なお、『ビートザキャット』、『遊技機王』などの一部コンテンツは新社には譲渡されずに2013年10月31日を以ってサービスを終了した他、2013年10月31日まで旧社が使用していたコーポレートロゴ、公式サイト、Facebookページなども新社へ譲渡され[4]、新社の公式サイトやFacebookページの情報からは、旧社のプレスリリースや会社情報などの旧社に関わる全情報や2013年10月31日以前のアトラスブランドに関する情報はそれぞれ削除された。持分法適用会社であったスタイル・インデックスも旧社の事業停止当日である同年11月1日にスタイルへ商号変更された。
破産手続開始

インデックス（旧社）そのものは2013年11月1日以降も民事再生手続きを続け、旧社の有利子負債などの債務の管理や整理を行う債務管理会社へ移行することとなり、以降の民事再生手続関連などの旧社に関する情報は、旧社の債務管理会社へ移行と同時に開設した旧社の公式サイトでの掲載となった。また、2014年1月には本社を新設されたインデックス（新社）と同居していたキャロットタワーから新日本池尻ビルへ移転し、新旧分離後も新旧会社が同じビルに同居するという状態を解消した。

民事再生計画では、セガへの事業譲渡で得た約141億円を原資として、債権者へ配当を行う予定であった[25]。2014年4月までに行われていた旧社による金融商品取引法違反の調査[26][27]において、連結ベースでは2011年8月期より、単体ベースでは2012年8月期よりそれぞれ債務超過（連結ベースで2011年8月期は6300万円、2012年8月期は5億6000万円の債務超過）に陥っていたことが判明し[1]、虚偽記載で提出した2011年8月期の有価証券報告書の開示日である2011年11月30日時点でジャスダック上場廃止基準（有価証券報告書の虚偽記載かつ2期連続の債務超過）に該当していた事も明らかとなり、さらに再生債権の損害賠償請求権を有する個別の株主の氏名、債権額の把握ができず、再生債権者および再生債権総額が不明であることから、2度目の再生計画案提出期限である2014年5月9日までに再生計画案を提出する事が不可能となり、2014年4月30日に東京地裁から民事再生手続廃止並び保全管理命令を受け[28][29][30][25]、2014年7月31日に東京地裁から破産手続開始決定を受けた[31][32][33]。

破産手続開始と同時に休眠会社であったインデックス・プロダクション、スプラウト、シルバーアロー・モバイルの3社の清算手続も開始され、3社共2015年11月までに清算手続きが終了した[34]。旧社が保有していた株式の売却も終了した[35]。また、旧社は、破産手続開始決定前からの事項であるカプコンとの訴訟においても和解し、和解金としてカプコンに1億円を破産管財人が支払った他、健康保険料並びに厚生年金保険料が未払いであったことも明らかとなり、破産管財人が未払い分の社会保険料を支払った上で、一部を除く旧社の元社員に社会保険料の支払を請求した他、新社への事業譲渡の際の手続きが漏れていたことも発覚し、破産管財人がアトラス（新社）並びに2代目インデックス（後のiXIT）と確認書を取り交わすなどの処理を行った[36]。

その後も旧社の換価・回収、配当手続等が進み、これらの手続が完了したことから、2016年8月3日に東京地裁から破産手続結了の決定を受けたと同時に、法人格が消滅した[3]。
粉飾決算事件

民事再生手続廃止直前の2014年4月に、東京地検が旧社の粉飾決算疑惑に関連して、旧社の元役員数人に対して任意で事情聴取を行った[37]。