1935年、考古学者インディ（ハリソン・フォード）は上海の満洲系ギャングとの取引でだまされてトラブルに陥る。その場に居合わせた歌手ウィリー（ケイト・キャプショー）、相棒の少年ショート・ラウンド（キー・ホイ・クァン）と共に飛行機で追っ手から逃れるが、その飛行機はギャング関連会社が所有するものだった。策略により飛行士たちがパラシュート脱出し、燃料を漏出された飛行機はインディたちを残して墜落させられ、ゴムボートで辛くも脱出した彼らはインドへとたどり着く。

インディたちが川岸で偶然出会った老人に小さな村へ案内されると、そこは井戸が干上がり食べるものもままならない状態で、奇妙なことに子供が1人もいなかった。

村にはシヴァ・リンガと呼ばれる秘石が祭られていたが、邪教集団に奪われ、村の子供も連れ去られたという。老人から「救世主」だと言われたインディたちは、サンカラ・ストーン（シヴァ・リンガ）と子供たちを取り戻すため、邪教集団の根拠地だという、かつてマハラジャが支配していたパンコット宮殿へと向かう。

無人の筈のパンコット宮殿には新しいマハラジャであるザリム・シンが即位しており、表向きには煌びやかに見え、インディたちは歓待される。しかしその夜、インディが隠し通路を見つけ、宮殿の地下に潜入すると、そこでは邪教の密儀が行われていた。邪神カーリーを祭祀する司祭モラ・ラムは、呪文を用いて人間の心臓を抉り出したり、「悪魔の血」を使って人々を洗脳し、邪神像に生贄を捧げていた。モラ・ラムは、村の子供たちを奴隷として利用して、地下に隠された残り2つの『サンカラストーン』を探し、同時に資金源となる宝石を採掘していたのだ。

その後、悪魔の血によって洗脳されたインディだったが、ショート少年の機転で体を松明で炙られて正気を取り戻し、生贄にされかけたウィリーを助け、3個のサンカラストーンを奪い返す。次いで地下の子供たちを解放するが、インディはザリム・シンが操る呪いの人形により身体の自由を奪われて、絶体絶命のピンチに陥ってしまう。ショートは人形を奪い、インディと同様にザリム・シンを松明で炙って正気を取り戻させる。危機を脱したインディは、敵を打ち倒してトロッコに乗り込む。

疾走するトロッコで敵から逃れて脱出したインディらは、モラ・ラムの作戦で壊された貯水タンクから押し寄せる水流に追われるが、辛くも地上へと戻る。しかし、司祭モラ・ラムと信者たちによって吊り橋に追い込まれる。インディは吊り橋の縄を剣で切断して、宙吊りになりながらモラ・ラムとの壮絶な戦いを繰り広げる。モラ・ラムはインディの心臓を刳り抜こうとするが、インディが悪しき魂を焼き尽くすシヴァへの祈りを唱えるとサンカラストーンは炎に包まれる。なおもサンカラストーンに執着したモラ・ラムはその1つを手に取るが熱さに耐えきれず手を放してしまい、崖下へ落下してワニの餌食となるのであった。炎に包まれたサンカラストーンは村の秘石であったため、モラ・ラムと共に崖下に落下する直前にインディがキャッチするが、悪しき魂の持ち主では無かった為か不思議と燃え盛る炎は瞬時に収まり、そのままインディによって回収された。

その直後にザリム・シンと軍隊が応援に駆け付け、残党の信者たちを銃撃して鎮圧。子供たちを解放し、村の秘宝サンカラストーンを取り戻したインディ達は、村に戻り「救世主」として大歓迎を受ける。
登場人物
インディアナ・ジョーンズ
演 - ハリソン・フォード主人公。有名な考古学者にして無類の冒険家。しかし、腕を認められながらもメディアからは「考古学を利用した盗人」といわれてしまうこともある。マフィアとの抗争で上海を脱出した後、飛行機がインドに墜落。そこでパンコット宮殿とサンカラストーンを巡る冒険に巻き込まれる。
ウィルヘルミーナ・"ウィリー"・スコット
演 - ケイト・キャプショー上海のクラブ「オビ＝ワン」の歌姫。店の中で起きたインディとマフィアの抗争に巻き込まれ、成り行きでインディに同行することになる。シリーズヒロインの中では都会派の女性。話を聞いて遺骨が入った壺であるヌルハチを人と勘違いした上で実際に見たら「ずいぶん小さな人」と言うなど、かなりの皮肉屋。インディに対しては初対面からマフィアの取引で人質にされたりなど危険な目に遭い続けて当初は険悪なムードになるが、次第に信頼関係を結び、ロマンチックな関係を築く。気位が高く下手に出るのを嫌がり自分が上の立場でないと気が済まない性分。
ショート・ラウンド
演 - キー・ホイ・クァンインディに拾われた戦災孤児。インディへの尊敬の念が強く、彼の助手として働いている。インディ、ウィリーと共にパンコット宮殿に向かう。子供ながらに車の運転ができるなどインディの助手らしい有能かつ破天荒。見識は広いが度を越した事態や現象には唖然とすることもあった。
モラ・ラム
演 - アムリーシュ・プリー邪神カーリーを崇拝する邪悪な教団「サギー教」の司祭。怪しげな呪文を唱え、人間の心臓を素手で抉り取る異能の持ち主。彼に心臓を抉り取られた者はすぐには絶命せず、傷口も一瞬でふさがる。悪魔の血を飲ませる独特の儀式を行うことで人々を洗脳する。マハラジャのザリムを洗脳することで、実質的にパンコット宮殿そのものを手中に収めている。自分が助かるために部下を犠牲にする自己中心的な性格。宮殿の深部で子供達を奴隷にし、サンカラストーンを探させている。サンカラストーンを取り返そうとするインディ達を狙う。
チャター・ラル
演 - ロシャン・セスマハラジャに仕える、パンコット宮殿の宰相。