イチョウ綱に置かれる。イチョウは雄性配偶子として自由運動可能な精子を作るが、これはソテツと共通である[54]。そのためソテツ類とイチョウ類を合わせてソテツ類（ソテツ綱）とすることもあった[55][56]。また1896年の「精子の発見」以前は球果植物（マツ綱）のイチイ科に置かれていた[44][57]。
元来裸子植物は（化石種を含め）種子植物から被子植物を除いた側系統群と定義された為、側系統群を認めない立場から裸子植物門は解体されてソテツ植物門 Cycadophyta、イチョウ植物門 Ginkgophyta、グネツム植物門 Gnetophyta、球果植物門 Pinophyta の4植物門に分類され[54]、イチョウ植物門は現生種としてはイチョウのみの単型の門となった。
裸子植物の4分類群は形態的には大きくかけ離れ、被子植物の側系統群と定義された為、単系統性は明らかでなかったが、Hasebe et al. (1992) による分子系統解析の結果、現生裸子植物と現生被子植物はそれぞれ単系統群であることが分かり[58]、現在これはChaw et al. (2000)[59]などほとんどの研究で支持されている[60][61]。そこで単系統群としての裸子植物が再び置かれる事になる。これまで裸子植物を分類群として建てる場合は門の階級に置かれ裸子植物門 Gymnospermae とされてきた[53] が、近年では門としてより上位の分類群である維管束植物門 Tracheophyta を立て、その下に小葉植物亜門 Lycophytina と大葉植物亜門（真葉植物亜門）Euphyllophytina を置くことがあり[62]、裸子植物はその下位分類となる。この場合イチョウ類は大葉植物亜門の中の（裸子植物の一綱）イチョウ綱 Ginkgopsida とされる[62]。イチョウ綱はソテツ綱と姉妹群をなし、ペルム紀に分岐したと考えられている[63]。
イチョウ綱にはイチョウ目 Ginkgoales 1目、イチョウ科 Ginkgoaceae 1科のみが属しているが、これはペルム紀から中生代に繁栄した植物群である[7][17][18][19]。いずれも現生では本種のみが属する[7]。
以下に、長谷部 (2020)によるイチョウ類より上位の系統樹を示す[63]。これはPuttick et al. (2018)による分子系統樹にKenrick & Crane (1997)の化石植物を含む系統樹を組み入れたものである[63]。.mw-parser-output table.clade{border-spacing:0;margin:0;font-size:100%;line-height:100%;border-collapse:separate;width:auto}.mw-parser-output table.clade table.clade{width:100%}.mw-parser-output table.clade td.clade-label{width:0.7em;padding:0 0.15em;vertical-align:bottom;text-align:center;border-left:1px solid;border-bottom:1px solid;white-space:nowrap}.mw-parser-output table.clade td.clade-fixed-width{overflow:hidden;text-overflow:ellipsis}.mw-parser-output table.clade td.clade-fixed-width:hover{overflow:visible}.mw-parser-output table.clade td.clade-label.first{border-left:none;border-right:none}.mw-parser-output table.clade td.clade-label.reverse{border-left:none;border-right:1px solid}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel{padding:0 0.15em;vertical-align:top;text-align:center;border-left:1px solid;white-space:nowrap}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel:hover{overflow:visible}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel.last{border-left:none;border-right:none}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel.reverse{border-left:none;border-right:1px solid}.mw-parser-output table.clade td.clade-bar{vertical-align:middle;text-align:left;padding:0 0.5em;position:relative}.mw-parser-output table.clade td.clade-bar.reverse{text-align:right;position:relative}.mw-parser-output table.clade td.clade-leaf{border:0;padding:0;text-align:left}.mw-parser-output table.clade td.clade-leafR{border:0;padding:0;text-align:right}.mw-parser-output table.clade td.clade-leaf.reverse{text-align:right}.mw-parser-output table.clade:hover span.linkA{background-color:yellow}.mw-parser-output table.clade:hover span.linkB{background-color:green}
†トリメロフィトン類 Trimerophytopsida
大葉シダ植物 Polypodiopsida
木質植物
†アネウロフィトン類 Aneurophytales
アルカエオプテリス類 Archaeopteridales
種子植物
†リギノプテリス類 Lyginopteridales
†メズロサ類 Medulossales
現生裸子植物
ザミア科 Zamiaceae
ソテツ科 Cycadaceae
Cycadopsida
イチョウ綱
イチョウ Ginkgo biloba
Ginkgopsida
針葉樹類
†コルダイテス目 Cordaitales
†ヴォルツィア目 Voltziales
ヒノキ目 Cuppressales
マツ目 Pinales
グネツム目 Gnetales
Coniferopsida
裸子植物 Gymnospermae
†グロッソプテリス類 Glossopteridopsida
†カイトニア類 Caytoniopsida
被子植物 Angiospermae
Spermatophyta
Lignophyta
Euphyllophytina
Tracheophyta
下位分類オハツキイチョウの種子
現生はGinkgo biloba 1種のみしか知られていないが、変異が見られ、下位分類群として94品種が知られている[19]。代表的な変種または品種は以下のものである。食用の銀杏の品種は種子の節を参照。
var. aciniata Hort.[64] キレハイチョウ[65] - 「切れ葉」の意。
