以下に、長谷部 (2020)によるイチョウ類より上位の系統樹を示す[63]。これはPuttick et al. (2018)による分子系統樹にKenrick & Crane (1997)の化石植物を含む系統樹を組み入れたものである[63]。.mw-parser-output table.clade{border-spacing:0;margin:0;font-size:100%;line-height:100%;border-collapse:separate;width:auto}.mw-parser-output table.clade table.clade{width:100%}.mw-parser-output table.clade td.clade-label{width:0.7em;padding:0 0.15em;vertical-align:bottom;text-align:center;border-left:1px solid;border-bottom:1px solid;white-space:nowrap}.mw-parser-output table.clade td.clade-fixed-width{overflow:hidden;text-overflow:ellipsis}.mw-parser-output table.clade td.clade-fixed-width:hover{overflow:visible}.mw-parser-output table.clade td.clade-label.first{border-left:none;border-right:none}.mw-parser-output table.clade td.clade-label.reverse{border-left:none;border-right:1px solid}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel{padding:0 0.15em;vertical-align:top;text-align:center;border-left:1px solid;white-space:nowrap}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel:hover{overflow:visible}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel.last{border-left:none;border-right:none}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel.reverse{border-left:none;border-right:1px solid}.mw-parser-output table.clade td.clade-bar{vertical-align:middle;text-align:left;padding:0 0.5em;position:relative}.mw-parser-output table.clade td.clade-bar.reverse{text-align:right;position:relative}.mw-parser-output table.clade td.clade-leaf{border:0;padding:0;text-align:left}.mw-parser-output table.clade td.clade-leafR{border:0;padding:0;text-align:right}.mw-parser-output table.clade td.clade-leaf.reverse{text-align:right}.mw-parser-output table.clade:hover span.linkA{background-color:yellow}.mw-parser-output table.clade:hover span.linkB{background-color:green}
†トリメロフィトン類 Trimerophytopsida
大葉シダ植物 Polypodiopsida
木質植物
†アネウロフィトン類 Aneurophytales
アルカエオプテリス類 Archaeopteridales
種子植物
†リギノプテリス類 Lyginopteridales
†メズロサ類 Medulossales
現生裸子植物
ザミア科 Zamiaceae
ソテツ科 Cycadaceae
Cycadopsida
イチョウ綱
イチョウ Ginkgo biloba
Ginkgopsida
針葉樹類
†コルダイテス目 Cordaitales
†ヴォルツィア目 Voltziales
ヒノキ目 Cuppressales
マツ目 Pinales
グネツム目 Gnetales
Coniferopsida
裸子植物 Gymnospermae
†グロッソプテリス類 Glossopteridopsida
†カイトニア類 Caytoniopsida
被子植物 Angiospermae
Spermatophyta
Lignophyta
Euphyllophytina
Tracheophyta
下位分類オハツキイチョウの種子
現生はGinkgo biloba 1種のみしか知られていないが、変異が見られ、下位分類群として94品種が知られている[19]。代表的な変種または品種は以下のものである。食用の銀杏の品種は種子の節を参照。
var. aciniata Hort.[64] キレハイチョウ[65] - 「切れ葉」の意。
var. variegata Henry フイリイチョウ[65] - 「斑入り」の意。葉に黄白色の斑が入るもの[14]。
var. epiphylla Makino オハツキイチョウ[7][65] - 「お葉付き」の意。葉に種子が付くもの[20]。epiphylla は葉上生の意である[7]。
var. pendula Hort.[66] シダレイチョウ[65] - 「枝垂れ」の意。
cv. tubifolia ラッパイチョウ[65] - ラッパのような筒状の葉を付けるもの[6]。
形態イチョウのシュートの横断面。ポリクローム染色で呈色されたもので、直径4 mm。
本格的な木本性の植物であり[54]、樹高20?30 m、幹直径2 mの落葉高木となる[7]。大きいものは樹高40?45 m、直径4?5 mに達する[7][67]。茎は真正中心柱をもち、形成層の活動は活発で、発達した二次木部を形成する[54]。多数の太い枝を箒状に出し、長大な卵形の樹冠を形成する[7]。樹皮はコルク質がやや発達して柔らかく、淡黄褐色で粗面[7]。若い樹皮は褐色から灰褐色で、縦に長い網目状であるが、成長とともに縦方向に裂けてコルク層が厚く発達する[68]。枝には長枝と短枝があり、どちらも無毛である[7]。長枝は節や葉の間隔が離れているのに対し、短枝では節間が短く込み入っており、1年に数枚しか葉を付けない[57]。樹形は単幹だけでなく株立ちのこともある[68]。冬芽は円錐形で、多数の芽鱗に覆われる[7]。色づいた「北金ヶ沢のイチョウ」（青森県） いくつもの乳根（乳柱）が発達している。
葉身は扇形で長い葉柄を持つ（長柄）[7]。葉柄は3?8 cm、葉身長4?8 cm、葉幅は5?7 cm[6][9]。葉脈は原始的な平行脈を持ち、二又分枝して付け根から先端まで伸びる[54][67]。中央脈はなく、多数の脈が基部から開出し葉縁に達する[7]。このように葉脈が二又に分かれ、網目を作らない脈系を二又脈系（ふたまたみゃくけい、dichotomous system）と呼ぶ[69]。
