英語版をベースに始まったウィキペディアが多言語化に乗り出したのは2001年の5月頃である[15]。2001年5月20日に日本語版を含む13の非英語版サイトが発足した[16]。

発足当初のURLには http://ja.wikipedia.com/ と http://nihongo.wikipedia.com/ が使われていた形跡がある。

当初のメインページは irrashaimase! で始まる全文ローマ字だった。残されている履歴情報から、3月から4月にかけてすでに数度の編集を経ていることが分かる[17]。このため、英語版内部などで開発された可能性も考えられる。

最初の項目は 「日本語の音素論」という意味だと思われるNihongo No Funimekusu と題されたもので、日本語の音素（英: Phonemics → Funimekusu）が仮名と必ずしも一対一対応の関係にないことを示した記事だが、これもローマ字で書かれていた。投稿者は RoseParks（英語版の初期メンバーの一人）で、投稿時期は4月初め頃の間、つまりウェブサイトがテスト段階にあった頃と思われる[注釈 6]。

12月下旬時点での総ページ数は、2ページに留まった。

その当時使われていたウィキソフトは日本語に対応していなかったので、記事はローマ字表記で書かれ、項目も23個ほどであった[1]。
日本語化

2002年9月1日に従来のウィキソフトが改良され、日本語に対応できるようになる[1]。日本人の利用者が徐々に集まり、記事が充実していく。この時期のファイルは現在の日本語版の履歴からも遡れる。国の一覧[18]やエスペラント[19]、各々の最古版などから見て取れるように、日本語の母語話者ではない利用者の投稿による項目も多かった（履歴で辿れる最古のメインページでは「ウィキペディア」が「ウィキピディア」になっているなど）。主な分野は日本文化・言語・世界地理・プログラミング関連。

同月の内にインターフェースの日本語訳が始まり、年末の時点でWikipedia:編集の仕方（正確にはその前身に当たるWikipedia:How does one edit a page）やGNU FDLが訳された。

12月中旬の時点で登録利用者数は10人程度、総項目数は10件程度であった。
参加者の急激な増加

2003年初頭、インターネットの大きな日本語サイトで相次いでウィキペディアが取り上げられた。これにより数次の急激な利用者増が起こり、ウィキペディア日本語版は、他の言語のウィキペディアにもなかった急激な成長を見せることとなる。
Wired News 日本語版での掲載

2003年1月31日、Wired News 日本語版でウィキペディア（英語版）についての記事が掲載された[20]。これはウィキペディアが日本のマスメディアで紹介された最初の例であると思われる。

これを境に多数の参加者を迎え、Wikipedia:名前空間・Wikipedia:ウィキペディアへようこそ・Wikipedia:基本方針とガイドラインなどプロジェクト関連の文書が本格的に翻訳または作成された。

漫画家・都道府県など、項目数が増えた。証券取引などを巡る本格的な項目も出現した。
スラッシュドット現象

2003年2月12日にウィキペディア日本語版は1,000ページを達成した。英語版が奇しくもちょうど2年前に1,000ページを達成している。

1,000ページ達成を受け、コンピュータ関係の有名電子掲示板であるスラッシュドットジャパンにウィキペディア日本語版が紹介された[21]。これにより、この数日後参加者は倍増することとなり、日本においてもウィキペディアにおいてスラッシュドット現象が発生した。

この結果、様々な分野の項目が増加した。主なものとして、物理学・生物学・情報工学・文学・音楽・ゲームソフト・漫画・タレント関連などが挙げられる。

また、執筆者にはいわゆるサブカルチャー（殊にアニメや声優・日本の鉄道・軍事・コンピュータゲーム及びゲームソフト）関連分野でのトリヴィアを誇る者、即ちおたくが多く、半ばまとめサイトやデータブック（人物については紳士録、名鑑、言動録）と化した項目があるのも日本語版の大きな特徴であるが、それは、この「スラッシュドット現象」から始まったともいえる。「Wikipedia:なぜウィキペディアは素晴らしくないのか#関心の偏在」も参照
さらなる成長

ウィキペディアは数度のサーバ故障によるサイトダウンを経験している。2003年4月5日18時08分から4月6日17時37分（いずれも日本時間）の間、ウィキペディアのサーバが故障し、書き込みができなくなった。サーバダウンは後に、2003年12月・2004年6月、および2005年2月にも起こっている。

しかし大勢においては、このような事故はウィキペディアの拡大には影響を及ぼしていない。10000項目を超える頃から、ウィキペディア日本語版はほぼ同じペースの成長率で項目を増大させていき、数ある小さなプロジェクトの一つから、ウィキペディアプロジェクト有数の規模を誇る代表的なプロジェクトへと発展していった。
大規模DBクラッシュ

2003年12月、ウィキペディアを提供していた3台のサーバが故障した。このため数日全言語および各種姉妹プロジェクトを含めて停止していた。利用者の一部は寄付を行ってサーバ購入費用を提供した。

2004年6月7日未明、ウィキペディアなどのデータベースサーバが故障し、翌日12時前まで全言語および各種姉妹プロジェクトを含めて停止していた。このクラッシュの直前のごく一部の編集だけが失われた状態で復活している。

2005年2月22日の日本時間7時15分、データセンターの内部で停電が起こり、全言語版が停止した。当日中に読み出し専用状態に回復したものの、書き込みが可能となったのは翌23日の日本時間7時25分頃だった。
成長の軌跡記事数と毎月の増加数の推移。Wikipedia:日本語版の統計による。

2003年3月23日にはウィキペディア日本語版の項目数は5,000項目を達成し、さらに6月15日には10,000項目を達成した。1,000項目から10,000項目までの増加に要した日数は4か月と3日間であり、これは英語版よりも早いペースであった。2003年の間に項目数は72項目から24,242項目へと約337倍に増加した。2003年12月にはウィキペディア日本語版の項目数がフランス語版ウィキペディアを抜き、英語版、ドイツ語版に次いで全言語版中3位になった。

2004年5月26日2時21分頃には項目数が50,000を達成した。

また9月29日11時3分（日本時間）頃には項目数が75,000を達成した。

ある時期から、Yahoo!ニュースなどからのリンクによる利用者が急増し、日本語版の特定の項目が多く参照される現象がしばしば観測されるようになる。これは英語を使用する開発者などからは、yahoo spike（ヤフーによる急激な利用者増加）などともいわれた。

2004年末、ウィキペディア日本語版の登録者は、1万5千弱に達した。利用者は前年比600%を超えるなどと報道された。2004年中に項目数は24,242項目から92,181項目へと約3.80倍に増加した。

2005年2月11日17時52分（日本時間）頃には項目数が10万を達成し、同年10月24日には項目数が15万を達成した。2005年中に項目数は92,181項目から168,874項目へと約83.2%増加した。しかし2005年7月には項目数がフランス語版に再び抜かれ4位になった。

2006年4月9日には項目数が20万を達成、8月28日には25万を達成し、12月15日には30万を達成した。2006年中に項目数は168,874項目から307,134項目へと約81.9%増加した。2006年1月には項目数がポーランド語版に抜かれ5位になった。