2012年10月、ウォルト・ディズニー・カンパニーがルーカスフィルムを買収したことで『インディ・ジョーンズ シリーズ』の知的財産権がディズニーに移行し[25][26]、2013年12月にはパラマウント・ピクチャーズから『インディ・ジョーンズ シリーズ』の配給権・販売権を取得した[27]。これらの動きに伴い、ルーカスは第5作の製作をルーカスフィルム新社長に就任したキャスリーン・ケネディに一任した[28][29]。しかし、ルーカスフィルムは第5作よりも『スター・ウォーズシリーズ』の製作を優先する方針を決め[30][31][32]、2015年5月になってケネディはルーカスフィルムが将来的に『インディ・ジョーンズ シリーズ』の新作映画を製作することを決めた[33]。同年末までにケネディ、スピルバーグ、フォードの3人は第5作のストーリーについて話し合いを行っている[34]。
プリプロダクションフランク・マーシャルジェームズ・マンゴールド

2016年3月、ディズニーは第5作を2019年7月19日に公開し、映画にはフォードが続投することを発表した。監督はスピルバーグが務め、ケネディとマーシャルはプロデューサーとして参加することになり[35]、マーシャルは製作発表の時点で「企画はプリプロダクションの初期段階にある」と語っている[36]。マクガフィンが選定された数か月後には脚本作業が始まり[37][38][39]、『クリスタル・スカルの王国』など複数のスピルバーグ作品に参加経験があるデヴィッド・コープが脚本家として起用され[40]、彼とスピルバーグが共同でストーリーを考案した[41]。第5作について、スピルバーグは「主人公インディアナ・ジョーンズが死ぬことはない」[42]、マーシャルは「物語は第4作終了直後から始まる」とそれぞれ明言している[43]。当初、「ルーカスは企画には参加していない」と報じられたが[35]、後にスピルバーグは「もちろん、ジョージ・ルーカス抜きでインディ・ジョーンズ映画を製作することはありません。そんなことは常識でしょう」と語り、ルーカスが製作総指揮を務めると明言した[44]。しかし、同年末にルーカスの不参加が正式発表され[45]、マーシャルは彼の不参加について「人生は変わり、私たちは前に進む。彼は前に進んだのです」と語っている[46]。

2017年、スピルバーグは『レディ・プレイヤー1』『ペンタゴン・ペーパーズ/最高機密文書』の製作を優先するため、第5作の公開年が2020年に変更された[47]。また、コープは「ほぼ満足のいく脚本が完成した」とコメントを出し、第5作にはマット・ウィリアムズが登場しないことを明かした[48]。ディズニーCEOボブ・アイガーはシリーズの将来性について言及し、フォードが引き続き関わるかは不明だが、第5作が最終作になることはないと明言している[49]。撮影は2019年4月からイギリスで開始する予定だったが[50]、脚本の最終承認が下りていなかったため撮影は延期された[51]。2018年初頭にルーカスフィルムはスコット・ベック（英語版）、ブライアン・ウッズ（英語版）と面会し、『インディ・ジョーンズ シリーズ』『スター・ウォーズシリーズ』などの脚本に関する「オープン・キャンバス・トーク」を行った。ベックは『インディ・ジョーンズ シリーズ』の次回作の脚本執筆に関心を抱いたものの、最終的に彼とウッズはオリジナルのフランチャイズ作品の確立を目指すことにしたという[52]。マーシャルは「映画のために多くの人々がアイディアを出し合った」と語っている[46]。2018年半ばにジョナサン・カスダン（英語版）がコープの後任として起用され[53][51]、公開年が2021年に変更された[54]。

2019年5月、「カスダンが新たなオリジナルストーリーを執筆した」と報じられたが、この脚本は後に「全く異なる前提」を採用したダン・フォーゲルマンの脚本に差し替えられた[55]。