2000年、フォード、ルーカス、スピルバーグ、製作のフランク・マーシャル、その妻のキャスリーン・ケネディは、アメリカン・フィルム・インスティテュートのイベントで再会。「再びインディ・ジョーンズの映画を作る経験を楽しみたい」と新作を作ることを決めた。また、スピルバーグはこの頃『A.I.』や『マイノリティ・リポート』、『ミュンヘン』など比較的暗い作風の映画を監督することが決まっており、息抜きの意味もこめて明るい作風であるこのシリーズの再開に賛成したという[20]。

その後、スピルバーグとルーカスの他に、音楽のジョン・ウィリアムズ、製作のマーシャル、音響効果のベン・バート、編集のマイケル・カーン、VFXはILMなど主要スタッフの続投が決まった。
脚本

ルーカスはアイデアを思いついた当初から、SFのB級映画を基にした「エイリアンをプロットにする」という考えを持ち親しいスタッフに話していたが、インディ役のハリソン・フォード、スピルバーグから共に反対をうけている[18][21]。その後、製作決定前の1996年3月に、ジェフリー・ボームによる初稿といえる脚本が一旦完成していた。

脚本は、スピルバーグが反対したエイリアンの登場もあった。エイリアンに拘りをもったルーカスは、「エイリアンは『地球外生命体』ではなく『別次元の存在』である」と話しスピルバーグを説得、ここから超弦理論を出すインスピレーションが登場した[19]。スピルバーグとルーカスはその後もエイリアンに関して議論した結果、ルーカスによってエイリアンでなくクリスタル・スカルを物語を根底に置くこととなる[22]。また、ルーカスとスピルバーグは、1950年代の時代設定は冷戦を無視できないと考え、『シンドラーのリスト』監督後のスピルバーグによる「ナチスを風刺することはできない」との判断もあり、それまでのシリーズ中2作での「ナチス・ドイツが悪役」という設定をやめ、ソビエトを悪役とすることにした[23]。

2002年公開を目指し、最初はM・ナイト・シャマランが脚本を書くため雇われた。しかし、彼はファンである本シリーズの続編を書くプレッシャーに圧倒され降板[24]。その後、フランク・ダラボンによって「1950年代を舞台に、元ナチスがインディを追う」という内容の脚本が書かれスピルバーグがそれを気に入ったが、ルーカスは「脚本に問題がある」と自分で脚本を書くことを主張したため降板。