この節にあるあらすじは作品内容に比して不十分です。あらすじの書き方を参考にして、物語全体の流れが理解できるように（ネタバレも含めて）、著作権を侵害しないようご自身の言葉で加筆を行なってください。（2022年12月）（使い方）

1912年。ボーイスカウトの活動でユタ州の荒野を訪れたインディは洞窟で盗掘団がコロナドの十字架を発掘したところを目撃する。歴史的価値から博物館に納めるべきと考えたインディは隙を見て十字架を奪い取る。盗掘団からの逃亡中、乗り移ったサーカス団の荷物を運ぶ列車にて蛇だらけの箱に落ちる、ライオンの檻に落ちてしまいムチで制しようとするが顎に傷を負ってしまうといったアクシデントに見舞われるものの、自宅へ逃げかえることに成功した。だが保安官に盗掘団がインディの方が窃盗を行ったとして訴えていたため、十字架は奪われてしまった。盗掘団のリーダーはインディに「今日はお前の負けだ」と告げるも、その根性を認めて自身のフェドーラ帽をプレゼントするのだった。

時は流れ舞台は1938年。嵐の船上で大立ち回りの末コロナドの十字架を取り返した冒険家にして考古学教授として多忙な日々を過ごすインディ・ジョーンズに、大富豪ドノバンから相談が持ちかけられる。イエス・キリストの聖杯の所在を示す重大な遺物である石板を手に入れたが、欠けているため一部の内容が不明なままだった。そして残りの情報を調べていた調査隊の隊長が行方不明になり、それを探して欲しいというのだ。

最初は渋っていたインディだったが、その行方不明になった隊長というのが自分の父、ヘンリー・ジョーンズであると聞き、仕方なく依頼を承諾。ところが帰宅すると、室内が激しく荒らされていた。郵便で大学宛てに届いたばかりの父の聖杯手帳が狙われたと直感したインディは、父の友人であるブロディと共に、父が最後に消息を絶ったヴェネツィアに向かった。

そこで父の同僚エルザ・シュナイダーと合流。かつて教会だった図書館の地下で聖杯騎士の墓所を見付け、聖杯捜しの鍵となる伝承が完全な形で刻まれた楯を発見し、写しを取るが、謎の男たちに襲われる。彼らは聖杯を守護する十字剣兄弟団で、父がオーストリアのブルンワルド城に閉じこめられていることを聞かされたインディはエルザと共に救出に向かう。城はナチ親衛隊の拠点と化していた。幽閉された父との再会も束の間、エルザの裏切りによりインディは親子共々捕まり、手帳も奪われてしまう。

捕えられたインディたちの前にドノバンが現れる。ドノバンは実はナチに協力して聖杯を探していたのだった。ドノバンは手帳を調べるが、聖杯の在処を記した地図のページは破り取られ、ブロディに渡された後だった。トルコへ向かったブロディは、出迎えたサラーの目前でナチの男たちにさらわれてしまう。インディ親子は拘束されるものの何とか脱出に成功する。

インディ親子は危険を冒してベルリンに向かい、エルザから手帳を取り戻す。アメリカへ向かう飛行船便に乗ったインディ親子だったが、ナチの追っ手が迫ったため船上で小型機に乗り換え、戦闘機から襲われた末にようやく追手を振り切る。インディ親子はサラーと合流し、ヴェネツィアで発見した楯の情報に従ってアレクサンドレッタ（ハタイ）へ赴く。彼らはナチに捕えられたブロディを救出するため、聖杯の在処へ続く三日月の谷へ向かう。しかし戦車を擁するナチの一行に発見されて迎撃を受け、そこに十字剣兄弟団が介入する混乱の中、逆にヘンリーが捕えられてしまう。インディは苦闘の末ヘンリーとブロディを救出し、戦車を崖に落として辛くも生還する。

聖杯が隠された遺跡に辿り着いたインディ一行だが、先に到着していたドノバン一行に見つかってしまう。遺跡の罠を突破できずにいたドノバンは、ヘンリーに重傷を負わせてインディに聖杯を取ってくるよう強要する。インディは手帳に記されていた手掛かりを元に3つの罠を突破して聖杯の間に到達し、聖杯の力で数百年間を生きてきた聖杯騎士と相まみえる。

続いてドノバンたちも到着するが、部屋には多くの杯があり、聖杯騎士は本物の聖杯をみずから選び出さねばならないと告げる。ドノバンはエルザが選んだ杯で水を飲むがそれは偽物で、呪いによりドノバンは死亡する。その後インディは本物の聖杯を選ぶことに成功し、聖杯の力でヘンリーを回復させる。

