの社長に就任した[22]。2001年1月1日、ピーター・アドキソンはウィザーズを辞職した[4]。2002年6月にはChuck Huebnerがウィザーズ・オブ・ザ・コーストの社長と最高経営責任者に就任し、2004年4月にLoren GreenwoodがHuebnerの役職を継承した。2008年3月にはGreg Leedsがウィザーズ・オブ・ザ・コーストの社長と最高経営責任者を継承した。2008年、会社は300人を超える従業員を擁した。 1999年11月、ウィザーズ・オブ・ザ・コーストは2002年のコンベンションを持ってGen Conの主催地がミルウォーキーを離れると発表した[23]。ハズブロは OriginsをGAMA
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