ウガンダ軍参謀総長当時の1971年1月、イギリス連邦首脳会議のためオボテが外遊中に軍事クーデター（英語版）で権力を掌握。1970年代のウガンダに軍事独裁政権を樹立した。オボテが左派的政策を採ったため、アミンは冷戦下において左派政権の排除を望む西側諸国から期待されてクーデターを実行し成功し、クーデターを支持したイギリスやアメリカをはじめとする西側諸国や、イスラエル、反共的なザイールのモブツ・セセ・セコと友好的な関係を持った[4]。
政策

やがて独裁化が進むとともに約10万[5]から50万人[6]と推計される国民を大量虐殺したとして「黒いヒトラー」、「アフリカで最も血にまみれた独裁者」と称され、少数民族、宗教指導者、ジャーナリスト、芸術家、官僚、裁判官、弁護士、学生、知識人、外国人などアミンの政策に異議を唱えた様々な人物が次々に粛清された[7]。ほぼ同時期に大量虐殺を起こして同様に隣国に打倒されたカンボジアの独裁者ポル・ポトとも比較された[8]。

また、アジア人追放事件（ほとんどは植民地時代に入植したグジャラート州などの出身の印僑であり、これに伴いインドともウガンダは国交断絶した[9]）を起こしてアミンはアジア人やヨーロッパ人の所有する事業を自分の支持者に与えるも杜撰な経営で産業は崩壊した[10]。経済は荒廃し、賃金と給料は9割も低下した[11]。

アミンは右腕のアイザック・マリヤムング（英語版）など彼自身の部族であるカクワ族出身者をスーダン人、ヌビア人と共に重用した。1977年までに、これらの3つの民族グループは高級軍人の60％と閣僚の75％を構成し、人口の5％にすぎないイスラム教徒はこれらの80％と87.5％を構成した。これはアミンが8回ものクーデターを切り抜けた理由ともされる[12]。

アミン政権時代の8年のうちにウガンダの自然環境や生態系は密輸業者とウガンダ軍兵士によって行われた広範囲にわたる密猟と森林伐採にさらされた。ウガンダでは、ゾウの75％、サイの98％、ワニの80％、ライオンとヒョウの80％などが失われた[11]。
近隣および西側諸国との対立

このような政策を西側諸国から批判され、当初の西側寄りの姿勢を急変させて1972年にはイギリスと断交してイスラエルの軍事顧問を追放し[13][9]、1973年にはアメリカ合衆国連邦政府も、アミンと距離を置くこととなった[14]。

アミンはアフリカにおける反欧米・反イスラエルの代表的存在のリビアのムアンマル・アル＝カッザーフィー（カダフィ大佐）と接近し[15][16][17][18]、パレスチナ解放機構（PLO）のヤーセル・アラファート議長ともアミンの結婚式に立ち会うなど親しい仲であった[19]。