しかし、聖杯に目が眩んだエルザが境界を越えてしまったため遺跡の崩壊が始まり、エルザは床の割れ目に落ちて帰らぬ人となる。インディも聖杯を持ち帰ろうとして窮地に陥るが、ヘンリーに諭されてあきらめ、帰還に成功するのだった。
登場人物
インディアナ・ジョーンズ
演 - ハリソン・フォード主人公。アメリカ人で有名な考古学者にして無類の冒険家。家庭を顧みず聖杯探索にのめり込んでいた父親とは確執があるが情は持っており、聖杯探索中に行方不明になった父親を探すべく冒険に立ち上がる。父親に本名の「ジュニア（ヘンリー・ジョーンズ Jr.）」と呼ばれており、これを嫌がっている。
少年時代のインディアナ・ジョーンズ
演 - リヴァー・フェニックス12歳頃のインディ。この頃から正義感が強く行動力に富んでいた。ボーイスカウト活動の最中、コロナドの十字架の盗掘を目撃。十字架を博物館に収めるべく盗掘団と争うが、最後は出し抜かれる形で敗北した。
ヘンリー・ジョーンズ・シニア（英語版）
演 - ショーン・コネリーインディの父親で、同じく考古学教授。中世文学の教授であった。聖杯探索の第一人者。これまでの聖杯研究はすべて自身の手帳に記録しており、その手帳を狙うナチスに捕らわれる。書斎派で平和主義な考えを持つ。修羅場を何度もくぐるようになるまでは、戦いで相手を殺すことがあるインディと異なり殺人は忌避していたが、いざという時の機転は息子に通じる。聖杯研究に没頭した影響で妻を病に気づかず死なせてしまった過去があり、その事からインディとは確執を持っていた。妻は彼に理解があり、病を隠していたそうであるが、一方で本人曰く「まだ現役」とのことでエルザに一時惹かれ、その結果エルザがナチスのスパイだと気づいたと語る。信心深い性格で、インディが神を冒涜するような発言をした時は叱責しており、物語終盤にインディから「冒険を通して何を見つけたか」を尋ねられた際は「Illumination（輝き）[注釈 1]」と答えた。
エルザ・シュナイダー
演 - アリソン・ドゥーディ今作のヒロイン。オーストリア人の考古学者で、ヘンリーの助手を務めていた。知的な美女だが、平常心に欠ける一面があり、聖杯についても学術的な興味以上に物欲的な方が優っている。そのことが後述の惨劇を招き、そして自分の末路へも繋がってしまった。聖杯を手にいれるためにナチスと手を結んでいるが、ナチズムにはあまり共感せず、ナチスの焚書を目のあたりにして悲嘆の涙を流す場面もあった。聖杯を見つけた後、作動したトラップによって発生した地面の裂け目に落ちかけたところをインディが救おうとするが、同じく落ちかけている聖杯に目がくらんだ結果、奈落の底へと落ちていった。
ウォルター・ドノバン
演 - ジュリアン・グローヴァーアメリカの大富豪で、ブロディの博物館のスポンサー。ヘンリーやインディにキリストの聖杯捜索を依頼したが、その正体はナチス党員であり、聖杯を手に入れ「永遠の生命」を得ようと画策していた。冷酷な男で、作中では「ツボのために母を売る」とまで言われる。エルザが（未必の故意により）誤って選んだ偽の聖杯で水を試飲したところ、呪いから急速に体が老化し骸骨となり死亡した。
マーカス・ブロディ
演 - デンホルム・エリオット大学の副学部長でインディの上司。博物館の館長でもある。ヘンリーとは学生時代からの旧友でインディのことも気にかけている。ナチスに捕まってしまうがジョーンズ父子に助けられる。シリーズ第1作とは異なり、自分の博物館で迷うほど方向音痴であるなど抜けた性格が強調され、ヘンリーとインディから裏で「間抜けな男」と呼ばれることもあった。
サラー（英語版）
演 - ジョン・リス＝デイヴィスインディの友人で、エジプトの発掘王。シリーズ第1作に引き続き、インディらに協力する。演じたジョン・リス＝デイヴィスによると、サラーはシリーズ第1作から本作の間で発掘業をやめており、骨董屋を営んでいたため少し裕福になったという設定があるという[3]。
エルンスト・フォーゲル
演 - マイケル・バーンナチス親衛隊大佐で、聖杯捜索隊指揮官。エルザやドノバンと組みインディ親子を追い捕縛する。インディとの戦車上での一騎討ちの末、戦車もろとも崖から転落死した。
カジム
演 - ケヴォルク・マリキャン（英語版）十字剣兄弟団のリーダー。先祖代々から聖杯の秘密を約千年にわたり守っている。聖杯の秘密に近づくインディを襲撃するも、最後は話し合いで和解。その後、聖杯を探すドノバン一行を仲間と襲った際に、迎撃されたことで死亡した。
フェドーラ（ガース）
演 - リチャード・ヤング（英語版）盗掘団のリーダー。コロナドの十字架を掠め取った若きインディを追い回すも逃してしまう。その根性を認めるかのように逃げ去るインディを見つめて笑った。結局は取り返すものの彼の勇気を褒め、自分の被っていた帽子をプレゼントした。後にこれが彼のトレードマークとなった。フェドーラの格好も現在のインディと通ずるものがあり、若き日のインディが大きな影響を受けたことがうかがえる。
アドルフ・ヒトラー
演 - マイケル・シェアード群衆の中でドイツ陸軍将校に変装したインディと偶然遭遇。目の前で立ちすくんだインディを見て信奉者の1人だと思い、手に持っていた聖杯手帳を取り上げてサインをした。
キャスト