場合によって、全ての利用者が編集可能だが別の利用者によるレビューを経ないと公開されない設定が設けられている場合もある。たとえば、 ドイツ語版ウィキペディアなどの24言語版では、レビューを経た記事を「stable versions」として公開する「Flagged Revisions」機能を実装している[30]。長期にわたる試験運用とコミュニティでの議論の後、英語版ウィキペディアでも2012年12月に同様の「Pending Change」機能が正式に導入された[31]。この機能の導入により、問題のある編集や荒らし行為が発生しやすい特定の記事において、IP利用者や新規利用者の編集は公開前に承認された利用者によってレビューを受けなければ表示されないよう設定できるようになった[32]。この機能についてジミー・ウェールズは、数年に渡り保護または半保護が設定されている記事において、再度全ての利用者による編集を可能にする機能であると歓迎するコメントを寄せている[32]。
変更の検証

全ての編集は体系的な査読は受けないが、誰でも編集を検証できる機能が提供されている。各記事の「履歴」ページで全ての変更履歴へのリンクが一覧でき[† 3]、ほとんどの記事では誰でも履歴ページのリンクをクリックすることで、他の利用者の変更を取り消すことができる[34][35]。全ての利用者は記事の最新の更新を表示でき、 登録利用者は興味のある記事の変更が通知されるように「ウォッチリスト」機能を利用することができる[36]。「新規ページの巡回」機能により、新しく作成された記事が適切かどうかをマークし、その情報を利用者間で共有することもでき、日本語版では自動承認された利用者が利用可能である[37]。
プロジェクトの運営形態

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出典検索?: "ウィキペディア" ? ニュース ・ 書籍 ・ スカラー ・ CiNii ・ J-STAGE ・ NDL ・ dlib.jp ・ ジャパンサーチ ・ TWL（2021年8月）

資金

初期の頃はジミー・ウェールズおよびインターネット会社「Bomis」（ウェールズが以前CEO（最高経営責任者）を務めていた会社）がプロジェクトに資金を提供していた。ウィキメディア財団が設立されて以降は、寄付金や外部の団体から無償提供されたハードウェアの占める割合が増えた。2004年以降、財団によるハードウェアの購入は全額寄付金によるものである。ウェールズが2004年からCEOを務める企業「Wikia」からも帯域の経費などの資金援助がなされている。
権限

言語版ごとに管理者がおり、一定の権限が与えられている。管理者は通常、その言語のウィキペディアの初期段階での立候補やそのウィキペディアの参加者内の議論などによって決まる。権限にはページの削除、ページの保護（一定の権限を持たないと編集できなくなる）、「荒らし」とみなされたユーザーの投稿ブロックの方針などがある。ただし、ウィキペディアの各言語版の多くでは、削除などのプロセスは参加者や関係者の話し合いによって決まる。

開発者権限やサーバへのアクセス権限などは一部の人物に限られている。ソフトウェアの改変や非常時の対処などは彼らに任されているが、基本的には自由参加型であるため、一定期間の活動を経て信用を築いた者にはそうした権限が与えられることになる。また、ソフトウェアの仕様変更については開発者とそれ以外の利用者を含めた公開・自由参加型の議論が行われている。
意思決定
創始者ジミー・ウェールズの役割

中立的な観点から書かれるべきだとする方針も、ウェールズによって全ウィキペディアの共通方針だと定められた。また、ウェールズは、後述するプロジェクト全体の問題についての議論に参加し、質問や意見を述べ、あるいは採決に加わる。彼の発言は必ずしも議論を終結させるものではないが、その意見は他の参加者の意見よりも尊重される傾向にある。

ウェールズはまた英語版の運営については比較的具体的な問題に関しても意見を述べる傾向がある。英語版の初期には、登録済ユーザーのアカウントを停止する場合には、彼の了承を得るようにとの要請があった（2004年以降、この決定は選任されたユーザ代表に任されている）。他言語のウィキペディアで同様の問題が発生した場合にどうなるべきかについては特に明確にされていない。一方ウェールズが英語以外の言語は話さないこと、利用者の自治を尊重することもあり、英語以外の言語版の運営にウェールズが積極的な関与を行うことはほとんどない。ただしウェールズが利用者の紛争の調停に当たったり、あるいは利用者のアクセス権限についての決定を行う場合もある。これは関係者がみな英語を解する場合、かつ自治の枠組が問題の解決においてうまく機能していない場合に行われることが多い。

「ウィキペディアはウェールズを「寛大な独裁者」として戴くコミュニティ自治の集団である」、と形容されたり、ソフトウェア開発のモデルである「善意の独裁者」をウィキペディアに当てはめることがしばしば行われる。ウェールズはこれを否定しないが、一方でウィキペディアが常に編集可能であることにより、自身の関与が常に及ぶわけではないことをもって、自分は厳密な意味でこうしたモデルには当てはまらないと述べている。
メーリングリスト

プロジェクト全体の問題は、公開のメーリングリストで扱われる。基本的には全て英語で、ごく稀にフランス語などが混ざる。議題には、各言語のウィキペディアの記事数の集計方法、新しい言語のウィキペディアの発足、デザインや機能の変更、運営上の方針やユーザー間の争いの調整、法律問題などが含まれる。この議論は複数のリストで行われるが、誰でも参加、発言できるようになっている。またアーカイブはインターネット上で公開されている。