ウィキペディア日本語版を支えるソフトウェア、MediaWikiは、ウィキペディア寄稿者のボランティアにより開発されており、これまでに数回のアップグレードを行っている。

2004年5月28日22時38分頃、ウィキペディア日本語版のMediaWikiがバージョン1.3にアップグレードされ、それに伴い新しい外装（スキン）「MonoBook」が追加された。またデフォルトのスキン設定がそれまでの「標準」から「MonoBook」に変更された。このアップデートは5月28日から5月29日にかけて全言語版で行われた。

MediaWiki1.3には、項目を分類するカテゴリ機能が付与されていた。これは最初英語版などに導入され、日本語版ではすぐには導入されなかったが、2004年6月25日10時頃（日本時間）、日本語版でも使用可能となった。

2004年12月に、MediaWiki1.4がウィキメディア・プロジェクトに導入され始めた。これにより削除された特定の版を復帰する機能や、画像表示のためのマークアップ言語の簡略化などの機能が提供されるようになった。

ウィキメディア財団が進めていたインターフェイス改善プロジェクトにより、2010年6月10日に日本語版など9言語版のインターフェイスが変更された。その内容は、編集画面や検索機能の強化、閲覧画面と編集画面を明確にするナビゲーション、ウィキペディアロゴの変更、などである。同時に、既定の外装も「モノブック」から「ベクター」となった。

2022年に「ベクター (2022年版)」が実装された。2023年1月時点で、日本語版を含む318言語に適用された[72]。
脚注[脚注の使い方]
注釈^ 詳しくは寄付のページを参照。
^ 提供言語数はWikipedia:全言語版の統計を参照。
^ これはウィキデータの開設に伴って、ウィキデータへの移行が完了した言語間リンクを除去する編集が多くなったことを理由とする一時的なものと考えられる。
^ a b 内部リンク、すなわち、 [[…]] のマークアップを含む記事をカウントした。
^ [[xx:…]]、[[xxx:…]]（xは任意の小文字アルファベット）および [[ で始まる bat-smg, be-x-old, cbk-zam, fiu-vro, map-bms, nds-nl, roa-rup, roa-tara, simple, tokipona, zh-classical, zh-min-nan, zh-yue を一切含まない記事の件数をカウントした。正確には282,924件。検索に用いた正規表現は、\[\[([a-z]{2,3}|bat-smg|be-x-old|cbk-zam|fiu-vro|map-bms|nds-nl|roa-rup|roa-tara|simple|tokipona|zh-classical|zh-min-nan|zh-yue):.*?\]\]
^ この項目のミラーサイトが[1]に保存されている。履歴情報は、[2]で見ることができる。
^ 仕様上、実際にはウィキペディアからリンクしてもページランクは上がらない。
^ 日本テレビ 『ズームイン!!SUPER』 新聞のミカタ、フジテレビ 『めざましテレビ』、テレビ朝日 『やじうまプラス』、中京テレビ 『おめざめワイド』、東海テレビ 『ぴーかんテレビ』、朝日放送（ABCテレビ）、名古屋テレビ放送等。TBSの『みのもんたの朝ズバッ!』では問題記事を隠して別記事を紹介。
^ 件の編集は、下村健元社会保険庁長官または実際には無傷だったが恐らく犯人の暗殺対象であったと思われる吉原健二が暗殺されたとする内容。この編集は実際には事件報道後の2008年11月18日 (火) 21：27から21:32（UTCでは同日12:27から12:32）の間に数回行われたが、ウィキペディアはタイムゾーンの表示変更がされない場合は編集履歴を日本時間(JST)より9時間遅い協定世界時 (UTC) で表す。毎日新聞はこれが事件後の投稿だと気付かぬままこの情報を警察へ伝える（「書き込みの内容は、参考情報として、捜査当局にも伝えていたという。」【元厚生次官ら連続殺傷】毎日報道「ネットに犯行示唆」は誤報 (1/2ページ) - MSN産経ニュース（2008年12月18日時点のアーカイブ））一方で「アクセスの記録などから書き込みがなされたパソコンが特定できるとみられ、捜査本部は慎重に調べている。」と報じていた。毎日jpの誤報記事は当日4時前に削除され、報道から9時間後の2008年11月19日11時35分の毎日jp、11月19日の夕刊、11月20日の朝刊にて「タイムゾーンの仕様を知らないが故の誤報」という旨の訂正記事が発表された（おわび：「ネットに犯行示唆？」の記事について - 毎日jp(毎日新聞)（2008年12月9日時点のアーカイブ）おわび：「ネットに犯行示唆?」の見出しと記事＝11月19日付朝刊 - 毎日jp(毎日新聞)（2008年12月9日時点のアーカイブ））。しかしその訂正記事ですら当該編集を「問題の書き込み」、編集した利用者を「犯行示唆と受け取れる書き込みをした人物」と悪し様に報じ続けており、利用者名を大きく紙面に載せたにも関わらず謝罪は読者に対する誤報についてのみで、無辜の個人に冤罪をかけたことに対する謝罪は無かった。利用者は後に毎日新聞に抗議をしたが、毎日新聞は口頭で謝罪したのみで紙面での謝罪、利用者への補償は拒否した。また一連の記事はどれも記名記事ではなかった。

asahi.com（朝日新聞社）：「ネットに犯行予告?」記事で毎日新聞がおわび - 社会（2008年11月19日時点のウェブ魚拓）

⇒元厚生事務次官殺傷事件の報道に、現場的「おい!大丈夫か」 。時評コラム 。nikkei BPnet 〈日経BPネット〉 Archived 2011年12月2日, at the Wayback Machine.

^ 当時の項目数は約60万項目以上。
^ 共に解説文テキストの抽出を主眼とし、見出し、関連項目、外部リンク等は抽出対象外。
^ お互いに出口の見えない論争になるため、終いには馬鹿馬鹿しくなって放置され、記事も保護されたままとなる。

出典^ a b c d “【インタビュー】有志で取り組む「史上最大の百科事典」――Wikipedia日本語版の舞台裏”. 日経パソコン online. 日経BP (2007年3月13日). 2020年8月4日時点のオリジナルよりアーカイブ。2007年3月14日閲覧。
^ No.278 2003.12.20 CA1510 - オープンコンテンツの百科事典ウィキペディア / 福田亮（カレントアウェアネス・ポータル）
^ a b Terdiman, Daniel (2005年1月13日). “拡大するフリー百科事典『ウィキペディア』の課題”. WIRED.jp. WIRED.jp. 2009年8月19日閲覧。
^ a b c アンドリュー・リー『ウィキペディア・レボリューション――世界最大の百科事典はいかにして生まれたか』千葉敏生 翻訳、早川書房、2009年、284-286頁。ISBN 978-4-15-320005-0。 
^ a b c d 「メディア タイムズ――ウィキペディア曲がり角」『朝日新聞』2010年3月2日付朝刊、第13版、第37面。