現職理事名簿は財団ページに[12]、これまでの理事経験者一覧はWikimedia Foundationにある[※ 1]。

理事会は、財団とプロジェクトに対する最終的な決定権を持ち、また定款を変える権限をもつ。

理事長は2022年1月時点でNataliia Tymkiv (2021年10月 - ) [12][6][5]。
会員資格

ウィキメディア財団は会員資格を持たない[1]。会員制度は2006年以前の定款に記述があるが、実現には到らなかった[14]。この改定以前の定款で「会員よりの選出」とされた理事枠は、「コミュニティ」の投票による理事枠として残された[14]。投票権者の詳細は理事会がこれを定める。2007年の選挙では、一定の編集回数と編集歴によるほか、システム管理者、職員で一定の活動歴をもつもの、および理事に投票権が与えられた。
提携団体
ローカル・チャプター.mw-parser-output .side-box{margin:4px 0;box-sizing:border-box;border:1px solid #aaa;font-size:88%;line-height:1.25em;background-color:#f9f9f9;display:flow-root}.mw-parser-output .side-box-abovebelow,.mw-parser-output .side-box-text{padding:0.25em 0.9em}.mw-parser-output .side-box-image{padding:2px 0 2px 0.9em;text-align:center}.mw-parser-output .side-box-imageright{padding:2px 0.9em 2px 0;text-align:center}@media(min-width:500px){.mw-parser-output .side-box-flex{display:flex;align-items:center}.mw-parser-output .side-box-text{flex:1}}@media(min-width:720px){.mw-parser-output .side-box{width:238px}.mw-parser-output .side-box-right{clear:right;float:right;margin-left:1em}.mw-parser-output .side-box-left{margin-right:1em}}この項目では色を扱っています。閲覧環境によっては、色が適切に表示されていない場合があります。ローカル・チャプターの設立状況（2021年時点）
灰色の地域は設立議論もされていない .mw-parser-output .legend{page-break-inside:avoid;break-inside:avoid-column}.mw-parser-output .legend-color{display:inline-block;min-width:1.5em;height:1.5em;margin:1px 0;text-align:center;border:1px solid black;background-color:transparent;color:black}.mw-parser-output .legend-text{}  濃い青：活動中   承認済みだが未設立   計画段階の支部   水色：議論中の支部

ウィキメディア運動と推進する目的を共にし、ウィキメディアを名乗る資格を財団から認められた国や地域別に設置された非営利法人を、ローカル・チャプター(local chapter) と呼ぶ[15]。財団の下部組織ではなく、それぞれ独立した組織である。以前は「地方支部」と訳されていたが、下部組織と誤解を招きやすかったので「国別協会」あるいは「国別・地域別協会」と翻訳されるようになった。ローカル・チャプターと財団の法的関係は、必ずしも一様ではなく、個別に契約を締結する。ウィキメディア財団を現地で法的に代表する資格を持つものから、独立な法人格をもち非公式な協力関係にあるものまで、主に現地の法律上の理由にもとづきさまざまな関係が存在する。

ウェブサイト上のコミュニティでもある各プロジェクトと、ローカル・チャプターの間には法的には関係がない。ローカル・チャプターは企業・学校・他の社会団体と現地ユーザとの連携を図ると共に、また独自の資産をもち、財団の活動の支援を行う。ローカル・チャプターはそれぞれ独自の会計をもち、ローカル・チャプターへの寄付はウィキメディア財団の直接の収入とはならない。一方でローカル・チャプターが取得した財産がウィキメディア財団の活動の支援のために利用されることがある。代表的な例として、ドイツ・チャプターからのウィキマニア2005（後述）への寄付、ドイツ・チャプターの保有する計算機資源の提供 (toolserver) などがある。

2022年1月時点で運営中であるローカル・チャプターは38箇所になるが[16]、日本ではまだ設立はおろか、準備中ですらない。日本のローカル・チャプターの設立に関する議論は、メタ・ウィキ[17]の Wikimedia Japan のページにある[18]。

それぞれのチャプターの設立年次および法人格等についてはメタ・ウィキのウィキメディア国・地域別協会にある[16]。
テーマ別組織

テーマ別組織は特定分野のテーマに沿って設立された財団からは独立した非営利団体である[19]。2022年1月時点では カタールニャ語話者による「アミカル・ ウィキメディア」[20]と医学文献へのアクセスをより広める「ウィキプロジェクト医療」[21]の2組織が運営されている[22]。
利用者グループ

国別・地域別協会やテーマ別組織と違い設立には法人格を求めておらず、条件を満たした最低3名の利用者から始められるグループである[23]。認定を受ければ財団が権利を有する商標の名称やロゴをグループ用にアレンジしたものを使用できるが、公式に行動規範や知的財産権に対する扱いなどを取り決めた契約書に同意する必要がある[23]。2022年1月時点で136グループが認証されている[23]。

以上の3つのグループを総称して提携団体と呼ばれている[24]。
職員

ウィキメディア財団はカリフォルニア州サンフランシスコ（2008年1月まではフロリダ州セントピータースバーグ）に事務所を置く[25]。

最初の有給職員は2005年に採用され、この年、3人の職員が雇われた（ブライアン・ヴィバー、ダニー・ウール、サーバ担当の非常勤職員1名）。以後、業容の拡大に伴い、順次職員を採用している。2008年当時は約10名の常勤職員がこの事務所で働いており、またサーバの管理等に数人の契約職員を雇用していた。国外にいる職員はフルタイム契約・パートタイム契約を問わず、すべて契約職員であった[26]。また2007年より、インターンが管理部門の業務を補助していた。現在の組織は Wikimedia Foundation departments を参照されたい。
歴代の事務長

スー・ガードナー　2007年 - 2014年

ライラ・トレティコフ　2014年 - 2016年

キャサリン・メイハー（英語版）　2016年 - 2021年[27]

マリアナ・イスカンデル (Maryana Iskander) [28]　2022年 - [29][30]

歴史サン・フランシスコ事務所の一隅 (2008年)

ウィキペディアを初めとするプロジェクトは、当初ジミー・ウェールズの個人プロジェクトとして開始された。諸プロジェクトのサーバ、ドメイン名およびデータは、ジミー・ウェールズが当時、最高経営責任者であったインターネット会社 Bomis によって所有されてきた[3]。